袁世凯对朝鲜海关的进一步控制是通过贷款示惠完成的。此时的朝鲜经济落后，加上朝廷奢侈浪费，国家财政处于非常窘迫的境地，不得不向外国借债。1886年，朝鲜向德商世昌洋行借款三万英镑，利息高达30%，分八次按季摊还。朝鲜外务署在事先并未通知总税务司墨贤理的情况下，就以海关关税作了抵押。结果到1887年，朝鲜因有一两次付款稍迟，世昌洋行就威胁说要扣税还债。墨贤理和袁世凯都觉得这样很不妥当，在袁世凯的斡旋下，“议妥世昌洋行不得再以海关税收作抵押，而由袁世凯担保偿还”。到1889年，朝鲜财政继续恶化，当时朝鲜外债达一百三十万元。1890年春，朝鲜欲向法国借款两百万元。朝鲜这次向外国借款，还有其政治目的，就是想以独立主权国家的名义向外国借款，以显示自主，抗拒袁世凯对朝鲜内政外交的干预。袁世凯知道后，遂加阻止。一方面，向外国借款，属重大事宜，应向他禀明，朝鲜不禀明就是对上国的不尊重，不可轻易随了其愿；另一方面，向外国借款，朝鲜不能偿还，必将还以海关、矿山等作抵押，海关、矿山等经营管理之权势必落入其他列强之手。袁世凯的担心是有道理的，在袁世凯的阻止下，朝鲜欲向法、美等国的借款没有得逞。
袁世凯在阻止朝鲜以海关作抵押向外国借款的同时，积极主动向李鸿章禀报，并争取由清政府向朝鲜政府提供贷款。他说：“……况近来又有美人调唆，拟将中国所遣派海关人员全行撤换，权归自握之说。中国若贷款予韩，即责由海关偿抵，则遣派关员之权，尤可增固。揆诸时宜，亦为要计。”李鸿章遂同意向朝鲜提供贷款。而朝鲜政府则担心向清政府贷款，更受限制于清廷。袁世凯明白朝鲜的担心，遂转游说朝鲜假借名义，向华商贷款，但坚持称要以海关关税作为抵押。李熙及闵妃担心以海关作为抵押，必将是以关权尽授华人。但袁世凯为了消除李熙及闵妃的顾虑，请郑秉夏等朝鲜官员从中劝说，最后李熙同意朝鲜以漕米转运署之名向华商借款两笔，各库平银十万两，行息六厘，第一笔本息分八十个月内清偿，以仁川海关关税作抵押；第二笔分一百个月内清偿，以釜山海关关税作抵押。
袁世凯通过向朝鲜朝廷贷款示惠的方式，遂进一步加强了对朝鲜海关的控制，李鸿章也肯定了这次贷款对“保护属藩大局”的政治意义：“由华商出名，仅令认息六厘，较洋债倍为减轻。且由海关拨还，则操纵尤可在握，阳示羁縻，暗资铃制，办法尚为妥治，于保护属藩大局，殊为裨益。”
这次贷款示惠，不仅进一步控制了朝鲜海关，一百个月就是八九年，把海关作为抵押，而且时间之长，对宗主国的利益可想而知；而且朝鲜国王李熙及政府还感谢袁世凯对朝鲜提供贷款，帮助朝鲜渡过难关。在贷款过程中，与袁世凯拉近距离的闵泳骏、闵泳达、郑秉夏等朝鲜大臣，更是受到袁世凯的拉拢，在推行宗主国政策方面获得较大进展，“袁与韩廷之间的关系，亦因之而获得改善”。
