一九○六年十一月六日，清廷发布中央各衙门官制上谕。
上谕基本上采纳了之前端方在官制改革的奏折中提出的方案。
军机处仍为“行政总汇”，各部尚书作为参与政务大臣“轮班值日，听候招对”；外务部、吏部不变；巡警部改为民政部；户部改为度支部；太常、光禄、鸿胪三寺并入礼部；练兵处和太仆寺并入兵部，兵部改为陆军部，增设海军部和军咨府，未设之前统归陆军部办理；刑部改为专任司法的法部，大理寺改为专掌审判的大理院；工部与商部合并为农工商部；增设专管轮船、铁路、电信、邮政事务的邮传部。各部官员“均设尚书一员、侍郎二员，不分满汉”。其余内阁、宗人府、翰林院、内务府、顺天府等均“毋庸更改”。上谕最后特别要求：“所有新简及原派各大臣责无旁贷，惟当顾名思义，协力同心，尽去偏私，真任劳怨，务使志无不通，政无不举，庶几他日颁行宪法，成效可期。”
上谕发布的第二天，新任各部大臣的名单公布了：
外务部尚书瞿鸿禨（原任）
吏部尚书鹿传霖（原任）
民政部尚书徐世昌（原任巡警部尚书）
度支部尚书溥颋（宗室）
礼部尚书溥良（宗室）
学部尚书荣庆（蒙族）
陆军部尚书铁良（满族）
法部尚书戴鸿慈
农工商部尚书载振（皇族）
邮传部尚书张百熙
理藩部尚书寿耆（宗室）
大理院正卿沈家本
按照清朝旧制，政府各部均设满汉尚书两人。现在号称满汉不分，结果十二个政府部别中，汉官六人，满蒙贵族六人。但是，外务部尚书瞿鸿禨虽是汉人，但上面有总理大臣奕劻和会办大臣那桐，瞿鸿禨不能算是该部的实权主管。于是，满汉比例实际上是六比五。且军务、财政等最为重要的部门，权力都掌握在满人手中。特别是陆军部由铁良把持，这就意味着连同袁世凯的北洋新军在内，铁良将统辖全国的新军。
有评论说，所谓中央集权，实际上就是军权和财权集中在满人手中。
这份名单不但导致了统治集团内部的满汉纷争立即显现，而且让国内以民族资本家张謇为代表的立宪派们大为失望。他们认为，官制改革并没有实质性的内容，反而暴露了朝廷预备立宪的虚伪。
实际上，官制改革中的矛盾是满汉交错的。
满族大臣奕劻始终支持袁世凯，而向慈禧太后打小报告的却是汉大臣瞿鸿禨。毫无疑问的是，除奕劻之外，满族大吏们之所以对袁世凯心怀戒备，并不仅仅因为他是一个汉大臣，而是他手中日益扩大的军权。
官制改革会议结束后不久，朝廷突然宣布在河南彰德举行南北大会操。所谓“大会操”，就是“大比武”的意思。北军指定的是袁世凯的北洋新军第三镇，南军指定的是张之洞的湖北新军第八镇。选择这两支部队比武，是瞿鸿禨的主意。而更让袁世凯感到不妙的是，具有裁判权的阅兵大臣，是对他疑忌最大的满族大臣铁良和良弼。果然，比武的结果是袁世凯输给了张之洞。紧接着，就有御史参奏袁世凯，说他拥兵自重。袁世凯知道，慈禧太后并不知道内幕，这全是皇亲国戚们搞的鬼。自己积极呼吁官制改革，改革的内容之一就是减少官员的兼职，现在皇亲国戚们显然是有意让他交出军权。与皇亲国戚抗拒？没那个力量，也不到那个时候。把苦心经营多年的军权交出去？心血白费不说，于心何甘？思来想去，袁世凯决定把北洋新军第一、第三、第五、第六共四个镇交给铁良掌控的陆军部直接管辖，然后借口现在外国军队还没有从京城周边撤离完毕，奏请驻防山海关的第二镇和驻防天津的第四镇仍归自己指挥，以有效保卫京畿的安全。袁世凯的奏折刚呈递上去，朝廷立即委派满族将军凤山接管了北洋四镇的指挥权。
这是袁世凯升任直隶总督以来遭受的第一次严重挫折。
他从身兼十一职，即直隶总督兼北洋大臣、兼管长芦盐政、督办关内外铁路、参预政务大臣、督办商务大臣并会议各国商约、督办芦汉铁路公司事宜、督练八旗兵丁、督修正阳门工程、督办电政大臣、会订商律大臣、会办练兵大臣，一下子只剩下直隶总督和北洋大臣两个官职了。其实，即使袁世凯才略非比寻常，也很难想象他能一人胜任十一种责任莫大之职。
在官制改革中，中了瞿鸿禨暗算的奕劻，以及被满族贵族合力排挤的袁世凯，成了最大的输家。
接着，地方官制改革开始了。
