第二年9月，《青年杂志》改名为《新青年》，继续为新文化运动摇旗呐喊。《新青年》的创办是中国近代史上划时代的大事件，标志着五四新文化运动的开端，陈独秀是当之无愧的旗手。
在伟大的反帝爱国的五四运动中，陈独秀也十分活跃。他以《每周评论》为阵地，以极大的热情来关注和报道运动的情况，并撰写评论文章，指导爱国运动向深入发展。
陈独秀在五四运动中的积极活动早就引起了北洋军阀政府的不满，给他招来了牢狱之灾。1919年6月11日，在新世界屋顶花园，陈独秀悠然地喝着茶，突然从大衣口袋里掏出一大卷《北京市民宣言》传单抛向空中，向熙熙攘攘的群众散发。这一出格的举动，其直接后果就是被盯了他很久的军警当场逮捕了。
听到陈独秀入狱的消息，李大钊、胡适等社会名流都非常着急，纷纷商量营救的办法。他们决定把陈独秀被捕的消息公之于众，以造成强大的社会舆论压力，“使北洋政府有所顾忌，不敢胡作非为”。
两天后，北京《晨报》、《北京日报》就刊出了陈独秀被捕的消息。上海的《民国日报》也全文刊出《北京市民宣言》，发表《北京军警逮捕陈独秀黑暗势力之猖獗》时评。全国各界纷纷谴责北洋政府的丑恶行径，为陈独秀辩护，要求立即将其释放。
有人在《每周评论》发表短诗《怀陈独秀》：“依他们的主张，我们小百姓痛苦。依你的主张，他们痛苦。他们不愿意痛苦，所以你痛苦。你痛苦，是替我们痛苦。”
