冯云山在紫荆山地区迅猛发展，洪秀全则回到花县家中。花县的父老是淳朴厚道的，他们很快原谅了洪秀全捣毁孔子牌位的所作所为，继续让他担任村里的塾师。一年多的时间里，洪秀全实现了拜上帝教的基本宗教理论建设，写成《原道醒世训》、《原道觉世训》、《百正歌》、《改邪归正》等通俗的文献。前文笔者也提及，基督教上帝是舶来品，教义和偶像并不对中国人的胃口，基督教的传播在国内困难重重。要想传播教义，必须对基督教的理论改弦更张。这时洪秀全与冯云山不约而同地想到一个高招，就是利用儒家传统来反对儒家社会，把反传统反儒家反满清的理论包装在传统的思想信仰、风俗习惯的外壳之下，给洋人的上帝穿上唐装。洪秀全极其高明地指出他所宣传的上帝，就是中国古代经书上所崇拜的上帝。他在《原道觉世训》中宣称说：“历考中国史册，自盘古至三代，君民一体，皆敬拜皇上帝”，中国与外国本来都是同走这条大路的。“至秦政出，遂开神仙怪事之厉阶”，差入鬼路，致“惹蛇魔阎罗妖缠捉”。这样，就把西洋上帝，等同于中国古代经书上的上帝，从而与中国历史结合了起来。这样，洪秀全的教义上承三代，成为中国最纯正的法统，而不是被人排斥的西洋邪说了。
洪秀全又到广州府传教士罗孝全的礼堂学习了四个月基督教教义，研究基督教的仪式和教条，读了《旧约》和《新约》，丰富了宗教理论。但罗孝全并不愿意给这个中国人施行“洗礼”，因为他发现，这个中国人来教堂，并不是要为上帝献身，而是要试图证明自己上帝之子的神圣地位，换句话说，上帝只是洪秀全企图利用的一个工具。这对基督徒来讲，几乎是亵渎神灵的行为。洪秀全不厌其烦地给罗孝全讲述他的梦境，希望这个基督教的理论专家帮忙确立自己上帝次子的地位，罗孝全则认为洪秀全神经不太正常（罗孝全《洪秀全革命之真相》）。
洪秀全得知冯云山在紫荆山后，立刻动身赶往紫荆山，冯云山率领久盼教主圣驾的教众迎接。见到紫荆山大好形势远远超过最初期望，洪秀全大喜过望。洪秀全的性格远比冯云山激烈，眼见拜上帝教声势极壮，开始推行过激的捣毁神像和清理异教徒政策。道光二十七年（1847年），洪秀全和冯云山远赴象州，摧毁当地香火最盛的甘王庙。洪秀全宣布甘王十大罪状，然后令冯云山把神像眼睛挖出，头发割去，弁冠踏烂，龙袍扯碎，身放倒，手折断。洪秀全捣毁甘王庙，诗兴大发，又在墙壁上打油一首，现录于下（错别字改于括号中）：
题诗行檄斥甘妖，该灭该诛罪不饶。
打死母亲干国法，欺瞒上帝犯天条。
迷缠男妇雷当劈，害累世人（火）定烧。
作速潜藏归地狱，腥身岂得挂隆（龙）袍！
洪秀全毁坏甘王庙后，下令“该处人等永不准复立此庙，拜此邪魔，倘敢抗命，定与此妖一同治罪”。接着，洪秀全又派人把紫荆山花雷、天泗左右两水所有社稷神坛全部捣毁，香炉打破，宣布在当地只能信奉唯一真神皇上帝。据罗尔纲先生说，甘王是一个凶神，当地百姓是因为惧怕其作恶才以香火供奉，洪秀全所做大快人心。但无论如何，洪秀全的行为已类似欧洲中世纪的宗教迫害。
冯云山所收信徒多数为当地遭到土著团练和会党土匪侵扰的客家人，他们在村社的仇杀中因为缺乏凝聚力而处于下风，冯云山创立的拜上帝教给了他们一个可团结的核心和纽带。在拜上帝教的旗帜下，散居的客家人针对拥有共同家族和设防村落的本地人的严密编制而实施军事自卫。拜上帝教信奉的外来教义和它的刻板的二元论（在灵魂得救和罚入地狱之间作出抉择），使他们在当时广西社会环境里处于不兼容的地位，因此拜上帝教旗帜所团结的客家人和以士绅为领导的本地土著形成两大对立的武装团体。由于冯云山一直推行温和政策，约束客家教徒狂热的宗教信仰和复仇情绪，避免了双方的冲突升级。因为洪秀全的到来，这种和平局面被打破。拜上帝教教徒在狂热的信仰下，越益好战，捣毁神像和强迫当地群众信教的行动，使客家人与土著之间的紧张关系更形加剧，双方的流血冲突此起彼伏，广西农村的形势急剧恶化。
