1376年，叶伯巨对这种圈羊一般的取士方式提出批评，朱元璋自己也意识到了仅靠学校和荐举这两途取士太过单一，所以1384年科举走向正规化后这两种方式就渐渐废弛了。
本朝开始选拔文官的科举考试，最早可以追溯到1371年8月。首科中式的士子，基本上都分到了中央六部和地方政府的要害部门，宠遇甚厚。但对这些人的办事能力，朱元璋并不十分满意，认为他们过于年轻，缺少历练，文章固然可以做得很漂亮，但学问与办事能力存在很大的反差。在一次与侍读学士詹同谈论文章之道时，朱元璋申明自己的文章观，是“通道理，明世务，无事浮藻”，而不是时文一般故作艰深，徒事雕饰。所以这一年的科考后不久，又明发上谕称，六部总领天下之务，能胜任这些职位的，必须学问博洽，才德兼美，如果真正有才有德，不管他们是隐居山林或是沉沦下僚，都要悉心推访，把他们荐举到能发挥作用的岗位上。
到1384年，科举考试才得以恢复。这年春天，皇帝授予472名士子及第。朱元璋希望这些新进官员能够效忠于他，并在他与既得利益集团即对帝国安全造成隐患的勋旧贵戚的斗争中发挥作用。在殿试中获得高第的士子第一次被派往翰林院授职，同时也还有一批国子监的优秀国学生进入翰林院，更多中式士子则被派往中央六部和地方政府“观政”。这科之后，科举取代学校与荐举，正式成为了取士的定制。
1385年，朱元璋于正式的国家法律《大明律》之外颁布《大诰》七十四条。“大诰”原指《尚书》中所收古代圣王所作的告示，朱元璋用这个词来命名他的这部法典，内心里他是把自己与上古时代伟大的统治者并列了。《大诰》汇集了朝廷审讯和判决官民犯罪的案例，其中第十条“寰中士大夫不为君用，罪至抄札”。在稍后发布的另一份政府文告中，对知识分子又作出了若干条限制，最主要的是不得交结公门，“不许生员建言”。《大诰》续编、三编于1386年和1387年相继问世，朱元璋特别指示，要把《大诰》发到各处学宫和官民之家，规定各级考试中如果能背诵这部法典的额外加赏，刑事诉讼中的被告一方若能够背诵其中条文，可获自动减刑。
下跌
有明一代始，中国知识分子的脊梁就被打折了。在诱惑与胁迫、利用与打压之下，他们滋生出了对皇权的深深恐惧。因恐惧而趋附，因恐惧而人格异化，中国传统知识分子根深蒂固的自我压抑的习性正可以从明朝算起。从他们在君王面前身姿的变化就可以看出地位的下挫：宋以前有三公坐而论道的说法，连小官见皇帝都是坐着的。唐朝初年的学士，在唐太宗面前也是有坐着的。至宋朝，大臣上朝在皇帝面前没了坐处。到了明朝，不但不许坐，站着也不行，得跪着说话了。
