他在大西洋东海岸刚一登船，驻美公使杨儒便致电帝国驻英公使龚照瑗：“现据纽约领事施肇曾探悉，孙文于九月二十三号礼拜三搭WHITESTARLINE（白星轮船公司）‘麦竭斯的’号轮船至英国黎花埠登岸。”龚照瑗立即与英国外交部交涉，希望利用英国与香港和缅甸之间的引渡条款，将孙中山由英国引渡回国。但是，英国方面回答说，香港和缅甸的引渡条款不适合他处，尤其不适合英国本土。帝国公使馆在无权实施逮捕的情况下，只好雇用伦敦的侦探对孙中山实施严密监视。
孙中山到达伦敦后，投奔了他的老师康德黎，而跟在他身后的密探也是尽职尽责：在二日星期五那天，他于上午十点三十分离开赫胥旅馆，雇了一个10850号四轮马车装行李，到葛兰旅店街八号，将行李运入，该人亦进去。他在该处到上午十一点三十分才出来，步行到牛津街，看看商店的玻璃窗子，于是走进上霍尔庞一一九号（文具店），再进加快食堂吃了午饭，于下午一点四十五分回到葛兰旅店街八号。下午六点四十五分他再出来，走到霍尔庞街的一个饭馆停留了三刻钟，再回到葛兰旅店街八号的时候，已经八点三十分，就不再看见他了。以后每天都有人监视他，但是没有什么重要的事情发生。此人常在主要街道散步，四周顾望。他不在家里吃饭，到各种饭馆去吃。从密探如此琐碎的报告上看，孙中山仅仅是在四处闲逛。
可是，十月十一日，还是出事了。上午十点半，孙中山再次拜访康德黎，途中遇见一位广东老乡，两人边谈边走，走到大清帝国驻英国公使馆门口的时候，他被“挟入馆中”——挟他的人就是那位广东同乡、公使馆翻译邓廷铿。
关于孙中山如何被关进帝国驻英国公使馆的，有两种相互矛盾的说法。公使馆始终不承认他们实施了绑架，说是孙中山自己走进公使馆的，陌生人闯进帝国公使馆当然要扣押盘问。而孙中山也曾说过是他自己走进去的，有陈少白的记述为证：“当时孙先生对我说，他早已知道公使馆，他故意改换姓名，天天跑到公使馆去宣传革命。后来，公使馆的人疑惑起来，因为当时广州起义之事，传闻还盛，以为这人，或者就是孙逸仙。公使随员邓廷铿因为是同乡，就试出他的确是孙逸仙。于是孙先生就被他们拘禁起来了。”——逃亡了大半个地球之后，竟然自投罗网跑进大清帝国的公使馆“宣传革命”，这无论如何都令人难以置信。孙中山后来在较为正式的记述中说他确实是被绑架的：“道遇公使馆随员邓廷铿，自言是香山同乡，他乡遇故，就拉到邓家内谈天。原来他的家，就是中国公使馆，以后……又遇到好几次，末了一回，即被挟持登楼，禁诸室中。”
有一个细节值得注意：邓廷铿曾给被囚禁的孙中山一个建议，建议他给公使馆二等参赞、英国人马格里写信，求马格里从中通融，前提是信中必须申明孙中山是“自动前来使馆”而不是被挟持的。孙中山即刻写了这封信，这封信由此成为公使馆对外辩解的有力物证——此时，与轮船公司谈判如何把孙中山秘密押送回国的人，正是马格里。据说马格里的计划是：先把孙中山捆起来，嘴里塞进棉花，戴上镣铐，趁着夜色将其拖进船舱，在煤堆里藏起来，然后直驶中国广州。
得知上当的孙中山十分绝望，他想到了清廷的酷刑：“首先他们将用老虎钳把我的踝骨夹紧，再用铁锤敲碎；接着是割掉我的眼皮；最后把我剁成碎块，使任何人都无法认出我的尸体。”由此，他开始考虑如何在半路上跳船自杀，甚至还考虑了在自杀未果的情况下回到大清帝国遭受酷刑时如何供词：我已完全决定采取任何行动，下决心尽一切努力跳下船去，葬身英吉利海峡、地中海、印度洋或中国海。如果这些试图不成功，不幸抵达目的地广州，我决定立即招认以免遭第一轮酷刑。即使如此，像我这样的案子仍然会受许多罪，因为他们会对我进行最残酷的严刑拷打，逼我出卖同志。我决心宁肯挨到死也决不这样做。如果真是这样，中国近代史将是另一种样子。
孙中山死里逃生的经过简单而迅速。他以“中国皇帝仇视中国的基督教徒”为由，说服了在公使馆内工作的英国工人柯尔，柯尔将他的信带出公使馆交给了康德黎：予于前星期日，被二华人始则施以诱骗，继则复骤加强暴，将予幽禁于中国使馆中。一二日后，使馆将特雇一船，解予回国，回国后必被斩首，奈何？康德黎立即奔走于英国外交部和英国警察局，要求他们出面制止大清帝国公使馆在英国国土上公然绑架的行为。两天之后，英国外交部和警察局开始干预。勇敢的柯尔还策划了让孙中山从被关押的斗室的房顶逃脱的计划。但是英国警方不同意，说一两天后保证让这个被关押的基督徒从大清帝国公使馆堂而皇之地走出来。英国警方的强硬来自舆论的压力。《泰晤士报》刊登了英国学者的文章，说大清帝国在英国国土上随便抓人是对英国皇权的蔑视。而《地球报》特地出版了刊有《中国政府驻伦敦公使馆绑架和监禁一位中国名人》的号外，指出被绑架和监禁者曾“密谋攻占广州总督府，其最终目的是推翻满族或鞑靼王朝”，因为“中国在它的统治下显然日益恶化，除非推翻这个王朝，否则不能指望国家事务得以改善”。结果是伦敦全城轰动，记者们蜂拥前往公使馆，英国政府正式照会大清帝国公使，要求释放被绑架的人。十月二十三日下午，在英国外交部的强大压力下，公使馆终于承认关押着一个人，而且同意释放这个人，条件是英国政府确保这个人返回香港后，不再从事谋反朝廷的活动。英国外交部的回答是：释放时间不允许超过今日下午十四时。十四时半左右，在英国外交部官员、英国警方的一位探长和康德黎的陪同下，孙中山走出了大清帝国驻英国公使馆。
