黄兴回到上海，心情不佳，自认战事失利，责任难推卸。人或劝他说，自黄花岗起义以来，全国人心皆趋向革命，这就是了不起的成功啊！于是致电催促广东都督胡汉民，促他派数营兵力，前来壮大北伐队伍。胡汉民回电说，已公推姚雨平为正司令，马锦春为副司令，已向上海出发。黄兴与柏文蔚、林述庆等商量后，议定，北伐应将攻击目的推进到黄河南线，以期屏障将在南京成立的临时政府。同时要派出暗杀团，插入敌后，扰乱其大本营，相机夺取山东、河南。
在同盟会会员策划和支持下，新军第九镇统制徐绍桢，于南京城郊秣陵关起义。徐绍桢与上海都督陈其美及苏浙起义军将领商定组建联军会攻南京，徐绍桢任总司令。11月11日，联军司令部在镇江成立。11月24日至12月1日，在总司令徐绍桢的统一指挥下，联军相继攻占乌龙山、幕府山、雨花台、天保城等据点。后黄兴赶来加入指挥。12月2日一举攻占南京城。至此，长江以南全部为革命军所有。
议和的事，袁世凯的歪脑筋动辄就有馊主意。此时他已受清廷之命，回京组织内阁。他以为必须攻克汉阳，方能挫煞民军锐气，这样谈判桌上才有足够的筹码。11月1日，清军攻陷汉口。同日，摄政王载沣宣布解散皇族内阁，交出全部军政大权，以袁世凯为内阁总理大臣。黎元洪和黄兴、宋教仁等过高估计了袁世凯的力量和自身的困难，企图利用袁世凯和清朝贵族之间的矛盾，以大总统的位置动员他倒戈，将倾覆清廷的希望寄托于他。11月27日英驻华公使朱尔典向其国发电报告：“清军攻克汉阳，革军退避武昌，军心已挫。黎都督元洪现预备承认立宪政府。”起义军指挥层见北伐无望，且武昌也有失陷的可能，遂同意黎元洪通过英国驻汉口总领事与袁世凯联络。袁氏的密使刘承恩、蔡廷干过江，和黎元洪谈判。假座汉口英租界顺昌洋行，各省代表议决，请黎元洪以大都督名义，执行中央政务，与袁世凯有对等之谈判地位。12月1日，双方议定停战三日。此后又拟定双方派出代表讨论大局。随后陆续签署六次协议，延长停战期到次年1月底。
12月7日，清廷命袁世凯为全权大臣，由他委派代表驰赴南方，讨论大局。于是袁世凯就委托唐绍仪为议和全权代表。南方十一省军政府则公推伍廷芳为民国议和全权代表，随同参赞有温宗尧、汪兆铭、王宠惠、钮永建，湖北特派代表为胡瑛、王正廷，这班人共组议和代表团。
其中，汪精卫刚于一个月前从监牢中赦免出狱，他和杨度组建了国事共济会，在11月底，给军政府都督黎元洪写了一信，交袁克定的手下送往武昌，密约南北停战议和。两天后，他们抵达汉口，唐绍仪也来了，但这时得知，伍廷芳受张謇、赵凤昌等人说项，不愿来武昌，邀往上海谈判。于是，袁世凯又命唐绍仪赴沪讨论。18日，双方代表在英租界议事厅举行首次会议，南方主议题：清帝退位，建立共和。北方唐绍仪说：“共和立宪，万众一心，我等汉人，无不赞成。不过宜筹一善法，使和平解决，免致清廷横生阻力。今所议者，非反对共和宗旨，但求和平到达之办法而已。”则属话中有话。
不过就在唐绍仪南下前一天，清廷方面开出和谈条件，共有二十二款，其中说，大清帝国改号中华联邦共和国……但又说，第九条：国王例为世袭，但大总统以四年为任期；第十二条，国王为万世一系；第十四条，除大总统外，所有国民皆为臣民；第十六条，凡与国王为敌之国家或其君主或大总统，吾大总统亦视之为仇敌……
