在严重的民族压迫之下，边境上的少数民族同样地也起来反抗。明朝统治者对于边疆的少数民族一贯是用挑拨离间的政策，所谓："分则易治，合则难图。"《明史》卷五-七，《成祖本纪》。使他们兄弟般的部族，互相猜忌，互相削弱而易于统治。又因为东北和西北各族以游牧为生，需要茶、盐、绸缎、布匹，而明朝也正需要西北的马匹，东北的獭皮、人参、海东青等产品。于是就在边境上设立马市，用欺骗的手段，以不等价的价格来换取便宜的物资。各族人民为着生活上的需要，在平时只有忍受着欺侮；但是当明朝国力日趋衰落时就群起反抗。所以在明代的中叶，自从北方的鞑靼和东南的倭寇相继入侵后，紧接着在一六一六年（万历四十四年）臣服于明朝的建州左卫都督努尔哈赤起兵（后来的清太祖），由东北一个小小的部族，逐步强大起来，终于脱离了明朝的羁绊，成为明朝东北边境上的严重威胁，最后并倾覆了明帝国的政权。
总之，万历四十余年间，社会的情况，是由于统治者的"好货成癖"贪婪无厌，就从暂时的小安，很迅速地转变为外患纷起，社会动荡，极不稳定的局面。明末清初史学家谷应泰对于万历时政治的腐败，很沉痛地说：
"当是时也，瓦解土崩，民流政散，其不亡者幸耳。"
从而可知腐朽的明朝封建统治政权，等不到天启和崇祯时期，已经濒于危殆了。
明熹宗由校即位以后，政治更趋于腐化。首先是根深蒂固的宦官集团以魏忠贤为首出来当政，他们只知道专权纳贿，排斥异己，根本不顾国计民生。这时东北的边患，日趋严重，但他们仍把防御外侮，治理边防的大事，置之脑后；而他们所注意的却是肥己营私，以私人的恩怨，随便更换边关的将吏，边事益发败坏到不可收拾的地步，遂使清兵得以屡次入边，侵扰掠夺，因之引起了全国人民极度的不满。那时代表江南地主阶级中比较开明的分子--东林党人，起来与宦官集团作剧烈的斗争。魏忠贤辈就兴起大狱，颁布《三朝要典》，榜示东林党人的姓名，把万历、泰昌（光宗常洛）两朝嫡庶继承的纠纷和辽东战役失败的责任，都加在东林党人的身上，算是他们的罪状，想把他们一网打尽。又在明朝赋税奇重，积弊已深的局面上，更进行层层剥削，到处敲诈掠夺，使人民陷于水深火热之中，酿成了极端尖锐的社会矛盾，迫使人民起而反抗，酝酿而形成了明末农民大起义。
不久，熹宗死了，到他弟弟崇祯皇帝由检即位时，为了巩固其统治政权，第一步就铲除魏党，销毁"三朝要典"，重新召回东林党人，组织内阁，好像要励精图治；但实际上不过是去了一批宦官换上了一批他所亲信的宦官，社会的矛盾仍旧在继续加深。而对于当时的外患和民生的痛苦，以及种种弊端，根本不可能解决，并且越发地弄得杂乱无章，明帝国的政权到这时已注定要垮台了。
