外患不断的同时，大清帝国还陷入了几场规模巨大的内战之中。外国人的鸦片贸易在帝国的广大地区尤其是帝国东南部造成的巨大伤害可想而知，巨额战争赔款经过层层加码后被转嫁到底层民众，暴虐政治的刺激使贫穷阶层的抵抗情绪空前地迸发出来。在帝国统治者看来，内忧的烦恼远胜于外患。在1860年英法联军进入北京以前，帝国政府对洋人们的事务从来都是敷衍了事，未曾有过认真的应对，而对江山社稷之内爆发的战乱则反应迅速并全力以赴，因为，凶猛异常的“乱民”再一次印证了他们先前的判断——外人只要钱，自己人却索命。
最为惊心动魄的当为1850年代发生的帝国与太平天国的较量。
离广州城不远的花都县有一户洪姓客家人家，因 “薄有田产”， 家中五个孩子中排行第四的洪火秀得到了攻读圣贤书的机会。进入本地私塾读书以后将名字改为仁坤的洪家老四，同千千万万的读书郎一样，手里捧着《四书》、《五经》，心里想着功名利禄，期盼有朝一日能一举成名，从而挤身于上流社会。然而，年轻人的功名之路并没有想象中的那般顺利，除轻松地通过县试之外，在1830年代参加的三次府试中，洪仁坤都名落孙山之后。
1836年，第二次参加府试落榜之后的洪仁坤，在广州的游荡生活之中得到一本《劝世良言》。年少无知的洪仁坤此时对这本奥妙无穷、对他后半生产生了奇异影响的小册子没有任何兴趣，不过，他还是把这本小册子带回家中收藏起来。明年，洪仁坤的科举之途又以落榜而告终。从考场神情恍惚地回到家中，一场大病不期而至。数日昏迷之中，这位失意的年轻人不断地进入奇异的梦境。悠悠醒来之后，洪仁坤对这种在极度精神迷乱中产生的幻觉并没有太多的留意，而是一边做私塾先生，一边继续攻读圣贤书，准备科场再战。
屡受打击的洪仁坤实在没有太大的信心，一直到五年之后的1842年，才重新踏上府试之路，去追求那成败难以预料的功名。这一次，他连孙山的影子都没见着。十几年的寒窗苦读，居然连“秀才”的名分都不能取得，郁闷、羞愧、自责等各种糟糕的情绪一齐袭来，年轻人不禁愤愤然。愤怒之中，他回忆起几年前那场奇异的梦，并翻阅了那本一直藏于家中的《劝世良言》，顿时豁然开朗，原来，他在梦中见到的两个人就是小册子里的上帝和耶稣，自己就是上帝耶和华之子，基督耶稣之弟。1843年，而立之年的洪仁坤改名洪秀全，与同为科场落第的难友冯云山一道，创立“拜上帝会”，并选择广西东部的桂平县紫荆山区，开始传播他所理解的基督福音。
桂东山区此时尚未开化，连年的灾旱和政府官员的煎逼使与世隔绝的山区民众苦不堪言。“拜上帝会”动人心魄的言词、洪秀全充满激情的演说富于极大的煽动性，种地的农民、砍柴的樵夫、烧炭的工人纷纷加入这个他们从来也没听说过的教宗，连一些衙门里的差役、军队里的士兵、商人，甚至还有盗匪也都成了洪秀全的追随者。至1850年，“拜上帝会”的信徒超过二万人，洪秀全遂托“天父”之名封自己为“太平天王大道君全”，着手组建太平军。
1851年1月11日，洪秀全在广西金田村起兵发难。太平军突破帝国正规军的重重包围，于当年秋天北上攻占广西永安，在此宣布建立太平天国，洪秀全自封天王，五军主将各封东、南、西、北、翼王，以羽佐天朝。第二年，太平军取道广西全州进入湖南，再入湖北。此后，一系列难以置信的胜利接踵而来，令太平军的领袖们都始料未及。1853年初，已有50万之众的太平军攻陷帝国中部重镇武汉，然后顺长江东下，迅速控制了长江中下游地区若干重要城镇，并于两个月之后，攻陷江南第一大城市南京。3月底，天王洪秀全坐着他的十六抬龙车，威风凛凛地进驻明朝故宫。这位对改名情有独钟的邪教教主，将南京改名为“天京”，作为太平天国的国都。
短短两年多的时间内，一支由教民拚凑而成、未经任何正规训练的武装力量，就以狂飙之势席卷东南数省。东南地区的湖江沟渠、崇山峻岭，于太平军而言，则似一马平川。手持大刀长矛的农民军人于此间纵横驰骋，如入无人之境，攻城掠寨，有如探囊取物，从武汉直下南京，仅用两个月时间，九江、安庆等险要城池几乎不战而得。人们再一次见识到了大清帝国国防的脆弱和八旗军队的堕落。但是，令人遗憾的是，来势凶猛的新生力量并没有如人们想像的那样，摧枯拉朽般地将摇摇欲坠的大清帝国毁而灭之。
太平天国的狂飙突进似乎只是告诉人们，古老的中国到了应当改变的时候。至于如何改变，天国的领袖们与他们的几万万同胞一样茫然无知。在传统的政治体系中，中国农民的参与权和发言权长期被剥夺，被视为只会在土地上刨食的模糊群体，这一点似与农业社会颇为不符，然而这却是中国政治文明的特色。因为如此，历史上也就不断地爆发抢夺“话语权”的农民运动，又因为“话语权”长期被剥夺的缘故，所以无论是成功者还是失败者，都难以发表富有创意的“话语”。当工业文明在西方世界兴起并波及中国的时候，中国应该建立一种什么样的社会秩序来适应世界潮流？中国农民不能回答这一问题，洪秀全和太平天国也不能回答这一问题。
洪秀全以他对基督教教义的片面理解，企图建立一个基督教的社会。这种努力从一开始就注定不会取得成功，因为，上帝崇拜与中国传统文化中的祖先崇拜冰炭不容，假使基督教社会得以建立，那么原有的社会结构就必然全面崩溃。太平天国表现出来的巨大破坏性即由此而来。基督褔音中“仁爱”之声并没有给太平军将士带来“仁爱”之举，在非战斗场合，如同切菜割草般的杀戮司空见惯，攻陷南京时，僧尼道士、商人、儒生以及医生、店员、艺人，皆被视为妖人而惨遭杀害，居住在南京城内的35000名满族平民无一例外地被烧死或溺死。
定都天京以后颁布的《天朝田亩制度》，则充分显现了农民革命家们的浪漫主义情怀。这个以“有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无人不饱暖”为中心内容的施政纲领，看上去似乎能将中国社会凭空拉升一百年，实际上却只能是一纸雄文，除了借以自欺之外，根本就无法在现实中存在。在太平天国长期控制的江苏、安徽、浙江等省，就曾经激进地推行过这样的理想制度，但是天国粮食和物资的大量需求，很快就让美好的制度名不副实，当地农民沮丧之余，只有抛弃天国分配的土地，以躲避沉重的赋税。至于太平天国后期的《资政新编》，则完全是花花公子式的人物洪仁 的一场政治“秀”。以太平天国后期险峻的军政局势，如此“资政”，无异于天方夜谭。
