贯穿整个明朝，还有一种施于大臣的惯用的刑罚廷杖，即当廷对大臣施以杖责。溯其源由，这一招还是从元朝学来的。蒙古人是马背民族，政府臣僚也是军事将领，一有过错，随时杖责，打完了照常办事。朱元璋嘴上说要“复汉宫之威仪”，但廷责大臣这一家长制的做法却不嫌胡俗继承了下来。有明一代，受廷杖甚至被活活打死的大臣不计其数，仅洪武一朝，就有朱元璋的亲侄朱文正、工部尚书薛祥被杖死，永嘉侯朱亮祖父子被鞭死。受打的是下半身，污辱的却是整个的人格和心灵，说是士可杀不可辱，至明朝，士大夫不仅可杀，更可辱了。主奴间一点点的恩意，全让板子鞭子给打得干干净净。
十六世纪下半叶来到中国，并与多名朝廷官员有密切交往的意大利传教士利玛窦，在一份私人记述中曾以令人吃惊的精确性对廷杖有过如同亲见的描述，今日读之，杖击之声还是跃然纸上：
在大庭广众之下，受害者伸开四肢趴在地上，大腿处遭到了狠狠的毒打。杖击的工具是一根坚硬无比的木棍，约有一指厚，四指宽，两臂长。执行惩罚的人双手抡起木棍，用尽全力猛抽：十棍、二十棍、三十棍，残忍之极。结果是，往往第一棍下去人就已被打得皮开肉绽，再追加几棍可就血肉模糊了。很多人就这样被活活打死了。
廷杖虽然酷烈，但还是有一些正直的大臣甘受这一刑罚而不放弃自己的立场，演变到后来，出现了一个非常怪异的现象，一个有正义感的人受到廷杖，天下都会以为至荣。对此，有历史学家说，这也是明太祖以来，与臣下争意气不与臣下争是非养成的。
在1949年问世的《朱元璋传》中，吴晗认为，自汉代以来至明朝，士大夫的地位经历了从股东、伙计到奴仆的持续下跌，汉代以来的世家大族，庄园无数，奴仆如云，有着雄厚的政治和经济力量，这些家族是共建皇业的股东，和皇家利害共同，休戚一致，高门华阀结成了一个利害相关的集团，公卿子弟熟习典章制度，在这样的情势下，士大夫与皇家是共治的。十世纪后，考试制度代替门阀制度，平民出身的进士在数量上压倒了残存的世族，这一时期士大夫与皇家的关系，如同伙计和老板，是雇佣关系。从股东降为伙计，地位已经降了很多，到明代又猛然一跌，跌作卖身的奴仆了。
文官集团与皇权的合作与角力维系了有明一代长达近三百年的历史，这一权力结构（后来加入了第三方的宦官集团）如同一个巨大的绞肉机，让一代代生命灰飞烟灭，也如同一个巨大的磨盘，绞杀着人性，使之扭曲、变形。中国传统知识分子根深蒂固的自我压抑的习性，在这数百年中不知不觉养成，同时养成的还有骨子里的奴性，精于利害计算而对天下苍生不负责任的态度。几个世纪之后，当现代性的曙光来临，知识分子为了走出中世纪的黑暗，养成健全人格，还得经历持久不歇的“除魅”。
