中国共产党一成立便致力于反帝反封建的革命斗争，但毕竟势单力薄，经验不足。应该说，在当时无论是刚成立不久尚处于幼年期的中国共产党，还是已经初具规模，颇有威望，但组织涣散的国民党，都无法以一己之力对抗势力强大的北洋军阀。两党联合起来成为一种历史的必然，陈独秀在国共第一次合作的达成过程中起到了十分重要的作用。
国共合作实现后，孙中山、陈独秀等声望大增。3月4日，北京大学举行25周年纪念日时，进行民意测验。测验结果显示，国内大人物依次是孙中山（473票）、陈独秀（173票）、蔡元培（153票）、段祺瑞（45票）、胡适（45票）、梁启超（29票）、吴佩孚（27票）、李大钊（25票）、章太炎（10票）。
然而，国民党“一大”后，国共合作就开始面临着左派和右派的冲突。同时，陈独秀在国共合作中，由于种种原因而逐渐右倾，以致逐渐丧失了对革命力量的领导权，国民党右派逐步篡夺了大革命的领导权。
1926年，蒋介石接连制造了中山舰事件和整理党务案，针对广大党员对蒋氏的愤怒情绪，陈独秀却出来为蒋介石说好话。1927年4月，当国民党右派反革命行为昭然若揭时，陈独秀和汪精卫又发表了一个《汪、陈联合宣言》，其中写道，国民党“决无驱逐共产党摧残工会之事”，“我们应该站在革命观点上，立即抛弃相互间的怀疑，不听信任何谣言，相互尊敬，事事协商，开诚进行，政见即不尽同，根本必须一致”，“上海军事当局，表示服从中央，即或有些意见与误会，亦未必终不可解释”等。
4月12日，蒋介石在上海发动反革命政变，100多名参加游行抗议的工人尸体横卧街头，300多名共产党员、革命群众被枪决，1000多人被捕。同一天，李立三在上海主持召开了特委会，周恩来在大会上强烈指责了《汪、陈联合宣言》制造的烟雾弹让同志们放松了警惕，使党蒙受了巨大损失。
中共六大批评了陈独秀右倾机会主义错误，他也没有选上中央委员和候补中央委员。六大后也没有再分配工作，只是保留了党籍，中央仍然每月补助他30元生活费以维持生活。
1929年，陈独秀接触到了托洛茨基的文章，不久便与彭述之、郑超麟、尹宽等人商议，成立了“无产者派”小组织。党中央发现了陈独秀的反对派行为后，多次劝告、警告，但陈独秀并不听劝，11月中央不得不作出开除陈独秀党籍的决定。
