尽管张东荪后来对佛教思想产生了怀疑，并对佛学思想进行了批评，但其受佛学思想影响的痕迹还是很大的。他怀疑和抛弃的是佛学的修炼功夫，而佛学中的哲学义理却并未放弃。这些佛学义理，不仅对张东荪当初从事哲学思考和研究起了启蒙作用，而且对其后来的哲学思想也产生较大影响，成为其哲学思想的重要来源。这在他1928年提出的“架构论”宇宙观中有所体现。他认为“架构论”的宇宙观“与佛教的宇宙观来比较却有许多相同的地方”。他说：“以架构言，正是佛教所谓‘因缘’或即‘缘’（梵语是paccaya）。佛教以为一切只是缘，并无实质。所谓因缘即是关系，英文是relatedness，并且佛教于因缘和合而成的又名之曰‘集’（梵语是eamudayn）……佛教的宇宙观以为世界只是无数的因缘互相倚靠而存在，层层联合，好像一个大网。所谓‘帝网重重’与‘事事无碍’便是指此。这种宇宙观和我上文所述的可谓完全相同。因为只是因缘所以无实质，因为只是架构所以无实体。就无实质而言，佛教谓之曰‘空’（梵语是sunnatn）。须知空并不是指‘没有’而言，乃是说不是实体，没有本性，不能自足。所谓‘毕竟空’就是这个意思。所以佛教说因缘所生，一切皆空。这是佛教的空论，亦名曰空宗。我上述的宇宙观于这一点却亦相同。以为这世界并无实质，只是一套函数而已。可以说是函数的（functional）宇宙观。佛教虽是对于本质而说空，而对于法却又言‘有’，这亦和我主张架构有客观性是同一用意。所谓‘法性自尔’（梵语是dhammaniyamata），就是一切虽皆是由因缘而成，并无自性，但此因缘的方式却常自不变。总之，上述的那种宇宙观与佛教的宇宙观，其要点可谓大致完全相同。不意科学所得的与哲学所得的竟与二千五百年我们佛陀所主张的相暗合，使人真不能不佩服佛教思想的精深伟大了。”
当然，张东荪的宇宙观与佛教的宇宙观还是有区别的，其不同之处就在于：“架构论”的宇宙观认为宇宙是不断进化的。他说：“其不同的关键所在还是由于在宇宙观上双方有一个要点未曾相合。这一个要点就是‘进化’的观念。”
不仅如此，张东荪后来在对中国传统思想进行研究时，曾对佛学思想进行了较系统的梳理。他封笔前发表的两篇文章，恰恰是关于佛教思想的。1950年，他在《燕京学报》38期发表《中国哲学史上佛教思想之地位》，随后他又在《现代佛学》创刊号上发表《本无与性空》，这都是很见功力的文字。
