在湘军攻陷天京之后，曾国藩与清政府的关系骤然紧张起来。清政府深切地感到自己统治的最大威胁并不是太平天国余波，而是手握重兵、广揽利权的曾国藩。当时曾国藩总督两江，督办江、浙、皖、赣四省军务。他所创建的湘军已增至30万众，他直接指挥的湘军包括其嫡系曾国荃部在内亦多达12万人。他还控制着皖、赣等省厘金和数省协饷。他因“用事太久，兵柄过重，利权过广，选者震惊，近者疑忌”。而权势远在曾氏之下的左宗棠、李鸿章等同清政府的矛盾则降到次要地位。清政府为了防止曾国藩的权势继续膨胀而同自己分庭抗礼，便采取了压抑曾国藩兄弟，扶植左、李等人与之抗衡的分而治之的策略。1864年11月6日，即在湘军攻陷天京尚不到4个月的时候，清政府突然命令曾国藩前往皖、鄂交界“督兵剿贼，务其迅速前进，勿少延缓”，而改派李鸿章署理江督事。曾的幕僚赵烈文为此发出“殊咄咄可怪”的惊呼，曾国藩本人也“意殊寥落”。虽然不及一月清政府就收回了成命，但此举却是明显的扬李抑曾。
曾国藩太精于权术，也深谙官场之道。此时的曾国藩身为两江总督，督办江苏、浙江、安徽、江西四省的军务，他统率的湘军已经达到30多万，亲自指挥的湘军就有12万人。此外，他还控制着四个省的厘金和粮饷。如此巨大的权势集中在他一个人的身上，岂能不让清政府猜忌！“功高震主”这四个字不时地敲击着曾国藩的心。他不由得琢磨起后路来。
曾国藩开始主动裁撤湘军，以保住清政府对他的信任。他还希望通过保留李鸿章的淮军，作为自己和清政府之间平衡的砝码。曾国藩把手中的12万人分给了左宗棠、沈葆桢二人，对于朝廷最为担心的曾国藩的嫡系部队（即胞弟曾国荃所部），曾国藩也进行了大批裁撤，并安排曾国荃以生病为借口回老家调养。
1865年5月，清政府的“剿捻”统帅僧格林沁在山东菏泽全军覆没。僧格林沁死在一个十几岁的童子兵张皮梗的手下，场面煞是惊人。清政府马上任命当时为两江总督的曾国藩为钦差大臣北上督师，让李鸿章以江苏巡抚署理两江总督。这意味着李鸿章即将掌握两江的军权和政权。李鸿章在各方面给曾国藩的剿捻活动以支持。首先是在兵力上，湘军已经被裁撤的差不多了，李鸿章调给曾国藩33个营的淮军。李鸿章又派出10个营的精锐部队航海前往天津然后转战到景州、德州。李鸿章在粮饷上也给予曾国藩很多支援。他知道，在“剿捻”的大计面前，湘军和淮军必须团结一致。
曾国藩的此次剿捻，先后调集淮军6万。这些淮军一律装备着洋枪洋炮，还有堪称完备的独立炮队。可是，曾国藩在指挥淮军时却很不灵光，因为淮军只听从李鸿章的调遣，而这一点他并不是不知道。曾国藩心中即使有一些怨恨和牢骚，也只好徒自兴叹。他此刻最大的感叹，就是湘军的盛况已去……曾国藩剿捻并不尽如人意，1866年9月，捻军大破开封附近湘军战线。曾国藩得知后，十分忧虑，一下子病倒了。曾国藩给朝廷写了请罪书，还把李鸿章叫到身边帮忙。可是，清政府却发来了圣旨，让曾国藩返回两江总督任内，令李鸿章为新的钦差大臣，接替剿捻重任。曾国藩脸都气紫了，真是太有失颜面了。他为了平衡心态，一再要求留下来维持军心，可是清政府却让他赶快回到两江去。
1866年12月12日，清政府实授李鸿章为钦差大臣，专办“剿捻”事宜，李鸿章成为“剿捻”主帅。
李鸿章派人到曾国藩那里去取大印，曾国藩本来就生着病，看到此景格外感伤和落寞。他无奈地说，这么快就拿走了？我还以为得办个交接仪式呢！
李鸿章接任后，得意忘形，根本没有把捻军放在眼里。不久，他就尝到了接连四次溃败的苦滋味。这四次分别在罗家集、倒树湾、尹隆河、六神港。捻军突破曾国藩的河防之后，在1866年10月分为东西两部：赖文光和任化邦率东捻军在河南活动，张宗禹率西捻军攻打陕西。
捻军和太平军不同，他们人数较少，没有根据地，作战灵活，采取游击战术。湘淮军则人数众多，调动起来很困难，经常被捻军牵着鼻子走，疲于奔命。和李鸿章交手的东捻军将领赖文光足智多谋，任化邦骁勇善战，二人配合得相当默契。淮军各营统率又各自为政，争功心切，互不相帮。所以，李鸿章吃了不少苦头。李鸿章吸取教训，重新改组队伍。他把淮军改编成四支精锐部队，即铭、武毅、鼎、勋四个营。此外，李鸿章还增加骑兵的力量，严加训练。因为捻军在北方平原上惯于骑马，来去无踪，飘忽不定，淮军的骑兵怎么也追不上他们。
