尽管朝廷悬赏千元缉拿孙中山，孙中山还是逃脱了。他把起义名册烧掉，短枪扔到井里，在广州城藏匿了两天后，化装成商人租了一条小船，经顺德到香山之唐家湾，然后乘轿子到达澳门，再从澳门乘船去香港，由此开始了他长达十六年的流亡生活。
陆皓东，父亲是上海商人，父亲去世后随母亲回到故乡，是孙中山少年时的伙伴，两人同时受洗加入基督教。他曾陪孙中山由广州北上京津，后在香港加入兴中会，创建兴中会广州分会，组织暴动时“拟定青天白日”为旗帜。他再也没有机会陪伴孙中山浪迹天涯了。在被砍头之前，陆皓东在供词中痛斥大清朝廷的黑暗，说自己举事的目的就是要杀掉一两个“狗官”——“直认革命不讳，虽叠受非刑，亦不供出同党”：吾姓陆名中桂，号皓东，香山翠微乡人，年二十九岁。自居外处，今始返粤，与同乡孙文同愤异族政府之腐败专制，官吏之贪污庸懦，外人之阴谋窥伺，凭吊中原，荆榛满目，每一念及，真不知涕泪之何从也。居沪多年，碌碌无所就，乃由沪返粤，恰遇孙君，客寓过访，远别故人，风雨连床，畅谈竟夕。吾方以外患之日迫，欲治其标，孙则主满仇之必报，思治其本，连日辩驳，宗旨遂定。此为孙君与吾倡行排满之始。盖务求惊醒黄魂，光复汉族。无奈贪官污吏，劣绅腐儒，靦颜鲜耻，甘心事仇，不曰本朝深仁厚泽，即曰我辈践土食毛。讵知满洲以贱洲贼种，入主中国，夺我土地，杀我祖宗，据我子女玉帛，试思谁食谁之毛，谁践谁之土。扬州十日，嘉定三屠，与夫两王入粤，残杀我汉人之历史尤多，闻而知之，而谓此为恩泽乎？要知今日非废灭满清，决不足以光复汉族；非诛除汉奸，又不足以废灭满清。故吾等尤欲诛一二狗官，以为我汉人当头一棒。今事虽不成，此心甚慰，但我可杀，而继我而起者不可杀尽。公羊既殁，九世含冤；异人归楚，吾说自验。吾言尽矣，请速行刑。史书记载，陆皓东乃“兴中会员流血之第一人”。
孙中山则称他为“中国有史以来为共和革命而牺牲者之第一人” 。
孙中山在朝廷追捕下的流亡过程险象环生。
到达香港后，他的老师康德黎向律师咨询香港能否接纳政治犯。律师回答说此前还没遇到这种事，因而很难预料港督的态度，建议孙中山还是尽快离开为妙。孙中山立即去香港汇丰银行取款，准备再次逃亡。此时，他的身后已跟上了港方密探：“此次替叛党组织筹募经费的骨干人物，名叫孙文，或称孙逸仙……侦知他在十月三十一日，曾经香港汇丰银行提款三百元，然后转往皇后道一楼宇，之后便失其行踪，大概是从后门遁去。”第二天，大清朝廷便向香港方面要求引渡孙中山。可是，香港方面拒绝逮捕孙中山：“孙文如来港，必驱逐出境，不准逗留。”——英国人的原则是：只要引渡回去的人会被砍头，就坚决不予引渡。毫无疑问，孙文只要落在大清朝廷的手里，必会即刻身首分离。
孙中山与陈少白、郑士良乘坐一条日本货船，经过十四天的颠簸抵达神户。刚一上岸，就看见了当地《神户又新日报》上的醒目标题：《广东暴徒巨魁之履历及计划》。文章描述了广东暴动的起始，其经过甚至比孙中山知道的还要详细。陈少白在《兴中会革命史要》中说：“我们从前的心理，以为要做皇帝才叫‘革命’，我们的行动只算造反而已。自从见了这张报纸以后，就有‘革命党’三字的影像印在脑中了。”第二天，三个人转移到横滨。在这里他们打听到的消息是：日本政府允许引渡政治犯。于是，孙中山决定远逃美洲。为了摆脱密探的跟踪，他干脆剪掉辫子，把长袍马褂换成了西装——“即使是日本人，也常常把我看成是他们的同胞。”孙中山走了，郑士良返回香港，陈少白因为无法办妥去美国的护照留在了横滨。
孙中山去了檀香山。
此刻，两广总督谭钟麟接到了朝廷的严厉上谕：……该匪首孙文杨衢云纠合党类，竟至四五万人之多，在省城租定民房，潜谋不轨，该督等岂竟毫无见闻！著谭钟麟、成允严密访查，务将首犯迅速捕获，以期消患未萌……将此由四百里谕知谭钟麟，并传谕成允知之。孙中山决定逃往美国。
他在檀香山还没有动身，朝廷的公函已到达驻美公使杨儒的面前：“粤东要犯孙文谋乱发觉，潜逃赴美，希即确查密复”。
一八九六年六月十八日，孙中山刚刚抵达旧金山，大清帝国驻旧金山领事冯咏蘅便收到了密探的电报。密探不但把孙中山的行程探得一清二楚，连他随身携带的当年上书李鸿章的草稿和几本书都已偷来：孙文，原字帝像，别号逸仙，改字载之，香山县蔡坑村人，现改成早埔头人，年约三十左右，身材短小，面黑微须，剪发洋装，由檀香山行抵金山。同伴有二洋人，一名卑涉，亦美国金山人，素系檀岛银行副买办；一名威路，亦美国人，向在檀岛服官。前此创议废主，因其未隶檀籍，所谋不逞，均挟厚资，居檀年久，是否孙同党，尚难臆断。惟见同船偕来，交情甚洽。孙文借寓金山沙加免度街第七百零六号门牌华商联胜杂货铺内，闻不日往施家谷转纽约，前赴英法，再到新加坡。并闻有沿途联合各会党、购买军火、欲图报复之说。该犯随身携带私刊书册两本，虽无悖逆实迹，检其上李傅相书，确有该犯之名，显系孙文无疑。现将原书设法觅取寄呈，俟访明该犯赴纽行期，再行电禀。当时，美国与大清国之间没有引渡条约，因此驻美公使馆无法直接逮捕孙中山。在密探的跟踪监视下，孙中山乘火车横穿美国国土，沿途在各城市短暂逗留时，仍竭力宣传中国何以要推翻满清政府，以争取华侨的支持。但是，“言者谆谆，听者藐藐，且以中山为谋反大逆，视同蛇蝎，其肯与往还者，仅耶稣教徒数人而已”。
九月二十三日，孙中山决定前往英国。
