李鸿章虽然对清廷尽心尽力地办事，但是他并没有因此得到更多的赏赐。很显然，朝廷有意压制日益壮大的淮军。这从淮军成功地剿灭东捻军之后没有得到太大的封赏就能看得出来。
此前，西捻军采用围魏救赵的策略攻打河北，希望解救东捻军的危急。他们冲破壶口河防，进入冀南，再经顺德、保定、易州，直逼北京附近的房山县。但是，他们还是晚来一步，这时的东捻军已经全军覆灭。然而，京师附近没有兵力，防务空虚。捻军北上，顿时让清政府上下一片惊骇。于是，朝廷连下五道诏令，要求李鸿章速来京城保驾。可是，淮军将领们谁也不肯带兵北上。李鸿章因为这次救援不利，受到处罚，被撤销刚刚加封的骑督尉世职，革去双眼花翎。一天晚上，李鸿章正冥思苦想难以入眠，忽然听见外面吵闹喧哗。原来一些淮军将领正在吵吵要带兵北上，拿下京师，造清政府的反。李鸿章听到这里，赶紧跑出来劝他们不能有这种造反的想法，可是没有人理会他。李鸿章十分苦恼，朝廷本来对自己不满，如果淮军再闹下去，真不知该如何收场。即将离营的刘秉璋悄悄对李鸿章说，现在大家都不听你的，你找潘鼎新想想办法。潘鼎新是个读书人，深明大义，又是您的学生，你如果做通了他的工作，其他人就好办了。刘秉璋又去找潘鼎新说，我们是多年的好朋友，你又是老师的学生，如果老师真的被你们闹的倒台了，对你们有什么好呢？你们还有什么前途可言呢？
第二天，李鸿章找到潘鼎新说，你知道我被处罚了吗？潘鼎新说知道了。李鸿章说，你不为我的前途担忧吗？潘鼎新说：这有什么好担忧的，只要以后再立功劳，朝廷还会给你加官晋爵的。李鸿章说：那你就赶快带兵北上护驾，帮我将功补过吧！潘鼎新带着人马先走了，于是，其他的人也纷纷跟着北上了。只有刘铭传请了三个月的假回到家里。李鸿章费了一番周折终于将内部矛盾解决。接下来又面临着剿灭西捻军的任务。李鸿章依旧主张重视河防，可是自比“当今诸葛”的左宗棠，却一意主张全力追剿捻军，二人就此争执不下。李鸿章一直看不上左宗棠用兵，他写信给曾国藩说：这个当今的诸葛亮，总是跟着诸多将领后面寻贼。这时，朝廷派来恭亲王督阵，要求他们一个月内必须破贼。
一个月之后，张宗禹率捻军一路攻到天津南郊。李鸿章、左宗棠二人由于作战不力，都遭降职两级处罚。经过这次的教训，李鸿章和左宗棠终于达成一致的战略主张，即河防和追剿并重。可是，前方缺少力敌的主将。当时，刘铭传由于常年的骑马，得了一种病叫“跨马痈”，大腿上长了毒疮。经医治后，虽然病愈，但身体十分虚弱，加上没有得到应有的奖赏，心中总是不平，所以当其他将领都带兵北上的时候，只有他告病在家休息。曾国藩得知情况之后，派人前去慰问，并捎去一封信劝说他：你和李鸿章是人间难遇的知己，你应当早日奔赴前线，帮助他建立这个历史功勋，你自己也会名垂青史。刘铭传看完信后，大为震动，马上奔赴前线，率部杀敌。
1868年8月16日，淮军把张宗禹围困在山东茌平县南镇，张宗禹带着亲兵8名（一说是18名）来到徒骇河边，他脱下衣服，跳入水中。追来的刘铭传部士兵看见地上的衣服，轻信张宗禹的亲兵之言，认定他已经淹死。李鸿章上奏朝廷称张宗禹已死。左宗棠却认为，张宗禹生不见人，死不见尸，怀疑李鸿章撒谎向朝廷骗功，派人到处搜索。李鸿章知道后，特别气愤，觉得左宗棠此举是嫉妒，找茬儿。于是两人之间的矛盾进一步激化，从此做了一辈子的仇人。
李鸿章灭了西捻，朝廷原定的赏封，就是一个协办大学士。大学士属内阁职位，两殿两阁，一共也是四人。大学士两人，协办大学士两人，也都是满人汉人各占一半。一年前，体仁阁大学士周祖培出缺，让曾国藩以协办大学士身份升补了进去。这样便空出来一个协办大学士，慈禧把这个位子给了四川总督骆秉璋。不料到了年底，骆秉璋病故了，由慈禧的心腹吴棠充任了。而另一个协办大学士的空缺，就作为“悬赏”，这会儿非李鸿章莫属了。
秉承两宫太后的圣旨飞速送达李鸿章的行营。李鸿章与诸将领郑重地跪接了圣旨。圣旨道：
“李鸿章等平捻有功，积年巨寇，从此肃清，朕甚嘉慰。除着悖亲王奕诔（lěi）至定陵祭告文宗（咸丰）皇帝在天之灵外，李鸿章、左宗棠、官文俱官复原职，赏还花翎和黄马褂。加李鸿章、左宗棠太子太保衔。李鸿章以湖广总督协办大学士。丁宝桢加太子少保衔，晋刘铭传一等男爵，潘鼎新、郭松林一等轻车都尉，以郭松林为湖北提督。”
李鸿章终于入阁拜相了。这是读书人的第一等的功名，李鸿章得到了。
