袁世凯驻朝鲜以来，日本在朝鲜的势力大受打击，一直伺机恢复其往日的优越地位。甲申事变后，日本在朝鲜势力受挫，于是埋头发展经济，做好备军准备。早在1887年，日本陆军参谋部第二局局长小川又次陆军中佐就起草了《清国征讨策案》。在这份文件中，他列举了旅顺半岛、浙江舟山群岛、澎湖列岛、台湾全岛等六个战略要冲，并扬言要通过战争把这些要冲“划归日本版图”，侵略之心、扩展野心，路人皆知。但对于这些，大清还蒙在鼓里，几乎没有多少认识。李鸿章知道日本人狡猾，对日本防着一手，遂通过袁世凯加强对朝鲜的控制，防守自己，抵制日本。但对于朝鲜，袁世凯虽知其重要的战略意义，虽有稳固朝鲜，中国东北角即可安宁的思想，但喜好面子的他在意的仍是事大礼仪，在意的是表面上的中国为大。近代以来，中国“中央之国”的梦想被打破，但盲目自大的思想一直延续下来。自强运动时，虽大兴实业，求富救国，但国人的思想还是相当保守的，缺少放眼世界的眼光，袁世凯作为年轻人，少年得志，目空一切，叫他以世界的眼光处理朝鲜事物，难免苛刻。但也正是如此，袁世凯在朝鲜期间的种种“作为”，对大清有利，但对促进朝鲜近代化则无多大的推动作用。
袁世凯对朝鲜的“管理”是全方位的，涉及面非常广，“举凡电政、邮船、造币、借款等权利，思一网打尽”。袁世凯在朝鲜期间，从加强对朝鲜宗主权的角度考虑，积极架设电报线路，委派中国人管理，保证了信息的及时反馈和往来。在铸币问题上，朝鲜政府本想以自行改革货币、铸造只注朝鲜年号字样的金银铜货币，摆脱中国干预，但袁世凯坚称属藩货币必须注有大清年号，遂多方干预阻止。在发展朝鲜的渔业和矿业方面，袁世凯也多从宗主国的角度出发，加以干预。袁世凯在干预这些事情的背后都与日本有着复杂的关系。
