一九○三年，袁世凯奏请朝廷成立练兵处，并推举奕劻主持。奏请得到了光绪皇帝的批准，于是奕劻为督练大臣，袁世凯为会办大臣，而这个督导全国新军的政府机构，其主要成员理所当然的都是袁世凯的北洋心腹：总提调为徐世昌，下属的军政司、军学司和军令司主官分别为王士珍、冯国璋和段琪瑞。仅仅四年之后，清军全国陆军共计三十六镇，袁世凯的北洋新军占据其中六镇，而且只有这六镇编练与装备极其完备，其他三十镇还都处于组织或编练中。
军权在握的袁世凯，政治上是个热情高涨的君主立宪派。
其原因普遍的猜测是：慈禧太后毕竟年纪大了，一旦哪天光绪皇帝掌权，仅就戊戌变法中的过节，袁世凯不掉脑袋也要被免官革职。因此，袁世凯极力主张君主立宪，为的是一旦立宪皇帝就会被剥夺实权。此说甚为勉强。虽然光绪皇帝厌恶袁世凯是真，袁世凯为了保住脑袋而主张立宪，这个圈子对于政客来说未免绕得太大了。可以肯定的原因是：在满汉大臣间的竞争排挤中，袁世凯认定只有立宪自己才有进一步升迁的可能——君主立宪之后，必定实行责任内阁制，他打算推举奕劻为内阁总理，想必皇族们决不会反对；而凭借在奕劻身上花费的银两，他必定能当上个副总理。这样一来，只认银子的奕劻不过是个摆设，如同现在他在军机处是个摆设一样，自己既可以控制内阁，将来也必有升为总理的可能。至于光绪皇帝，袁世凯并不特别在意，一来这是个软弱的男人，二来立宪之后皇帝算个什么？
官制改革接下来的流程，自然是袁世凯的方案得到了肯定，前提是官制编制馆总核定奕劻对他的支持。
袁世凯的方案大刀阔斧，颇有改天换地之象：撤销军机处、吏部、礼部、翰林院、都察院、宗人府；合并工部和商部为农工商部；改户部为度支部；刑部为法部；把兵部分成陆军部和海军部；增设资政院、审计院、交通部、留学部。同时，成立责任内阁，设总理大臣一人，左右副总理大臣各一人，并提名奕劻为总理大臣，自己为协理大臣。
方案还没上奏，就被泄露了出去，即刻引起轩然大波。
首先激烈反对的，是被袁世凯列入撤销机构的官员，特别是军机处的大小军机们万分愤怒。军机处是什么？是皇权运作的最高行政机构。雍正年间，负责掌管皇帝诏书和谕令的是内阁，谋划国家大事的是议政王大臣会议。雍正皇帝怕内阁泄露机密，特设临时机构“军机房”，相当于机要秘书处，没想到这个临时机构竟然成为朝廷的一个正式衙门，且凌驾于六部和内阁之上包揽了国家的一切要务。军机处大约二十多人，俗称“大军机”的军机大臣都是朝廷官职一二品的重臣，其军机首领由皇帝亲自指定；俗称“小军机”的军机章京实际上是办事员，官职从三品到六品都有，负责缮写谕旨、记载档案、核查奏议。军机无论大小，均处于皇家权力的最高层，到了晚清入主这一枢要机构的全是亲贵。如今袁世凯建议将其撤销，真是敢冒天下之大不韪！
激烈反对的，还有皇亲国戚们。王公、贝子和将军听说袁世凯主张不许他们干预政事，立即群起而攻之，都说这是袁世凯窃取权力的预谋。编制馆成员、满蒙权贵荣庆盘算了一下，如果同意袁世凯的方案，他只能当个学部尚书，地位明显地下降了；以排汉著称的户部尚书铁良更是极力反对，因为即使他当上了副总理大臣，也得交出目前掌控的兵权和财权。反对者使用的手段是散布流言，说袁世凯要撤销内务府，弃用所有宫内的太监，以鼓动太监们在内宫闹事。
军机大臣、外务部尚书瞿鸿禨，是目前六大军机中唯一能与奕劻和袁世凯抗衡的人。他并不反对官制改革，但他知道如果奕劻和袁世凯掌权，自己的军机之位难保是小，大清政权旁落袁世凯之手将祸患无穷。于是，他单独晋见了慈禧太后，别有用心地解释说，袁世凯的这个官制改革方案，主要是改军机处为内阁，而军机处与内阁制的区别是：军机处要作出一个决定，必须先请旨后施行；内阁制则是先实行了再汇报。因此，依据袁世凯拟定的官制执政，老佛爷从此就不必为军国大事操心了。
瞿鸿禨的解释彻底激怒了慈禧。
改革是可以的，改到太后头上是绝对不可以的。
慈禧即刻命令瞿鸿禨拟旨，宣布官制改革必须遵循的“五不议”原则：军机处事不议，内务府事不议，八旗事不议，翰林院事不议，宦官事不议。
袁世凯被迫修改自己拟定的方案。