到2000年，皇家荷兰石油公司拥有股东74万，而壳牌运输与贸易公司拥有股东27万并且拥有五大核心业务，包括石油勘探与生产、天然气及电力、油品、化工、可再生能源。2004年1月9日，壳牌出人意料地宣布将确定的油气储备等级降低。因夸大44.7亿桶石油和天然气总储量，它被处以约1.5亿美元的罚款。丑闻导致包括前董事长菲利普·沃茨在内的3名公司最高层主管辞职，股票价格迅速下跌20%。危机迫使壳牌重新审视其治理结构和领导方式。壳牌集团2004年10月即开始计划将公司转变为单董事会治理架构，由同一个董事会和首席执行官管理。2005年7月20日，在两大母公司董事会合并方案获得通过后，荷兰皇家和壳牌运输实现统一，新公司名为荷兰皇家壳牌有限公司，合并后的公司在英国成立，而总部设在荷兰海牙，从而结束了壳牌具有98年历史的“双董事会”二元化结构。新结构将具备更大的问责制，而且新结构“更能以业绩为导向”，壳牌更富有竞争力。简化后的架构呈流线型，可以让决策—制定机制更顺畅，也有利于公司未来能承担更多的并购项目。
公司在组织管理方面奉行简政放权的原则，保证业务公司具有足够的灵活性。壳牌石油公司长期以来主要按地理位置来安排公司的组织结构。公司建立四个洲一级的地区总公司，而且在有关国家或地区建立分公司。每个分公司都要从事勘探开采、炼油、销售等业务，总部的后勤服务部门负责向分公司提供法律、财务、信息以及其他各项服务，这样分公司往往要接受多部门多层次的管理和领导，于是公司于1995年对传统的矩阵结构进行调整，这次调整的主要内容是按公司的主要业务范围建立商业组织，从过去按地区和部门多头管理转变为按业务范围直接进行管理，目的是让下属分公司的主管在享有更大自主权的同时必须对本公司的经营状况直接负责，从而确保公司经营战略得以实施，而且对下属公司实行有效的管理和制约的同时能最大限度地发挥一线企业主观能动性。
跨国石油石化公司在较长历史时期内始终保持成功、长盛不衰的原因之一，是其背后有优秀的企业文化在发挥着支撑作用。企业文化是企业创新和发展的内在需要，20世纪80年代末期以来，它越来越受到各大石油石化公司的重视。
为最大限度地激发员工的积极性，让公司的价值观和发展理念深入人心，它们一方面建立合理的业绩考核制度，另一方面为员工制定多方位、全面的培训计划，为员工充分发挥聪明才智、各项能力不断有所提高创造条件。壳牌的企业核心价值以尊重为前提，壳牌的企业核心价值可以简单概括为：诚实、正直、尊重他人。壳牌的人力资源管理工作与企业的文化理念相结合，使得公司的目标以及业务部门的目标更好地和员工个人的目标结合在一起。鼓励员工以主人翁的态度积极地参与到公司业务的各项流程和变革中，鼓励员工参与公司文化的建设。
集团各成员机构都坚持同一套商业操作、会计程序、安全及环境保护标准。集团的运作以“经营总则”所载的经营方针为基础是壳牌集团成员经营操作的总指导方针，它概括了壳牌各公司的主要目标和责任。个别业务公司可因其所在地的情况，制定自己的“商业经营原则”。
2.2 独特的双董事会治理结构
2.2.1 改制前的治理结构安排
母公司皇家荷兰石油公司与壳牌运输与贸易公司分别拥有皇家荷兰壳牌集团公司60%与40%的股份，但有各自的决策机构，向各自的股东负责。母公司并非集团的组成部分，且不直接参与经营，但有权任命集团各控股公司的董事会成员并从集团各控股公司收取利润。壳牌则持有集团另外的40%股份。这一情况从公司1907年成立时就没有改变过，只是在一些细节上稍做修改，在此期间公司已成长为全球最大的商业性公司之一。监事会和董事会认为皇家荷兰石油公司和壳牌运输与贸易公司的这种情形能够代表股东的利益。然而，我们也必须认识到，这一独特的结构可能仅适合于壳牌，并不一定对别的公司有好处。例如，董事会委员会在处理关于审计和高管薪酬问题时，委员是由来自皇家荷兰石油公司的监事会和壳牌运输的董事局人员组成。然而，这一治理安排总是基于维护最佳的企业管治水平，但是很容易受正在进行的审查和业务需求的变化而进行调整。
董事会
壳牌在监事会的监管下，由至少两名执行董事组成的董事会管理，执行董事由持有优先股的股东提名，在股东大会上被任命。如果不被股东们在股东大会上提前罢免的话他们执掌大局直到退休，监事会任命其中的一位当任集团主席，负责决定执行董事之间的任务分工，并有权在董事会上出现票数相等的情况下投出决定性的一票。
皇家荷兰石油公司和壳牌运输公司的董事也是壳牌石油公司的董事会的主席团成员以及壳牌石油有限公司的执行董事。因而，他们通常被称之为集团董事。
监事会
监事会负责监督董事会制定的政策、公司总体业务运营过程以及向董事会提出建议。监事会由至少5人组成，由持有优先股的股东提名并在股东大会上任命。监事会的成员自行从其成员内部选出一名主席。监事会成员一年轮换一位，但是成员有连任的资格。此外，监事会成员年龄已满70岁或已经在这个岗位上工作10年后就没有了资格。
