建文旧臣中，最让朱棣头疼的，就是中山王徐达之子--魏国公徐辉祖，徐辉祖不只是建文帝的铁杆忠臣，更是朱棣夫人徐王妃的兄长，朱棣的大舅子。据说朱棣入城的时候，勒令全城百姓迎接，唯独徐大舅子硬气，独守在徐达的祠堂里。恼羞成怒的朱棣，立刻派官吏向徐辉祖问罪，没想到徐辉祖不慌不忙，面对严刑拷问，悠然背出了朱元璋御赐徐家的“免死铁券”里的券文。这下朱棣没咒念了，只好将徐辉祖礼送回府，软禁五年后，徐辉祖善终于家。
比起不忍杀的卓敬，杀不了的徐辉祖，有些人，却是冲朱棣“找杀”。朱棣破城的当天晚上，龚泰猛然冲向朱棣大营，声称自己是“建文重臣”，非要朱棣治他死罪，简单审讯后，才知道这只是个小人物。哭笑不得的朱棣，摆摆手就把他放了，谁料龚泰铁了心，居然当场跳南京城头自尽。这下可把朱棣气炸了肺，立刻下令，将龚泰的尸首大卸八块。这是他后来疯狂屠戮建文忠臣的起点。
朱棣诛杀建文旧臣的方式，除了众所周知的“株十族”外，另一个手段叫“瓜蔓抄”，它的开始，是源于一场明朝版的“刺秦”事件。假意归顺朱棣的御史景清，一次在朝堂上身藏利刃，意图行刺朱棣。而那一天按照《明史》的记录，天气出现了“异象”，钦天监（天文台）的报告，就是天上一颗奇怪的红色妖星，要去进犯代表皇帝的“帝星”。偏偏景清当天，恰好穿了一套红色的衣服。满腹狐疑的朱棣立刻下令拿下，当场搜出利刃，刺杀失败。宁死不屈的景清，临终依然大呼“欲为故主报仇”。事后，朱棣以极其残暴的手段处死了景清，先斩首，再扒皮示众。而李卓吾在《续藏书》里说，之后的几个夜晚，朱棣整天做噩梦，天天梦见景清拿着刀朝他砍来，为驱逐心魔，朱棣悍然下令，将景清的家族乃至同村乡亲，全都抓来治罪，先后杀害三百多人。这就是耸人听闻的“瓜蔓抄”。
“瓜蔓抄”除了株连甚广之外，还大搞“穿越”。御史高邦反对朱棣篡位，朱棣杀了他后还不解恨，竟将高邦陕西老家的祖坟刨尽，将其家族产业，分给周围乡亲耕种，并世代征收高额赋税。按照朱棣的话说，此举就是让人们“世代骂高御史”，也就是要让高邦遗臭万年。
