后期的奎因推理手法整体与前期相似，不过也有些自身特色。丹奈提出将前期的“神化”埃勒里变成“人化”埃勒里，甚至想过人化后的埃勒里产生的变化即是放弃推理。在《十日惊奇》中我们看到埃勒里深陷霍华德的案件中，某种程度上，他对范霍恩家接触越多越是难以作出正确的推理，之前的符号推演在这里遇到了前所未有的困难（后期不少小说都是如此）。“那种引经据典地依靠纯粹推理来解决实际刑事犯罪问题的方法”并不是没有效力，而是作为侦探的埃勒里无法正确地掌握这种效力。此时“逻辑推断和心理观察”具备了同样的作用，对于凶手心理的观察和认知成为奎因后期推理的一个重要手段。因此在后期奎因作品中，我们发现埃勒里不仅需要解决杀人事件，同时也要面对家庭、社会、宗教等各方面复杂的问题。读者如果真正想完全掌握案件的动脉也变得越来越难。
纵观奎因小说，其中最值得称道的手法有这样几个：消失的线索、挑战读者、多重解答、临终留言。尽管这些手法也存在于其他作家的作品中，但是不可否认奎因达到了炉火纯青的地步。
消失的线索指某个事物原本应该出现的却没有出现。《罗马帽子之谜》就运用了这一手法，原本应该戴在死者头上的礼帽却无端消失，其中必然和案件有所牵连。在《王者已逝》中，埃勒里罗列了大量证据和一长串的衣服清单，尽管令读者迷惑不解，但是埃勒里却从中找到了那个消失的线索。消失的线索在奎因早期作品的推理程序中占有重要地位，如《罗马帽子之谜》中消失的礼帽，《西班牙披肩之谜》中尸体身上消失的衣服，《X之悲剧》中消失的凶器等等。埃勒里在进行推理之时都将这些线索放在首位，思考它们之所以消失的原因。读者不难发现，一旦合理地解答了“消失的线索”这一问题，推断出正确的凶手也就显得轻松许多。
由此我们也可以得出这样的结论：物理化线索（证据）在奎因前期作品中数量和地位都要大于心理线索（证据）。《弗兰奇寓所粉末之谜》中的白色粉末，《Y之悲剧》中奇特的凶器，《半途之屋》中的火柴等等。前期以物证为主的思想还是受到福尔摩斯的影响，后期奎因作品有所改变，将爱情、家庭、社会、宗教等因素作用下的心理证据作为物证的补充和外延，推理手段也更加丰富。
挑战读者不仅是奎因的原创，更是奎因最具影响力标榜公平竞争的标志。罗纳德?诺克斯在《1928－1929年最佳侦探小说选集》的序言中就提出公平竞争的重要性和必要性：“侦探小说是两个人之间的游戏，作者是一方，读者是另一方。如果读者不顾作者的误导在小说的一半处就指出正确的凶手或者推断出犯罪的正确手法，那么读者就得分了。如果作者成功地让读者在谁是罪犯的问题上犹豫不决，或者对于手法完全搞不清楚，这样一直持续到最后一章；并且作者告诉读者他应该如何通过已给的线索解开谜团，这样作者就获得了胜利。就像藏头诗或者纵横字谜竞赛一样，只有当线索公平时，胜利才是光荣的。因此，当我们说侦探小说是有法则的时候，我们不是指作诗律那样的法则，而是说公平竞争的法则。”尽管大部分黄金时代写解谜推理小说的作家都小心翼翼的遵守着公平原则，但是却没有哪个人愿意真正跳出来大张旗鼓地向读者挑战。1929年，初出茅庐的埃勒里?奎因在《罗马帽子之谜》中首次加入“挑战读者”。
“让读者小心！”这是奎因化身J. J. 马克向读者提出的警告。线索均已给出，读者诸君能指出凶手，并且做出正确推理吗？挑战读者不仅是对读者的挑战，也是对作家本人的挑战，因为这样做不仅需要勇气，更要求作品具有非常高的公平竞争性。我们看到，奎因的小说不仅不会隐瞒线索，甚至会给读者提供一些正确的阶段性的结论，可见奎因对自己作品信心之强。尽管奎因在1920年代就提出挑战读者，然而，这样的挑战状只有岛田庄司的《斜屋犯罪》、绫辻行人的《杀人方程式2———鸣风庄事件》等少数其他作家的作品中出现。
多重解答是推理小说数学化的一个标志，需要作者借助将同一案件经由不同的推理得出不相同的结论。这一手法很早就出现了，福尔摩斯小说中借华生口中说出的一些论断就具有多重解答的特点。E.C.本特利的名著《特伦特的最后一案》（1913）中提出了三重解答，安东尼?伯克莱的《毒巧克力命案》（The Poisoned Chocolates Case，1929）更是提供了6种以上的独立解答。奎因的《希腊棺材之谜》是此类型最具代表性的作品之一。小说随着案情的发展，对各种不断出现的线索做出演绎，逐渐拼接出犯罪的整个面貌，掀起一个又一个高潮，让读者的脑筋几乎难以跟上奎因数学分析的脚步。难能可贵的是，奎因不少多重解答仍然具有公平竞争的趣味，比如《非洲旅行者》，面对同样的线索，奎因安排三个人物从不同角度进行分析，且都合理有据，然而真相到底只有一个。这些手法归根结底还是显示了奎因侧重推理分析，也正是无数奎因读者最津津乐道的奎因特质。
其实，在后期奎因作品中，多重解答也出现的相当频繁。此时的多重解答虽然手法和前期类似，但是目的却大不相同。前期的多重解答是逻辑推理游戏的产物，后期则是表现出埃勒里深陷案件之中的痛苦。埃勒里正是因为从神俯视案件的角色变成人深入案件之中，因而造成失败。不过埃勒里最终仍然寻找到正确的出路，抓住真正的凶手。
另一个奎因系列的标志是“临终留言”，即被害人在临死之前留下一些线索以指证凶手。因此侦探为了解决犯罪需要能够读懂被害人的意思。临终留言并不是奎因最早提出的，在柯南?道尔的《博斯科姆比溪谷秘案》（1917）就曾经出现过类似的手法，甚至在哈梅特的《红色的收获》（1927）、比德斯的陈查理探案《帷幕后面》（1928）也有临终的留言。奎因最早运用它是在雷恩系列的《X之悲剧》中。雷恩这样解释临终留言：“在这件谋杀案中，真正让我感兴趣的是，死者临死前所展现那种不可思议的精神力量。他没办法也没时间在那一刻像平常人一样思考、一样行动，而是面对死亡，某种特殊的力量引发他脑中一闪的灵光，让他能在那不容延迟的一刻，生死一搏，成功留下这个指明凶手身份的线索。因此，我们可以明白———在生命结束那个弹指之时，人类心灵所爆发出的瞬间力量，多么神奇强大而几乎可说是无限的。”