监事会的成员要求具备足够的有关集团各种业务的知识、在集团的不同国家工作过的经历，具备国际化的经历。根据这些目标，委员会十分重视其成员里拥有一个或更多先前在能源行业拥有足够的经验和具备国际化背景的人。但是，监事会的大多数人还是由那些“局外人”组成。
股东大会
股东大会每年至少举行一次，讨论董事会和监事会的报告，最终决定年度预算，解决股息分红的决议及其他列入议程的项目。股东大会由董事会和监事会号召召开，议题的内容由董事会和监事会决定并在通知中告知及在议程中详细列出。股东大会也可由一个或多个股东的要求召开，只要他们单独或联合持有至少占公司发行股票总额的10%，从而解决他们所提出的问题。在下列情况下，在股东大会上，董事会和监事会可以增加由一些股东提出的议题列入会议议程。只要满足这些条件：A、这一提案由独自或联合持有公司发行股票总数1%的一个或多个股东提交，并且至少在距大会开始前60天提交给公司；B、在董事会和监事会看来这一提案股东大会可以合法决定，并不违反公司或集团公司的利益。除了在法律或公司章程规定的更大的赞成票数才能获得通过的议题，一般情况只要获得大多数赞成票的时候议题就能通过。在股东大会上股东们一股一票。
优先股
集团发行了1 500股优先股，监事会和董事会的每个成员每人持有6股。其他优先股由皇家荷兰优先股基金会持有。该基金的董事由所有监事会董事和公司的董事会成员组成。持有这些优先股的特权包括：董事会成员和监事会成员的决定权、提名至少两个人来填补董事会和监事会的空缺，这一提名具有章程约束力、具有同意修改公司章程或解散公司的权利等。以上那些权利只有持优先股的人才有，而且一股一票，每人总计不得超过6票。
与壳牌运输的协议
皇家荷兰石油公司和壳牌运输是相互独立的公司，必须遵循各自国家的公司法。为了帮助更合理地分配各自的责任以及代替各自的股东分配他们在总公司的利益，在漫长的合作过程中，他们已经达成了一系列的协议。
会议
监事会成员与荷兰皇家石油董事及壳牌运输的董事之间的会议在一年中经常举行，会议的目的就是为了接受一些常务委员会关于集团如何发展的主要信息，以及讨论和评价集团关于商业的报告和计划。集团的高管也参加这些会议以此来传达对主要业务的战略性的计划和措施，除了能得到完全的文件化的报告和建议外还能倾听来自一线的关于业务经验和问题的声音。
联合委员会
母公司成立联合委员会的目的就是为了更好地运行两公司各自的公司治理职责。这3个委员会都由6个成员组成，每个委员会中有3个是由荷兰皇家石油的监事会从其成员中委派，另3位由壳牌运输从其成员中选派。
集团审计委员会
审计委员会于1976年成立，审计委员会每季或者每年向董事会提交其活动和建议；当委员会不满意或者认为在风险管理、内部控制和财务报告相关的事情上应该采取行动或者改进时，它迅速就此问题向董事会报告。
在每次会议上，审计委员会都会听取从管理到内部和外部审计员的全面报告，这样它才能更好地行使职责。每年审计委员会都要与CFO、控制员和审计员讨论在会计政策、实践和报告中产生的问题。委员会审查并讨论整个公司每季和每年没有审计的有关管理和外部审计员的财务报告。审计委员会还要监督财务报告内部控制机制的有效性。
薪酬与继任委员会
1967年，皇家荷兰石油的监事会董事和壳牌运输的董事决定共同成立薪酬委员会，并且在1980年举行会议的重新声明的条款中更名为薪酬与继任委员会。委员会与董事会商议并决定董事长、首席执行官、执行董事的薪酬，并遵照条款决定每个人的薪酬包。委员会也考虑并建议与董事的合约条款。它监督其他执行董事的薪酬并提供建议。
社会责任委员会
社会责任委员会成立于1997年，主要职责是以董事会的名义审查壳牌的政策与行为，这包括壳牌的总体经营准则，壳牌行为准则，健康、安全和环境政策，可持续发展相关的政策以及其他关系到公共问题的主要政策。委员会听取报告或者对以上相关的政策与行为进行审查。它也为壳牌的可持续发展报告提供信息并进行审查，包括与外部审查委员会进行面对面的交流。
壳牌很早就拥有指导它们经营的价值观和原则，集团的壳牌商业原则已经公开发布超过30年了，集团还出版了名为壳牌报告的小册子，这个报告是评价壳牌过去在注重经济和业务发展的同时，为实践其可持续发展而做出的种种努力。
2.1.2 结构变迁的导火索—2004年发生的那件事
在2004年发生的世界石油大事记中，给人们留下深刻印象的莫过于石油巨头壳牌虚报储量一事了。作为世界三大石油公司之一，壳牌几月内连续4次调低已探明储量，致使舆论一片哗然，公司百年声誉蒙羞，股价一落千丈，企业处境岌岌可危。恼怒的投资者把此事归咎于壳牌的双董事会的公司治理结构及其不完善的公司治理机制。壳牌面临内部改革的巨大压力，终于在2004年10月28日，壳牌宣布将对公司内部进行结构改革；2005年6月28日，股东大会同意了关于两大石油母公司高层的改组合并计划并于2005年7月20日开始实施重组，同时将对储量管理也进行彻底的改革。
