1959年4月，壳牌集团公司通过在海牙和伦敦开设服务公司、地区监督及在区域基础上协调各项业务等措施，使之前设立的“常务董事会”（CMD）更加完善，从而使壳牌不再将集团视为一家拥有很多分公司的机构，而是迈向了真正的集团管理。其中常务董事会的6位董事处于公司管理的最高阶层，管理着公司总体业务的拓展。他们每隔一周往返于伦敦和海牙之间，在绝对一致的基础上做出所有重大构想，重要计划与人事决定必须一致通过。这种体制为更好地进行集团管理起了重要的作用，如20世纪80年代使壳牌集团避免了像竞争对手那样盲目收购其他公司，经营耗资巨大而又不很熟悉的行业。
图2-3 壳牌20世纪50年代中期的组织结构图
20世纪60年代中期，随着天然气在日常生活中发挥越来越重要的作用，壳牌新成立了天然气部，其在天然气上的投资逐步增加。加上70年代的石油危机后，壳牌实行了多元化的战略，在石油、化工、天然气等业务之外，又增加了金属、煤及核能等业务，这给集团结构带来了新的压力。因而在70年代中期集团决定发展业务组织概念，以保证同一地区内各种业务间的协调，以一致的态度处理同政府及其他团体的往来。同时将集团的主要活动发展成独立的业务，要求各营业公司就各项业务为金融机构提供业绩报告。集团公司为每项业务制定发展策略，但允许营业公司保留日常决策权。
1978年，集团公司将地区组织职责进一步扩展至包括区内所有集团的业务，并提出了在个别国家设立壳牌专员的概念，壳牌专员协调并统筹该国的各项业务，直接向地区监督负责。同时，集团鼓励个人的主动性，在集团内部大约有260个重要经营公司被授予几乎完全的自主权，它们能对经营做出自己的决定，并有一系列服务公司为其提供科技服务做后盾。这种分散化及自主权使经理们能更好地融入社会，并能对新规定、用户不断变化的需求及任何危机迅速做出反应。20世纪80年代，出于形势变化和战略需要，壳牌又对组织机构进行了大规模的精简，撤销或合并了许多分（子）公司，壳牌在欧洲主要国家设立地区公司，以地区管理为主。
20世纪90年代，壳牌石油公司对组织结构进行了新一轮变革，目的就是要提高管理决策效率，加快对市场变化的反应速度，最大限度发挥各级人员的主动性和创造力，突出速度、灵活、整体协同和创新的特点。现代信息技术的迅猛发展又为组织结构的优化提供了强有力的支持。90年代，壳牌公司委托麦肯锡公司提供咨询，协助建立新的组织管理结构。在进行管理结构调整时，麦肯锡偏好事业部体制，但是壳牌没有完全接受麦肯锡方案，而是保留了地区公司的协调作用，做到地区与业务单位的平衡，调整为以事业部为主线、地域为辅线的全球性功能结构与管理体制，这也是目前西方大型跨国公司普遍采用的一种组织结构。
在1996年年初，壳牌公司集团对其运营结构进行了重组，以便更好地满足客户的需要以及商业挑战。集团由3家控股公司（荷兰壳牌石油有限公司、英国壳牌石油有限公司、美国壳牌石油股份有限公司）以及它们直接或间接拥有股权的业务及服务公司组成。3家控股公司董事会的所有董事均由两家母公司指定。3家集团控股公司共同拥有服务公司的全部股份，并直接或间接拥有业务公司内的全部集团股。皇家荷兰石油公司管理机构董事成员和英国壳牌运输和贸易公司的董事们同时也是壳牌荷兰石油公司董事会主席团的成员和壳牌英国石油公司和壳牌美国石油公司（集团控股）的董事，因而他们也被统称为“集团董事”。同时由壳牌荷兰石油公司和壳牌英国石油公司董事会任命组成一个联合委员会，即常务董事会，负责发展和策划集团的目标和长远计划。各业务公司以当地客户为重，每家公司的管理层都对本公司的业绩及长期发展负责。集团设立12个研究开发中心和11个服务公司，以支持业务公司的发展。这些研究开发中心位于比利时、法国、德国、荷兰、英国、日本、新加坡、美国、加拿大等地。而这11家服务公司承担着总部的管理和服务职能，主要任务是为集团的各业务公司和关联公司（指集团持股＜50%的公司）及其子公司提供咨询服务。
