装作自我感觉良好的朱棣，到了建文三年（1401），终于打出了最良好的局面，是年六月八日，朱棣已逼近南京，而一直自我感觉良好的朱允炆，此时却终于爆发出了凶暴的一面。南京城里，左都督徐增寿暗通朱棣事发，得悉真相后，朱允炆火冒三丈，竟当场挥剑，将徐增寿斩首。但对另一位该杀的人--连打败仗的李景隆，朱允炆不但不杀，反而温言抚慰，命他前往朱棣军中媾和，没想到媾和却媾出了反效果--见风使舵的李景隆，居然趁机投降了朱棣。六月十三日，李景隆里应外合，打开了坚固的南京城门，朱棣大军浩浩荡荡杀进南京。在位三年的建文帝朱允炆，就这样倒台了。
朱棣进南京后，六月十三日当夜，建文帝朱允炆不知所终，有说死于大火，有说亡命天涯，而胜利者朱棣，从他夺取南京，到最终登基，一共隔了四天，即六月十七日才登基。这四天他做的最主要的事情，就是装客气，每天群臣们都上表“劝进”，劝说朱棣称帝。第一天，是朱允炆先前的兵部尚书如常“劝进”，朱棣觉得分量不够，客气地拒绝了。第二天，是在南京的宗室诸王，外加原属官员们“劝进”，朱棣也觉得分量不够，客气客气继续拒绝了。第三天，是跟随朱棣打天下的亲信部将们集体“劝进”，朱棣觉得分量还差点儿，客气客气还是拒绝了。第四天，前三天的所有人，一起上表劝进，在劝进的话里，甚至说朱棣如果不登基，天下老百姓就要伤心。朱棣觉得分量够了，刚想不客气地答应。突然有一个人插嘴了：“殿下先谒陵乎，先即位乎？”（大王，你要当皇帝，跟你爹说了吗？）一语道破天机，朱棣慌忙醒悟，连忙跑到明孝陵，哭天抹泪地拜祭了一番，这才算顺风顺水地继承皇位。说这话的人，就是当时的翰林院编修，后来号称“三杨”之一的杨荣。
继承皇位后的朱棣，被人诟病的一条，就是以极其残酷的手段，残杀建文帝时代的旧臣们，比如方孝孺、齐泰、黄子澄等人相继被灭族，但对有些人，他却杀其人而用其谋--卓敬。朱棣造反前，明朝廷在商议削藩问题时，大多数人都在商量先“削”谁，唯独户部给事中卓敬高瞻远瞩，提出以“推恩”和“迁藩”相结合，即表面上不削弱藩王实力，却建立由藩王子女平分藩王领地的继承制度，同时将边地藩王迁入内地安置。这样既达到目的，又不给朱棣造反口实。进入南京后的朱棣，阅读到当时卓敬的奏折，欲收为己用，孰料卓敬见到朱棣后，当场骂不绝口。朱棣虽然生气，却还是耐着性子，拿出管仲和魏征说事，但卓敬不为所动，反复说：“可惜皇上（建文帝）不用我的主意啊，我要去下面见先帝（朱元璋）评理啊！”最终卓敬被朱棣夷灭三族，朱棣感叹说：“朱允炆养了这么多文官，也就卓敬一个人对得起他啊！”次年，朱棣全面推行卓敬生前的“推恩”＋“迁藩”政策。尾大不掉的藩王问题，就这样在朱棣手中轻松解决了。
