二是军营建制的创新。袁世凯参照德国和日本的军营建制，打破旧军队不分兵种的现象，分步、炮、马、工程、辎重各兵种分别建制。其中步队5000人，分左右两翼，左翼二营，右翼三营；炮队1000人，分右翼快炮队、左翼重炮队和接应马炮队三个队；马队500人，分四队；工程队500人，分别负责桥梁、地垒、电雷、修械、测绘、电报。这军营建制，既便于士兵的专业训练，提升士兵的作战能力，又便于军队的管理，发挥各营所长。这些军营建制，也为军事的近代化奠定了建制的基础。
三是军事技术的创新。在军事装备上，袁世凯大胆采用西方的先进技术，设备全部换成了从国外购置的步枪、马枪和快炮。
四是军制建设的创新。袁世凯入主小站后，就着手制定军律，申明军律为第一义，照兵律成宪，刊发各营，使兵丁皆得持诵，并遴选派执法营务处，秉公纠察，让兵丁皆知法而兢兢用命。改放军饷模式，不许营员经手，不至营私，改由营员按名点发，杜绝冒名顶替、扣发军饷、舞弊截留、中饱私囊等现象。规范军械管理，各营器械，均归一律，调曾习械学者充当，专人负责。加强思想教育，士卒须以忠君爱民为首务，全在为将者勤加训练，设听令公所，将兵丁分类集中讲训，编四言文字，编《训将要言》、《训哨弁要言》、《训兵要言》及《劝兵歌》等刊发各哨，令兵丁熟诵，强化兵丁忠君爱民思想。强化军事训练，以步法、手法、阵法、操法为要务，模拟对垒遇敌之状进行军事演练，提升兵丁作战能力。设立军人抚恤制度，在营病者及作战伤者，由医局诊治给药，分等给赏，照发银饷；病故者，给予埋葬费用，并支家属薪水；阵亡者，赏饷薪二年，并抚恤家属。设立奖赏选拔制度，每届年终，择其操练勤能者，分别赏给功牌，达部注册。更改军服，概不准穿长衣，以利便短服以主，统一着装。袁世凯的这些军队制度建设，是近代军事制度的基本内容，确有可取之处，影响深远。
五是军事教育的创新。袁世凯小站练兵时，一个显着的特点就是将兵丁训练与新式学堂教育结合了起来。新建陆军中有炮兵、步兵、骑兵、德文四所随营学堂，统称“行营武备学堂”。袁世凯亲自拟定兵官学堂试办条规，详细规定学堂教学的内容，纪律，考试，奖励、选升办法等：（一）千军易集，一将难求。本军添设学堂，专为造就将才起见。挑选学生，必须质敏体健，相貌魁梧，性情忠实，兼能粗通文艺者，始准入选。倘有不堪造就者，即随时降革。（二）诸学生应学兵法、枪炮、算学、测绘、地理及战阵攻守各法，按季会考，分别擢奖。诸生等须视为切己之雪，认真研求，力图上进。（三）学生季考有连列三次优等者，遇有哨官长缺出，当即派补。倘学生仍有未竟，或年纪太轻者，酌加薪水，以资鼓励。……（四）每月考试，按每日功课分数，汇入月考分数内，评定甲乙，列优等第一者奖银十两，次则分等酌给。凡考列第一者，除给奖银外，仍记赏功牌；俟周年大考后分别请给，二年汇请保奖。诸教习并宜各立簿册，分别详记诸生功过。考时汇查功过多寡，分数亦随之加减。……（五）凡考试由监督命题，会同汉洋教习扃门面试，不准交头接耳及夹带课本，交卷后放出，次晨再验看操演各法，评定甲乙，其每月课卷，由监督分派诸汉文教习，改正文理字画并缮写格式。……袁世凯所订这些军事教育条规，皆为近代军事学校教育的始创性条规，意义不言而喻。当时就有日本记者称赞此举时说：“当时支那（支那，乃帝国主义列强对中国的蔑称，为保留原貌，不做改动）之八股时文尚未废弃，稍通文墨者，多不肯入学堂。名学堂曰洋学，而武学尤为人所轻贱。袁皆竭力提倡，优其奖励，许人以不次超迁，于是五六品文官以及举贡生监则愿入堂肄业。支那此风之开，实自袁始。”
