国内是没法立足了，那就索性去日本吧，当时很多人都漂洋过海到日本留学。1901年，陈独秀从安庆逃往日本，入东京高等师范学校速成科学习。他在日本十分活跃，参加了中国留日学生组织的励志社，同时又接触到了卢梭、孟德斯鸠、斯宾塞等人的西方自由平等思想。第二年，陈独秀回到安庆，组织了藏书楼演说会，集结了一帮人探讨救国方略，这引起了当局的不满。陈独秀又不得不回到日本，组织了青年会。他们的反清革命活动引起了清政府对日的严重交涉，陈独秀又被迫回国。
1904年，陈独秀与友人合办了《安徽俗话报》，编辑、排版、校核、分发、邮寄，他一一亲自动手。当时条件十分艰苦，每顿只能喝稀饭，住的房间潮湿，被子发了霉，甚至生了跳蚤，但这些苦对陈独秀来说都算不了什么大事。20岁出头的陈独秀脑子里充满了想法，浑身都是干劲，这个报共出版了22期，陈独秀在上面发表了50多篇文章。陈独秀先后办报刊数十种，他曾经跟人说，我办十年杂志，全国思想都改观。此种说法，虽有些夸张，但也是有一定依据的。
第二年，陈独秀在芜湖与好友一起创办了一个秘密的反清军事团体，号称岳王会，陈独秀被推选为会长。1908年，岳王会发动武装起义遭到了残酷镇压，受株连者达到300多人。这件事对于陈独秀的打击很大，此后的几年，他一直沉默寡言，很少发表政见，也没再参加大的政治活动。
辛亥革命的枪声又激起了陈独秀内心的苦闷和沉寂，重新点燃了他心中的革命之火，他又踊跃发表文章，讨伐清王朝。革命胜利后，他还当上了安徽都督府秘书长。袁世凯篡权后，陈独秀毅然辞职。
1914年，章士钊在日本办了《甲寅》杂志，特邀陈独秀协办。陈独秀办杂志积累了不少经验，又正受到袁世凯政府的通缉，便立刻答应赴日。也正是在这一年，陈独秀结识了李大钊，谁也未曾料到日后这两人共同创立了伟大的中国共产党。
1915年初夏，他又启程回国了，他已经在酝酿着自己创办一份杂志，这就是新文化运动的摇篮——《青年杂志》。也许他自己也未曾想过，这个杂志注定了他一生的生命轨迹。9月15日，16开本的《青年杂志》月刊第一期问世了，陈独秀发表了创刊宣言《敬告青年》，号召青年奋起智能，力排陈腐朽败。国人欲脱蒙昧时代，当以科学和人权并重。陈独秀在中国第一次擎起了科学和民主两面大旗，揭开了新文化运动的大幕。
