冯云山在紫荆山发展迅速，力量不断壮大，开始筹划将拜上帝教作为反清的组织。冯云山才略过人，根据客观环境，从当地人的思想觉悟入手，在尽可能的范围内做传教工作。他深知以中国山区农民的愚昧和迷信，给他们讲反清复汉、平等自由的道理并不容易，于是他把拜上帝教的整个宣传和组织形式庸俗化，搞得如同唱戏跳大神的草台戏班子一样神神道道，这套庸俗而落后的组织和宣传，在吸引迷信农民上取得了空前的成功。冯云山尤其注重策略的运用，他吸取上次捣毁孔子神像的教训，为避免刺激当地读书人，给传教减少阻力，冯云山用儒家的经典生搬硬套地解释拜上帝教的精神，便于当地读书人接受拜上帝教的传播。冯云山依靠和当地望族曾玉珍的关系，周旋于当地富人和知识分子之间，争取获得他们的中立或支持。冯云山在紫荆山两年，约束教徒不得冲击神庙和捣毁神像，赢得读书人好感。
由于冯云山的天才擘画，一年间，拜上帝教就拥有三千多忠实教徒。冯云山诚可谓熟知人性，善用谋略的政治大师。冯云山虽然用一套神神道道的鬼把戏糊弄群众，但他也深知，要发动一场大规模的反清运动，必须逐步抛弃装神弄鬼的草台班子，转变成一个高效而正规的军政组织，同时也要逐渐将教徒的思想意识从斩妖除魔转变到反清夺权上来，教徒入教的宗旨，应该从信奉上帝，剪除妖魔改为武装暴动，争取生存权利。冯云山预先为拜上帝教的转型埋下伏笔，他在“披着宗教外衣的里面慢慢地灌输着一些简单的概念和政治意识，使他们对现存的制度发生憎恨”（罗尔纲《冯云山传》）。冯云山拟订的教义，往往表面是宗教训条，实际上却是政治制度，他定教规，严格管理教徒，使拜上帝教成为一个有组织有效率的高动员力的准军事团体。冯云山模仿摩西十诫，结合中国的民俗，拟订十款天条，并编成歌诀，方便教徒记忆，又诈称天条为皇上帝所授，成为拜上帝会内部的法律。
十款天条前四条崇拜皇上帝、不拜邪神、不妄呼皇上帝之名、七日礼拜颂赞皇上帝，都是属于宗教方面例行公事的教条。而第五条孝顺父母，第六条不杀人害人，第七条不奸邪淫乱，第八条不偷窃劫抢，第九条不讲谎话，第十条不起贪心，这六条都是根据中国社会情况尤其是中国传统习俗和道德观念对摩西十诫进行的修改和增加，属于对教徒世俗道德的约束，平时作为教徒的生活规则，战时就变为军律（十款天条详细内容见本卷附录）。
冯云山还制定了礼拜制度、洗礼仪式甚至历法，形成一整套完备的政教合一的制度。中国人本无宗教情怀，汉天师张鲁在汉中实行的那个半成品的政教合一制度实验被曹操摧毁后，中国再没有政教合一的实践基础。冯云山以其天才，创立拜上帝教全般制度，更为拜上帝教转化为国家组织留下伏笔，落笔极为辽远。使其取洪秀全而代之，成就当不在穆罕默德之下。
又据称，冯云山因见夏历气朔交争，岁年错乱，四季失位，算数烦琐，于是潜心研究历法，创造以四季划分一年、用立春为岁首、合于自然、算数整齐的新历法——天历，这是中国行阳历之始，也是世界用四季历法的首创。笔者不通天文，无法判别此说真假，现录于此，仅供参考。
