那时、军事上的问题，主要是由毛泽东和周恩来商量解决。毛泽东是挂帅的，周恩来参与决策并具体组织实施。除了军委作战部外，周恩来还有个小作战室，由张清化任主任，相当于他的军事秘书，每天根据局势的变化负责标图。周恩来常到军委作战室了解情况。他对敌我双方的战争态势、兵力部署、部队特点、战斗力强弱，甚至国民党方面指挥官的简历、性格等，可以说是了如指掌。有了什么情况，周恩来总是先仔细地核实并弄清，然后向毛泽东报告。两人经过研究确定对策后，多数由毛泽东起草文电，少数由周恩来起草，而所有军事方面的文电都经周恩来签发。张清化回忆说，发送军事方面的文电大致有三种情况：一是议后发，有了情况，书记处几个领导人共同商议，然后由毛泽东或周恩来起草文电发出。二是阅后发，由于军情紧急，来不及一起商议，由毛泽东或周恩来起草好文电，再送其他领导人传阅后发出。这种状况是比较多的。三是发后阅，由于情况紧急，刻不容缓，为了争取时间，由毛泽东或周恩来起草好电文先发出，再送其他领导人传阅。
如何进行第三年的解放战争，如何迎接即将开始的战略决战，这是摆在毛泽东和周恩来等中央领导人面前一大重要课题。于是中共中央决定召开一次政治局会议商议。正式会议9月8日至13日召开。参加会议的有毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德、任弼时以及其他政治局委员、中央委员和中央候补委员、中央和中央军委重要工作人员共32人，这是中央自撤出延安后举行的第一次政治局会议，也是到会人数最多的一次中央会议。
会议先由毛泽东报告有关军事问题。
周恩来在13日的会议上作了关于第三年军事作战计划与军队建设的长篇发言。他说：“这个计划是根据两年来的经验，谨慎的估计，很有实现可能。如果给蒋介石的打击很严重，加上财政经济崩溃，内部倾轧，蒋介石可能垮得早些，胜利来得快，我们也应有此准备。当然，也有可能遇到曲折，时间就长一些……
关于解放战争第三年的军事要点，他说，首先，”把战争继续引向国民党统治区“，把战争负担加到敌人身上，”并且应准备若干次带决定性的大会战“。第二，”今后仍力争在运动中消灭敌人，但攻坚战则可能增多“，使”攻坚与野战互相结合“。第三，增强各战场的战役上的协同和配合。第四，做到后勤供应统一计划与相互配合。第五，”军事组织逐渐走向正规化、集中化“。他说，在第三年的作战计划中，全国的重心在中原，北线的重心在北宁线，各战场上的战役协同增加了，战争的计划性更增加了。
关于中国人民解放军的建设，他也提出了新的重要课题。
关于”战争第三年军事计划“，周恩来留下了珍贵的手稿。手稿是个提纲，共分八个部分：一、战略方针，二、作战计划，三、军队建设，四、后方勤务，五、干部训练，六、政治工作，七、克服军队无纪律性，八、军委在部队走向正规的过渡时期的准备工作。
