1989年6月的那场风波中断了中美两国自1979年建交后开始的热恋。在这个10年中，两国的关系带有相互发现的性质，当然也带有相互想象的特征。而接下来的90年代，两国关系则是波涛汹涌，险情不断。80年代发现的惊喜和想象的美好都烟消云散了，代之而起的则是敌对和丑化。从美国方面讲，人权问题和台湾问题支配了对华议程，中国被描述成“无赖国家”；从中国方面来讲，谴责声浪此起彼伏，仇美情绪汹涌而起，美国被描述成霸权主义国家。
下面，我们依照年代罗列一下90年代中美之间发生的重要冲突。
1989年：北京发生政治风波。美国迅速作出反应：布什政府宣布对华制裁措施；众议院通过了制裁中国的修正案，参议院也通过了对华制裁修正案。美国媒体对风波过程作了详尽的报道，创下电视史上收视率最高的记录之一，在美国民众中，这一事件成为中国的象征性形象。
1990年：美国国会再次通过决议要求对中国实行经济制裁；美国国务院发表人权报告，将中国列为重点，与利比亚、古巴、伊朗、伊拉克等“无赖国家”相提并论。
1991年：美国行政当局和国会围绕中国最惠国待遇展开激烈争论，参众两院分别通过提案要求给中国最惠国待遇附加人权条件，在布什总统否决了这个提案后，众议院以357票赞成对61票反对推翻了布什的否决。在这一年里，苏东社会主义国家发生剧烈动荡，苏联解体。
1992年：布什政府决定向台湾出售150架F-16战斗机。克林顿在竞选中对布什的对华政策进行激烈攻击。
1993年：克林顿发布贸易与人权挂钩的行政命令，给中国最惠国待遇问题附加人权条件；国会通过决议反对中国主办2000年奥运会；发生“银河号”事件。11月，江泽民主席与克林顿在西雅图会晤，江泽民邀请克林顿访华，但克林顿直到1998年才实现了访华。
1994年：美国国务卿访问北京失败，国务卿克里斯托弗声称：“我决不再去中国，而我不去别人也不许去”。这一年，美国商界积极行动要求改善中美关系，克林顿宣布贸易与人权脱钩；中美两国围绕中国知识产权问题进行谈判。
1995年：李登辉以私人名义访问美国，中美关系进入最低谷，中国无限期召回驻美大使，中国在台湾海峡进行军事演习。
1996年：台湾“总统选举”，中国在台湾海峡再次举行大规模军事演习，美国派2艘航空母舰到该区域水域，这是越战后最大规模军事集结，两国有发生军事冲突的危险。
1997年：中美关系开始改善，10月26日至11月3日，江泽民主席访问美国。同年，邓小平去世，亚洲发生金融危机。
1998年：克林顿访问中国，在北大演讲时遭到北大学生严词提问；中美建立建设性战略伙伴关系。
1999年：围绕李文和间谍案，美国舆论大肆攻击中国，朱总理进行“消气之旅”。5月，北约战机轰炸中国驻南斯拉夫大使馆，中国舆论哗然，美国驻华大使馆遭受围攻。
2000年：美国给与中国永久最惠国待遇，围绕国会对此问题的投票，美国国内展开了对华问题的激烈辩论。
2001年：布什新政府把中美关系定义为竞争对手的关系，五角大楼把中国作为头号假想敌。布什声称，如果中国进攻台湾，美国将使用一切必要手段保卫台湾。4月，发生南海撞机事件，中国国内民族主义声浪高涨。
