十一月二十一日，武宣县团练头目秀才王作新本着捍卫名教的目的，率领团练突袭拜上帝教总坛，抓走冯云山。尚未解送官府，卢六率拜上帝教武装在路上救回冯云山。王作新极狡猾，待拜上帝教放松戒备后，于十二月十二日，再起团练数千人把洪秀全、冯云山、卢六、曾玉珍都捉了押送大湟江司。巡检王基放走洪秀全、曾玉珍，把冯云山、卢六解去桂平县，下了监狱，告冯云山聚众谋反。
这是拜上帝教创立以来遭遇最大的危机，冯云山在狱，洪秀全逃亡广东，拜上帝教群龙无首，更因为首脑被捉时并未表现出神力而人心动摇，几乎就要溃亡。然而一个本来默默无闻的小人物挺身而出，拯救了拜上帝教，这人就是杨秀清。
杨秀清是广西桂平县人，生于清道光三年（1823年）八月十九日。他的家境远比冯云山、洪秀全恶劣，是真正的“上无片瓦，下无寸地”的赤贫之家。杨秀清长到九岁时，父母全已亡故，“茕茕孑立，形影相吊”，靠伯父杨庆善教养成人。《天情道理书》说：“至贫莫如东王，至苦亦莫如东王，生长深山之中，五岁失怙，九岁失恃，零丁孤苦，困厄难堪。”杨秀清没有土地，“以种山烧炭为业”，生活异常艰苦，大致相当于我们所说无产阶级。但汪士铎、张德坚等人说杨秀清“贩木料者也，乡间为人治病”（汪士铎《汪悔翁乙丙日记》），闲时“同洪秀全结伙护送洋货，积殖自封”（张德坚《贼情汇纂》）。笔者近来颇倾向汪张二人说法，杨秀清的见解气度，并不似常年在深山烧炭之人，说是跑江湖的贩子倒有几分相像。
杨秀清系半文盲，在教中本来“并不知机”，属于普通教徒。但他颇有权谋干练，野心勃勃，晚清一等一的奇才，自不甘心久居人下，做“黑锅你背，送死我去”（香港演员罗家英名言）的马仔。杨秀清与其妹夫萧朝贵暗中谋算要在教中执掌大权，此时冯云山被捉，洪秀全外逃，教中分崩离析，正是大好机会。自古创设宗教者，只敢称自己是最高神的使者、仆人，以耶稣基督的才德，也只敢私下宣称是最高神的儿子。杨秀清下手却极狠，横竖都是骗，不如就横下心干票大的，于是干脆宣称自己是洪秀全他爹，最高神天父皇上帝。这大概是古往今来，凡人敢僭越的最高尊号。
中国向来迷信一种降童巫术，或称请人（神）上身，大致原理是为维护天地轮回、阴阳次序正常运行，保护六道众生各不相扰，盘古大神设有禁制，天界神灵和地府鬼魅无法在日光下现身，万不得已欲通消息于人间，则暂借凡人之体代言。被借体凡人先要选一块不容易跌伤人的软泥地，待众人聚集后突然昏倒，把后脑勺朝地面最软处狠狠砸去，然后口吐白沫，癫狂不止，过一会苏醒站起，暴喝一声，“吾神（鬼）乃张三李四王二麻子等等等等也”，接着口吐神灵鬼魅的启示，言毕再次昏倒，重复口吐白沫程序一次。这极可能是装神弄鬼的巫婆神汉，借神鬼言事糊弄群众，神鬼却从没在人间现身，屡屡被人质疑拆穿后想出的一个遮羞的损招。杨秀清就利用这最低级但是也是最有效的损招，在教徒集会时走到中庭，响亮地跌在地上装作不省人事，过了一刻，待众人注意力集中过来，他微闭眼睛扶着妹夫萧朝贵站立起来，瞬即摆出一副关公张飞之类的肃穆面孔，厉声对众人说：“众小子听着！我乃天父是也！今日下凡，降托杨秀清，来传圣旨。希伯来语朕就先不讲了，谅尔等也不省得，且用客家话传谕尔等……(末一句系笔者杜撰)”杨秀清宣讲了一番天父无所不在，无所不能的权能，命令会众同心同力去杀妖，不可怀疑主，不可心生动摇，要死命追随洪秀全，信仰天父可得救，当然也没忘记告知群众，以后杨秀清为天父专用肉体，大家要追随杨秀清等。《天情道理书》记其事说：“当其时真道兄弟姊妹多被妖人恐吓，若非天父下凡教导作主，恐伊等心无定见，安得不忘却真道，差入鬼呼乎！”群众的迷信当然占了很大成分，但最主要的原因是杨秀清本人有雄才远略，对形势看得分明，对教众心理把握得深刻，这才能假借天父，为教众分析局势，稳定军心。杨秀清极有统率才干，假借天父下凡树立教中威信后，逐渐在教内强化集权管理，分派教众各司其职，将拜上帝教管理得井井有条。
