辛亥武汉光复，陈其美组织沪军都督府于上海，云翔始再出参与帷幄，其美礼之甚优。嗣民元南北统一，仍遁迹乡居，绝意仕进。民二赣、宁讨袁军失败，民党耆旧株连者众，云翔乃迁上海租界避之。袁世凯令沪军使杨善德大兴党狱，侦者探悉云翔寓处，诡为车夫伺于门，候云翔出，侦者遽拉之直向华界，投之于狱。云翔移书王宠惠求援，宠惠多方营救，奉无以应，云翔寻见杀于沪军署。
相比之下，袁克文署名寒云连载于1920年上海《晶报》三日刊的《辛丙秘苑》，关于沈翔云最后岁月的叙述，就显得更加翔实也更加珍贵。只是他与把沈翔云误写成为沈云翔的冯自由，犯了同样性质的错误，把沈翔云的姓名误写成了沈翔之：
沈翔之字虬斋，陈其美之谋士也，……予游沪，复遇之。因宋教仁案，党人多有指予主使者，颇欲得予而甘心，赖翔之力为解释，幸免祸变。时陈其美、应桂馨谋乱江南，思擒予为质，予未知也。一日，桂馨宴于其寓，翔云预诫予不可践。是夕，桂馨以车来，必邀予往，且嘱予载怡情、琴言诸妓偕行，予过怡情处邀之，怡情亦止予不赴，盖翔之预嘱其阻予也。予遂以书谢辞。后始知桂馨之谋，诚危矣！
关于自己的“游沪”，袁克文在《自述》中介绍说：“辛亥武汉变作，先公再起督师，命文守洹上，处四方危乱之中，得苟安焉。先公班师，文亦奉眷北上。国难方定，而家祸兴。文不获已，走海上。未几，先公觉为宵人间谗，亟遣使召文归。文感于先公之慈明，不欲复以不谨累先公忧，遂放情山水，不复问家国事。”
这里所谓的“为宵人间谗”，指的是大哥袁克定捏造谣言，陷害袁克文与袁世凯的六姨太太叶氏私通。关于这位六姨太，袁静雪在《我的父亲袁世凯》中介绍说：
我父亲在直隶总督任上，曾派二哥到南京替他办一件什么事。由于二哥生性好在外面玩乐，所以公余之暇，就常到钓鱼巷一带走走，因此结识了后来六姨太太。两人一见倾心，互相订了嫁娶的盟约。在二哥临行的时候，她赠给二哥一张照片留作纪念。依照我们家的规矩，儿女从远道归来，是要向父母磕头“请安”的。二哥返津复命，正在磕头的时候，不料这张照片却从他身上失落下来。我父亲看到了这种情况，就指着地上连声问：“是什么，是什么？”当时二哥还没有结婚，自然不敢在父亲面前透露自己的荒唐行为。他情急智生，就说是他在南边给我父亲物色了一个很好看的姑娘，现在带回来的这张照片，为的是征求我父亲的意见。我父亲一看这张照片的倩影，果然很美丽，就连声说：“好！好！”接着便派了向来给他做这种差使的符殿青带了银钱将她接了回来。那六姨太太原是和二哥有着嫁娶之约的，现在看到是袁家派了人来接，很自然地便想到二哥身上，便也收拾行装，欣然北上。没有想到在“洞房花烛夜”，却发现她意想中的翩翩少年，竟变成了一个满嘴胡须的老者，她那哀怨之情，想也不会少于我的母亲吧！
据王晓华编著的《名士袁寒云》介绍，1911年底，袁世凯到北京出任晚清政府的内阁总理，随后又接替孙中山就任中华民国的临时大总统。等到局势基本稳定之后，他命令袁克文把家属从安阳洹上村护送到北京。一家人离开安阳之前，六姨太叶氏出于怨恨，与袁克文发生争执，哭闹着把当年克文送给她的定情之物寿山冻石章扔出门外。这件事情恰好被三弟袁克良看到，到北京后袁克良又告诉了大哥袁克定。袁克定便指使克良向袁世凯告状，说克文与“六妈”演了一出《西厢记》。已经当上中华民国临时大总统的袁世凯为此大发雷霆之怒，克文得到消息后仓皇离家逃往上海。袁世凯事后询问叶氏，已经为袁世凯生儿育女的叶氏解释说，她之所以与克文发生争执，是因为克文对于父亲的几房姨太太厚此薄彼，从来不向她这个“六妈”请安问好。袁世凯明白自己错怪了克文，便专门派人到上海给克文送去钱款并接他回京。克文却宁愿留在上海“放情山水，不复问家国事”。
