科学家钱伟长一旦成了右派分子，他的科学论著立即遭到有组织的声势浩大的清算和批判。清华园内外的一些学者教授被动员起来，要剥他的“超级自大的万能科学家”的外衣。有人说他的著作是抄袭的，有人说他的科学研究成果是窃取来的，有人说他的学说是虚伪的，不一而足。而后来，清华大学一位左派教授的力学论文错误百出被他指出之后，却公然声称：“右派教授无权审查左派教授的文章!”(发生这一事件时，钱伟长的右冠已摘)
真是左右分明。而科学则变得昏暗了。
根据《八十自述》中的追忆，被停止一切工作的钱伟长，并没有真地停止一切工作。只是，他的工作方式被扭曲了，进入了“地下状态”。人民需要他的学问，需要他的工作，从一九五八年至一九六六年，不同的人们，通过不同的渠道，越过了清华园高高的围墙，静悄悄来到钱家。他们之中，有部长、厂长，有军事技术干部和产业工人，也有工程师和一般职工，让这位被困在清华园里的科学家，为他们回答咨询，寻找资料，推荐人才，进行工程设计运算，提供设计方案，解决技术难题，翻译最新的外文文件等等。这样的事例，总共有一百多项(次)。
一九六○年，摘掉右派帽子的钱伟长成了清华园中的一个“摘帽右派”。但是，工作的禁区并没有开放，是校外单位首先为他打开了禁区的一角。他首先为冶金学界、金属学界、航空学界，随后也为在校内举办的多个培训班，讲颤动理论，讲空气弹性力学，讲工程流体力学，讲弹塑性力学，讲电机强度计算基础等等。一九六○年至“文化大革命”前六年间，一共讲了十二门新课，写了六百万字的教材。这些教材在一九九三年以后陆续出版。
钱伟长在清华园里，在加拿大，在美国，曾经一步步地攀登科学的高峰，攻克过一个个的难题。一九五六年，他在布鲁塞尔大会(IUTAM)上发表的长方板大挠度理论和方法以及浅球壳跳跃理论和方程——“钱伟长法”和“钱伟长方程”，在六七十年代里成为国际上同行们进行研究和试验的依据。如果一九五六年是他的一个高峰的话，那么一九五七年他就从这个高峰跌落下来了。
“一九五九、一九六○年，国际力学会议主席Koiter教授两度邀请我至荷兰主持现代壳体力学研讨会，提供往返旅费及生活资助，都遭到清华大学领导的拒绝而未能应邀参加，连论文也不准寄出。”钱伟长教授在《八十自述》中不无遗憾地回忆道。一九六四年，钱伟长写成《关于弹性力学的广义变分原理及其在板壳问题上的应用》论文，寄给《力学学报》，编辑部以“不宜发表”为由退稿。他写信给编委会(反右之前，他是这个编委会的成员)进行申辩。这回连回音都没有。一九六八年，日本科学家鹫津久一郎在所著《弹塑性力学中的变分原理》一书中提出了与上述钱文相似的论点，这一论点在国际上随即风行一时。但日本人提出这一论点比钱伟长晚了四年。直到一九八九年，钱文才得以首次发表，比成文时拖后了四分之一个世纪。这些情况，怎不令科学家气短。
“文化大革命”中，“摘帽右派”和“资产阶级反动学术权威”钱伟长成为清华大学劳改队的“永久成员”，皮肉受尽了各种痛苦，书籍资料散失大部，生活用具和衣服被褥被“征用”，连吃饭都难以为继。一九七○年五月，美国作家韩丁访华。周总理让钱伟长在家中接见韩丁。为此，清华大学革命委员会让已挤住进钱寓的住户立即搬走，让同教研组的教师为钱家室内墙面重加粉刷，并勒令钱伟长借钱添置新的家具(当时已扣发了几年工资)。差不多一年内，钱伟长应周总理的安排，还在家中接待了来自英、美、法的几位作家和记者。这些接见，给他带来了实惠：教授家的院子和居室，恢复了一些模样，教授的穿戴，恢复了一些体面。
“四人帮”垮台后，一九七七年起十年中，钱伟长在北京、武汉、昆明、无锡、贵阳、西安、绵阳、兰州、上海等城市举办的六个大型科学讲座上讲了《变分法有限元》、《奇异摄动理论》、《张量分析》、《穿甲力学》、《广义变分原理》、《格林函数和变分法在电磁场和电磁波计算中的应用》，实现了他“把讲坛搬到全国去”的愿望。每一个讲座都是他的科研成果，每一个讲座都是一部新的学术论著，每一个讲座都是他对祖国对科学的无私奉献。
