12月12日，中国科学院成立思想改造“学习委员会”，由院长郭沫若担任主任委员，副院长李四光、陶孟和、竺可桢、吴有训担任副主任委员。12月25日上午，中科院召开动员大会，郭沫若在大会上说：“官僚主义为贪污与浪费的根源，要肃清贪污与浪费，必须清除官僚主义。为此须发动群众，要大家把公物视为神圣不可侵犯，这要改造思想，所以……思想改造和三反运动要双管齐下”。这就是说，无论你有没有贪污浪费行为，有没有官僚主义作风，都要从思想改造的角度，积极投入这场政治运动。
会后，竺可桢担任中科院三反运动的领导机构“节约检查委员会”主任。当天下午，竺召开节约检查委员会第一次会议，“决定头十天阅读文件，发动群众检举，以后俟进程如何再定办法，预期十至十二星期可以结束（同上，第495页）。发动群众检举揭发他人的罪行，必然会造成一种人人自危的恐怖局面。除此之外，让知识分子使用批评与自我批评的“武器”，也是发动政治运动的一个杀手锏。12月27日，中科院学习委员会召开会议。按照事先安排，由竺可桢谈“批评与自我批评”的体会?他讲了三个问题：一、自我批评与古代自省有何不同，二、批评与西方代议制有何不同，三、批评与自我批评是不是剥夺了个人自由。由于准备不足，或者说尚未想明白，竺可桢认为自己“讲[得]一塌糊涂”（第496页）。这显然与竺可桢从未接触过这类“游戏规则”有关。作为运动领导的竺可桢尚且如此，其他人可想而知。
1952年元旦，竺可桢与陶孟和、吴有训、钱三强应邀出席了毛泽东在中南海设的晚宴，亲耳聆听了毛泽东关于三反运动的讲话。第二天上午，中科院院长郭沫若根据形势的要求召开临时会议，决定“即日发动‘三反’运动，……希望十天以内有结果。”郭院长还要求从当天下午起，中科院停止办公，全力以赴投入运动。郭沫若是通天人物，他的这些作法显然与中共中央随后发出的《关于立即限期发动群众开展“三反”斗争的指示》有关。
元月3日上午，竺可桢召开“节约检查委员会”会议，“讨论如何响应毛主席号召，发动大众热情来做‘三反’运动。”正在这时，中科院党组成员兼该委员会办公室负责人曹日昌的母亲去世，要回老家奔丧，竺可桢劝他不要回去。可见当时的气氛紧张到什么程度。当天晚上十点半，竺可桢收到政务院文教委员会?信，要他在第二天八点半之前汇报运动情况，同时提交书面报告。竺可桢立刻通知曹日昌，让他连夜准备书面报告（第532页）。第二天一早，竺可桢与曹日昌前往文委会进行汇报。曹日昌准备的书面报告分五个部分：（1）是否已经自上而下检讨工作，（2）自下而上的发动工作怎样，（3）“三反”运动的重点何在，（4）检查组织状况如何，（5）存在何种基本问题。运动刚刚开始，曹日昌就能写出如此报告，真不容易！有意思的是，就在大家积极响应毛泽东号召，大张旗鼓地投入“三反”运动的时候，《人民日报》发表龚育之的文章：《纠正科学刊物中脱离政治、脱离实际的倾向——评〈科学通报〉第二卷》。文章说：《人民日报》重新发表毛泽东《实践论》之后，中科院主办的《科学通报》没有转载，对《毛泽东选集》的出版也不注意。另外，该刊只介绍资产阶级国家的科学状况，没有把国内科技成果放在突出位置。这都是“脱离政治、脱离实际、忽视了宣传毛泽东思想和马克思列宁主义”的表现。看到这篇文章以后，竺可桢马上与郭沫若商量，“决计从第三卷一期起改变方针，将已付印之稿收回，但损失将数千万元（按，旧币，下同）。”（第539页）可见在“三反”运动中，并不反对所有浪费。为了宣传毛泽东思想，浪费再大也无所谓。
三、竺可桢“无法应付”
1952年1月6日下午，中科院召开大会，副院长陶孟和、竺可桢、吴有训分别作了检查。竺可桢在检查中说，除了官僚主义外，他还有“本位主义和敌我不分两个缺点”。与会者对他提出以下意见：一是有?客思想，二是没有接触实际，三是利用公家运器材的机会搬过家具。此外，大家对他们动用巨额公款修建院长宿舍也有很大意见（第534至535页）。
一个月以后，由于文教委员会要求限期完成思想改造任务，竺可桢去找另一位副院长李四光商量。他说：“余辈均五十岁以上人，讲思想改造不及年青人之速。而且高高在上，脱离群众，脱离实际，……这实在使人焦急。”另外，他还听钱三强说：现在“近代物理所年青人亦莫知所从，正如一群鸡鸭，但闻四处呼声，遂致彷徨歧途。”为此，他希望当时兼任副院长的陈伯达能够“到院多主?思想改造或至少能一星期来一次。”（第555页）
这时，三反运动已经变成人人过关了，因此不要说普通知识分子，就连竺可桢也觉得“莫知所从”。为了表示积极，他请沈自敏对自己进行帮助。沈在抗日战争时期担任过浙江大学学生会会长，当时在中科院近代史研究所工作。面对自己老校长，沈毫不客气地指出：你属于“买办资产阶级，改良主义态度，所以最能压制学生”。此外他还批评竺可桢的文章“没有阶级争斗性”。
2月28日下午，竺可桢在会上再作检查。检查之后，沈自敏说竺可桢“在浙大培?了强固的反动集团”，曹日昌认为他“对教授治校没有批判”。此外，还有人说他是御用学者，与蒋介石见面不用通报（第569页）。对于沈自敏的说法，竺可桢虽然不能接受，但也不敢反驳，只是在日记中流露了一点不满情绪。
3月15日，竺可桢继续在小组会上做检查。这次检查的问题包括“向上爬、宗派主义、崇美思想及国民党时代学生运动”，其中重点是学生运动。检查之后，许多人提了意见。小组会结束时，院党组成员、历史学家刘大年要求他进一步检查自己的问题。
