母亲自尽了，父亲被杀了，祖坟被毁了，郑成功家国两失，回去的路已经条条断绝，余下的，只有脚下这座千辛万苦从荷兰人手中夺回来的岛屿了。
1662年6月14日，郑成功将台湾改名为“东都明京”。荷据时期所有的体制与机构全部废除，取而代之的是按大陆旧有政权的体制机构，设置了一府二县，府即承天府，取泉州佛寺承天为名，府署就设在赤嵌城内，这是明朝在南京设立应天府、在北京设立顺天府之后，第三个以“天”命名的都城；而二县即天兴县与万年县。至于官制，则仍沿用明旧制，设了吏、户、礼、兵、刑、工六官，并置六科都事及察言、承宣、宾客等司。
这是中国在台湾岛上设立的第一个行政机构。
荷兰人建的热兰遮城被改名为安平城，成为郑氏府第。安平，这正是郑成功年幼时从日本回到泉州后的居住地，父亲郑芝龙曾在那里盖起高阔气派的郑氏府第，就将它的名字移植至台湾，多少抚慰一下乡愁、寄托一点对父亲的愧疚与怀念吧。同时他下令文武各官及总镇大小将领把自己的家眷从大陆移来，暂住于此。妻儿团聚在前，一个家才完整，才可以落下根来，并往下绵延。
在这之前的1662年5月18日，郑成功已经颁发了一条告谕：“各镇及大小将领官兵，派拨汛地，准就彼处择地起盖房屋，开辟田地，尽其力量，永为世业……”也就是说，郑氏军队从部将到士兵，都可以圈地开垦，土地属于私人所有。寓兵于农，一旦战事再起，又可以迅速召集起来。
这些将士开屯起来的田地被称为“营盘田”。
而“文武官田”则是由文武官员们圈地招募佃农耕作开垦出来的，这些人包括郑氏宗族以及追随郑成功来台的明王朝遗室们。
台湾彰化秀水乡有个村子叫陕西村，村里土地的开发与一个叫马信的人有关。马信原是清台州守将，后加入郑成功队伍，先被授“中权镇”，挂“征虏将军印”，后擢升为“提督亲军骁骑镇”，做先锋登陆攻台。他大约由于皮肤黝黑，所以有“乌面将军”的外号。1662年，在将荷兰人赶走后，马信率领部下来到这里垦殖定居，不久突然暴死，安葬于此。而他的部将则渐渐在此定居，繁衍至今。由于马信是陕西人，于是他的祖籍地便成了这个村的名字。村中还建有一座乌面将军庙，至今仍香火不断。
台南林凤营庄的得名，跟一个叫林凤的人有关。曾是郑成功“亲军虎卫镇”一员猛将的林凤，福建漳州人，当年随郑氏军队入台后，奉命在台南曾文溪北面屯兵垦荒。其部队所在的地方，后来便以“林凤营”作为地名。
林圯埔与林凤营有几分类似。
泉州同安人林圯曾在郑成功麾下任过参军之职，随郑军入台后，奉命率200多人在云林县浊水溪畔的斗六门屯兵垦荒。这里原先是少数民族游猎之地，土地肥沃，水量丰沛，却又地势险要，山高林深。林圯是目前所知最早到斗六门的拓垦者，他们历时两年多，从斗六门逐渐东进拓垦至竹山镇。1668年，当地少数民族倾社来袭，将林圯等官兵团团围困，最终林圯与他部下因粮尽被俘，接着被杀。
林圯墓至今仍留在台湾云林县浊水溪旁。那年当地少数民族退去后，林圯被大陆移民收尸埋葬，该地取名为“林圯埔”。而后续的垦民络绎到来，至乾隆年间时，这里已经有街市出现，街市之名也称为“林圯街”。经过300多年的繁衍发展，这里单林姓居民就已经达数万人之众了，街上有座取名“崇本堂”的宗祠，就是当地林氏乡亲修建的，祠里供有林圯的神像，上写“清开辟水沙连右参军林圯公一位神主”。
