无奈之下，竺可桢只好再次请沈自敏来家吃饭，帮助自己分析错误。4月14日，刘大年找他谈话。指出他属于统治阶级，有崇美思想，作客思想，在浙大时敌我不分，还为殖民主义辩护；但由于“没有政治野心，没有欲望，问心无愧……，生活严谨，没有贪污”，因此需要从行动上站在人民一边（第599页）。4月23日，竺可桢将自己的检讨装订起来，寄给刘大年和沈自敏。随后，他还与沈自敏谈过自传写作和个人检查等问题。从二人的接触情况来看，沈显?是党内负责“帮助”竺可桢的特殊人物。
经过半年的精神折磨，竺可桢已经难以忍受。他在5月12日的日记中用“年衰力薄”、“真同走尸”、“动辄得咎”、“坐领干薪”等词语来表达自己的痛苦心境。
尽管如此，原来“预期十至十二星期可以结束”的运动仍然是遥遥无期。两个月后，刘大年又来拜访竺可桢，说院里的思想改造运动从下星期开始，要他和陶孟和、吴有训再作检查。几天后，中科院再次召开思想改造动员大会，一向很少露面的陈伯达在会上作了动员报告。竺可桢说：“自院成立以来，陈院长来院作大报告是第一次。”第二天，苏联科学院地理所副所长贾伊且各夫突然来访。正在这时，竺可桢患了感冒，他既要接待外宾，又要准备检查，因此他在日记中说：这种局面“使我无法应付”（第661页），可见他有多么难受。
7月28日，竺可桢写了五千多字的检查稿之后，又一次请沈自敏对他进行帮助。沈认为他在稿子中分析事实太多，分析思想太少，而思想转变的关键是要学习毛主席著作。7月30日，竺可桢在大会上作检查。会议由陶孟和主持，华罗庚、罗常培、范文澜、钱雨农等人出席。8月24日，中科院公布了在思想改造运动中没有过关者的名单，其中没有竺可桢的名字。至此，竺可桢总算得以解脱。
四、其他专家学者的遭遇
相比之下，竺可桢周围的专家学者就没有这么幸运。
著名科学家严济慈刚刚被任命为中科院东北分院院长，就遇上了三反运动。于是他首先检讨了自己的官僚作风和作客思想，然后才赴沈阳上任。一个多月后，有人揭发他在解放前拿了美军的3000美元、60两黄金和卡车一辆。于是竺可桢写信让他坦白交待。随后，竺向钱三强询问此事。钱三强说，1945年前后，严济慈为美军创造的价值合十万美元，应该获利一万。但实际上他只得到“黄金一百五十两之谱，即合美金七千五百元之数。”（第558页）1946年，严济慈回到北平后，拿这笔钱买了房子，因此被视为贪污。
2月13日，竺可桢与李四光、陶孟和、吴有训等人商量此事，认为既然有人揭发，就该让严济慈早点坦白交待。于是，他们联名致函严济慈表达这个意见。所幸严济慈的坦白还算彻底，并主动将这套房子充公，才免于处分（第592页）。严济慈的命运显然与他的价值有关。这种事换上其他人，恐怕会是另一番景象。 比如图书馆职工毛宗荫曾经在北京图书馆工作多年，是中科院图书馆少有的专业人员。因为他经手购买了许多书籍，并负责装订图书馆的报纸，因此有人怀疑他贪污。面对声色俱厉的呵斥，老实巴交的毛宗荫在斗争会上承认自己贪污160万元。但群众并不满足，他只好跳楼自杀，寻了短见。面对这种情况，一向同情毛宗荫的竺可桢居然会觉得“这是右倾思想，……要肃清贪污数千年来的遗毒，牺牲是免不掉的。”（第586页）又如应用物理所一位研究人员因为被人发现私自出售无线电振荡片三片，也在宿舍“畏罪自尽”（第590页）。
除此之外，自杀未遂者不知有多少，其中包括中科院副院长吴有训。4月10日中午，竺可桢看望吴有训，得知吴先生因为在运动中难以过关，已经买了一条绳子，几次要悬梁自尽。后来他把内心痛苦向太太和盘托出，才避免悲剧发生。这一切都反映了当时的恐怖气氛。
除了中科院的事情外，竺可桢在日记中还记录了学术界朋友们的一些遭遇。4月25日晚，竺可桢与北京大学教授饶毓泰（字树人）见面，谈到周枚荪（字炳琳）在北?三次检讨未能通过。周的儿子也检举揭发他，但还是儿子的口气。相比之下，陆志韦的女儿在会上检举自己的父亲时，开口就是“你陆志韦”如何如何（第607页），则让他们感到难以接受。饶毓泰是中国物理学界的泰斗，也是吴大猷、杨振宁、李振道等人的老师；周枚荪是北京大学法学教授，曾经担任过国民政府教育部副部长；陆志韦是著名心理学家，当时是燕京大学校长。从这些片言只语中，可以看出他们在运动中的处境
与周、陆二人相比，饶毓泰遭受的内心折磨也许更大。三反运动开始后，竺可桢曾多次拜访饶毓泰，2月28日，?听说饶在家中晕倒，便前去看望。3月6日，竺可桢又收到北京大学教授杨振声来信，“知树人神经失常。”他与吴有训匆匆到了饶毓泰家之后，只见饶躺在床上，“眼睛直视无睹，不能认人，但云‘为什么缘故’。”
竺可桢在日记中说：饶毓泰得病，是因为他最得意的学生在会上批判了他。批判的理由是他不仅只会“教人做研究”，还说什么清华应该“赶上世界学术水平”。批判者认为这“全是自私自利”。饶毓泰不能接受这种批判，北大副校长汤用彤批评他思想有问题。因此有人说他病情加重，与汤先生的批评有关。饶毓泰也认为?北大自“马寅初、汤用彤起，直到学生，无一寄与同情”，相比之下，“倒是科学院友人还有同情”，因此他想离开北大（第574页）。
随后，竺可桢得知“燕京（大学）‘三反’极热烈”，该校的“陆志韦、赵紫宸和张东荪，成为北京各大学‘三反’中心人物”（第583页）。浙江大学在运动中“自杀者五人，……许多人自己承认没有根据的贪污事件。”（第711页）这说明，中科院的“三反”运动，似乎没有北大、燕大、浙大等高校那么“热烈”。