为了尽快地训练骑兵，刘铭传采取了一个办法。他把一个金元宝吊在大营门口，并点上一炷香。下令说，在一炷香的时间里绕着营盘骑马跑三圈，谁第一个到达就给谁这块金子。这个办法十分有效，骑兵们奋勇操练。三个月之后，跑得最快的兵士，已经能在一炷香的时间里，绕着十四个营盘跑三圈了。
在对付捻军的战略上，李鸿章采取了“倒守河运”的方法，意图是：捻军已经在1867年的夏天突破运河防线，进入山东，李鸿章决定守住运河西线，不让捻军回师。决心已定，李鸿章不顾山东巡抚丁宝桢的不满，把大营搬到济宁。这样，山东就成为主战场。李鸿章还采用了“进扼胶莱”的方针。胶莱河位于山东半岛中部，是元朝时候的一条运河，用于沟通东海和渤海。当时捻军已经进入登州和莱州。李鸿章命淮军各部分守胶莱河。捻军识破李鸿章的意图，多次反扑胶莱河各处，8月，突破东军王心安部防线。李鸿章别无他法，继续死守运河防线。可是，运河防线却一再被攻破。曾国藩对他这招儿失去了信心，劝李鸿章另想办法。可是，李鸿章却不为所动。他对曾国藩说，我相信，坚持到底一定会胜利。后来，捻军多次想过运河而不成，只好改去鲁南、苏北一带游击。刘铭传买通任化邦手下的一个小头目开枪射死了任化邦，于是捻军大乱。最后，赖文光也英勇就义。
消息传到北京，朝野上下欢天喜地。曾国藩也跟着淮军沾光了。一干人马统统论功行赏。李鸿章一声令下，八万湘、淮军全部会合于济宁，共庆李鸿章剿灭了东路捻军。
同治六年岁末，李鸿章各路大军都回到济宁庆功度岁，日日狂欢。十二月二十七日，朝廷论功行赏的圣旨下来，却犹如一盆冷水，把湘、淮两军的欢庆气氛灭下去了。首先是直隶提督刘铭传，北上转战两年多了，立功也多，几乎送了性命，原以为这次可以捞个男爵，但朝廷却只赏了个正三品的三等轻车都尉世爵。其他将领都不过是个正四品的骑都尉或正五品的云骑尉。最吃亏的要数李昭庆了，因李鸿章命其去金陵城提饷，面见曾国藩。等他急匆匆赶回一线时，正好战斗刚刚打完，赖文光被俘了。时运不济，李昭庆干了两年多，最终什么世爵也没有捞到。
李鸿章召集全体将领宣读圣旨时，刚念完了对刘铭传的封赏，刘铭传就蹦跳起来了，一脸的麻子急得一点一点通红发亮。他喊道：“歇作罢（合肥语），这还有什么干头！我们这两年多东征西战，如今把东捻一举全歼了，没有想到朝廷如此不讲义气。给我一个轻车都尉，还是三等的。我可要回合肥老家带孩子去了！留着这条命回老家享享清福吧！”说着，他当场就要离开，抬头见李鸿章正拿眼瞪着他，才低了头站住脚了。
郭松林在这之前已授了江苏福山镇总兵，这回也才捞了个正四品的骑都尉。他当场就骂开了：“只要李大人点一个头，我步行上紫禁城与慈禧太后论理去。她凭什么只给我们兄弟们这么低的封赏？是没有干头了！”
周盛波咕噜道：“太后、皇上这回的确不像话。湘、淮两军立了这么一个大功，全歼了五万人马，封赏起来却小气得令人咽不下去。还要去打西捻呢，打了西捻又能怎么样？”
李鸿章从心里也觉得朝廷这一次赏功不高。但眼下这帮将领们也太出格了，不仅牢骚满腹，还公开骂娘。这些骂娘的话若要是传出去，那可不是闹着玩的。于是，他拍案而起，把发牢骚的将领都训了一通。见大家都不吭声了，他才心平气和地说：
“我以为朝廷这一次为何封赏偏低呢？因为我们虽然平了东路捻匪，还有那么一大股西路捻匪。西路捻匪未平，都不算得了全功。朝廷一下子把诸位都封赏到顶了，你们还有劲头去打西路捻匪么？”
经李鸿章这么一讲，将领们好似反应过来了。心想朝廷或许真是这样想的。于是，大家都把劲攒到了剿灭西捻的战斗上去了。但西捻当时还在河南济源一带，左宗棠派出一路军马前堵后追，西路捻军因东路全军覆灭，人心涣散，不敢向东，只好在河南西部一带维持着。正值新年期间，淮军里不少将领都想回乡看看。李鸿章准了刘铭传、周盛波等人一个月的假期，严限准时返回前线。
刘铭传、周盛波各带五十名亲兵回合肥家乡去了。李鸿章与众将领在济宁城中过年。正巧钱鼎铭特地到济宁来同李鸿章和其幕僚们贺岁。钱鼎铭已保举为布政使衔道员，在清江浦主持淮军粮草军械转运局。刘秉璋也有了山西布政使一衔，离开大营，将所属部队交给吴长庆统领，自己则以布政使衔回到李鸿章身边参谋军事。一时间，李鸿章的济宁大营里又是文武齐全，十分兴旺，振奋人心。
