在处置日本天皇制问题上，蒋介石也表现出极大的宽容态度。日本侵华战争中几乎所有的重大军事行动与策划都得到了天皇的批准，或者是在御前会议上决定的，天皇是名副其实的最高统帅，负有直接战争的责任。抗战胜利前后，国民党政府内及舆论界要求废除天皇制的呼声很高。1943年8月，国民党政府外交部长宋子文访问英国时，表示战后应废除天皇制。1943年10月，立法院院长孙科在重庆的英文报纸上发表了《废除天皇》的论文，主张废除日本天皇制，要求追究日本天皇的战争责任。《大公报》也发表社论指出，《波茨坦公告》应加入废除天皇制的内容。〔10〕
可是，蒋介石却不主张强行废除天皇制。开罗会议时，当罗斯福就日本天皇制存废问题向蒋介石征求意见时，蒋介石说：“此次战争之祸首，为日本军阀。我以为除了军阀必须根除，不再让其预问日本政治以外，至其国体如何，最好待战后由日本人民自己来决定，同盟国在此次大战中，不要造成民族间永久之错误。”〔11〕1944年元旦广播中，蒋介石再次提出：战后日本国体问题应由该国自己选择。波茨坦会议时，蒋介石曾致电美、英首脑，主张维持日本天皇制。结果，波茨坦会议没有把天皇制存废问题列入正式议题，也未写进《波茨坦公告》。由于蒋介石对天皇制的保留态度，加上美国出于自身战时与战后在亚洲战略的需要，日本天皇制终于得以保留。
自1931年九一八事变以后，日本帝国主义侵略大半个中国，烧杀抢掠，对中国人民犯下不可饶恕的罪行。据不完全统计，在八年抗战中，中国军民伤亡达3500万人以上，中国军队伤亡达380万余人，中国官方财产损失和战争消耗达1000多亿美元，间接损失达5000多亿美元。因此，战后中国向日本要求战争赔偿是天经地义的。
早在1943年11月开罗会议召开时期，蒋介石就私下与美国总统罗斯福商议：“日本战后给予中国的赔偿中，一部分可用实际财产的方式付给，日本大部分的工业机器及设备、战舰及商船，铁路机车及车辆等，都可移交中国。”罗斯福表示同意这一建议。〔12〕1945年7月，中、美、英三国发布的《波茨坦公告》涉及日本战争赔偿问题的条款规定：“日本将被允许维持其经济所必需及可以偿付实物赔偿之工业，但可以使其重新武装作战之工业不在其内。”抗战胜利前，蒋介石就下令成立专门机构，并着手进行调查抗战期间中国军民的伤亡情况及公私财产的损失情况，以便对日索赔。
日本投降后，同盟国虽然成立了一个以中、美、英、苏四国为首的赔偿委员会，但在美国单独占领日本的情况下，美国对日索赔态度非常重要。美国为防止日本东山再起，制定了运走日本本土绝大部分工业设施充作赔偿的严厉方案，美国的最初设想是准备把日本“拉回原始的农业国发展阶段”。依据美国制定的赔偿方案，国民政府提出对日索赔的若干重要原则：中国对日索赔应有优先权，日本赔偿以实物为主，中国应取得日本赔偿总额的半数以上等等。
当时，美国把中国看成是在远东的战略基地，所以支持中国的赔偿要求。美国向远东委员会提出一个《日本赔偿先期支付案》，规定先行拆迁一部分日本国内兵工厂设备，交付中国、菲律宾等受日本侵略的国家作为赔偿物资的一部分，价值约占总赔偿的30％，其中，中国可得15％。另外，蒋介石和国民党政府在美国的支持下，宣布所有日本的公私财产，凡在中国领土上的都应作为赔偿，归中国所有。但是，苏联单方面宣布东北的日伪财产为其出兵东北的“战利品”，不应充作赔偿。苏联把东北各地的重工业设施的重要部分，火速加以包装并向本国拆运，运走的工业设备价值8.58亿美元。
战后东亚局势的发展大大出乎美国的预料。美国原指望蒋介石能够在国内战争中取胜，成为它以后在亚洲对抗苏联的战略基地。但是，没想到蒋介石在内战中一败再败。冷战全面开始后，美国根据远东局势的发展，改变了原定战略计划，把扶植的对象由蒋介石国民党改为日本，由原来的削弱日本变成了重建日本。
