三、武家VS天皇武士的形成，源于日本平安时代末的庄园公领制。律令制是日本仿效中国唐朝早期的制度而形成的，其基础建立在“公地公民”的经济关系上，国家通过租庸调等方式剥削农民，土地为公有。随着生产力的发展，越来越多的荒田开垦出来，出现了土地私有化。占有土地的领主出于免税等考虑，将土地所有权名义上捐献给公家、贵族或寺社，这就出现了寄进制庄园，而这些开发土地的原主就被任命为庄官，负责实际管理和经营土地。后来日本为限制土地私有，又推行了知行国制，授予部分贵族特定国的国司推荐权，并给予公领地的收益，是为“知行国”，国司原本为律令制下管理地方的行政官员，至此而一变为公领的受领者。国司进一步将土地经营权和行政权分给乡司、惣司、保司实际执掌。庄园和公领由于互相争夺土地资源而产生了尖锐的矛盾。事实上，无论是庄园还是公领，都出现了名义拥有权和实际经营权的分离，形成了日本特有的庄园公领制。
在这种制度下，原本律令制的班田和租庸调制崩溃了。担任国司和庄官的人都要承担向中央或领主交纳税收的义务，为了保护自身的经济利益，他们将领地内的部分人武装起来，同时，朝廷出于安定地方社会治安的需要，也把捕盗、征税等权力下放给国司，形成了“国衙军制”。因此，地方的国司和庄官逐渐演变为军事贵族，武士集团形成了。
到11世纪，武士已经成为日本举足轻重的政治力量，并被分割为两大集团，桓武天皇的后裔桓武平氏和清和天皇的后裔清和源氏。两大集团开始了争夺政权的斗争，摄关和院政之间的抗衡也夹杂在这个斗争之中。
平氏先声夺人，平清盛在1159年的“平治之乱”中，击败了源义朝，从而获得了后白河天皇的信任，平清盛后任太政大臣。这标志着一个变化：以往是天皇利用武士来进行政治斗争，现在武士开始获得政权甚至凌驾于天皇之上。平清盛和后白河天皇的关系极度恶化后，他就囚禁了后白河天皇，独揽政权，今天京都的六波罗仍然保留着平氏执政时的遗迹。
1181年，平清盛去世，源氏在源赖朝的带领下得以复兴，源赖朝通过联姻关系得到了北方豪强北条时政的支持，因而起兵讨伐平氏，在消灭平氏势力和源氏内的其他反对势力以后，1190年，源赖朝上京，成为朝廷的控制者，他以后白河天皇的名义掌握朝政。1192年正式成为“征夷大将军”，建立镰仓幕府，幕府时代到来了。武家成为日本政坛的主导力量，而天皇则退居为象征性的中央政府。
在武家政权中，幕府是实际上的最高统治机关，幕府领地由将军派遣守护和地头，分别管理军政和社会治安等事务。源赖朝还规定了“御家人”制度，武士是将军的“御家人”，将军赐予土地，保护他们的利益，武士则必须奉公效忠将军。还有一些“非御家人”的武士，也被纳入幕府的体系之中。在关东，幕府拥有关东御领和御分国作为“知行国”，拥有领地的支配收益权，而在其他地区，庄园和公领仍然拥有经济收益权。事实上，在镰仓时代，地方的守护和地头权力受到了诸多的限制，因此，庄园公领制得到了继续的发展。
武家政权的建立把天皇放到了次要的地位，天皇当然不可能轻易地放弃权力。于是，在幕府政治建立以后，武家和天皇也开始了博弈。
源赖朝死后，他的岳父北条时政就成了镰仓幕府的实际控制者，其后，镰仓幕府的权力一直控制在北条家手中，这就使幕府内部出现了内讧。承久三年（1121），后鸟羽天皇号召讨伐幕府的执政北条义时，在源赖朝的妻子北条政子的鼓动下，御家人集结成了大规模的军队，很快就击败了天皇的军队，后鸟羽天皇被流放，参与反幕的武士全被处死。幕府在京都设置六波罗府，由六波罗探题负责京都的安全和监视朝廷。天皇失去了掌握军队的权力，也失去了夺回朝政的可能性。
后醍醐天皇即位时已经31岁了，他决定再次尝试倒幕夺权，1333年，在经过两次失败后，后醍醐天皇终于联络各地豪强发动倒幕战争，镰仓是时已经失去了对许多地方的控制，关键时刻，幕府的足利尊氏倒戈加入天皇一方，镰仓幕府宣告终结。
镰仓政权结束后，后醍醐天皇以 “建武”作为年号，表示要仿效汉光武帝复古中兴，重新建立天皇为核心的政权。建武中兴不到三年，就又被战乱中止，后醍醐天皇派遣足利尊氏讨伐镰仓残余势力北条时行，而足利尊氏在消灭北条时行后，占据镰仓，自立为征夷大将军，同时反攻京都，后醍醐天皇战败，被囚禁并被迫传位给光明天皇。足利尊氏在京都建立了室町幕府。不甘失败的后醍醐天皇逃到京都南的吉野，成立南朝，与足利家的北朝对峙，直到1392年，北朝才正式统一，室町幕府为第二个幕府政权。
