毛泽东开始认识到中国社会中社会和政治冲突的可能性和必要性，认识到冲突与领导和权力的关系。他迅速成为了冲突的受害者、利用者和伟大的冲突理论家。最重要的是，在对冲突的分析和处理中，他显示出了对政治领导战略的驾驭能力。小时候毛泽东就因为与父亲的冲突而从家中跑出来，不料在学校中，竟会因为他的举止笨拙和褴褛的衣衫又遭受来自出身较高阶层的同学的敌视。在北京大学，他是一个地位卑微的人；在由知识分子领导的政党中，他的理论威信非常有限；在知识分子主导的运动中，他也根本算不上是一名马克思主义理论家。他为国内矛盾付出了代价：他失去了很多同志。他的第一任妻子和妹妹在1930年被国民党杀害，许多年后又在朝鲜战争中失去了一个儿子。他的无数朋友和追随者被他的敌人杀害；当然他也会处死无数的地主和反革命分子，或者使他们被处决。在他早期的一篇著名的文章中，他论述了一个通常有益于健康的体育教育问题：“欲文明其精神，必先野蛮其体魄；苟野蛮其体魄矣，则文明之精神随之……运动宜蛮拙。”他提到伟大的战役和英雄们的技艺：“其道盖存夫蛮拙，而无与于纤巧之事。”
他的成熟的冲突理论相当清晰和全面，在对心理学和哲学基础的探索上，要远远超过列宁的理论。毛泽东的理论以二元对立（dualism）和矛盾普遍存在的观点为开端。二元对立是指成对出现的、根本相对的两个方面，例如：动与静，旧与新，合作与冲突，生与死，现在与将来，纯与不纯，阴与阳。这些二元对立同样存在于个体之间以及个体内部。就它们与物质生产力及阶级关系的联系来说，它们刻画了社会阶级结构的特点。使是在社会主义社会或者共产主义社会，矛盾也将无休止地存在下去。“只要矛盾存在于主观和客观中，存在于前进与落后中，存在于生产力与生产条件中，那么社会主义社会与共产主义社会中唯物主义与唯心主义的矛盾就将继续存在，并且以多种形式表现出来……任何人都不是十全十美的……仍然会有好人也有坏人”，现实中只存在思想上相对正确与相对错误的人。
矛盾论不仅强调对立，而且还强调黑格尔的“对立统一规律”。毛泽东写道：“原来矛盾着的各方面，不能孤立地存在。没有其它对立方面，那么每个方面也就失去了存在的条件。”没有生就没有死，没有“上”就没有“下，”没有福就没有祸。他还继续论述了一系列“相互联系，相互贯通，相互渗透和相互依赖的”社会对立面：地主和佃农，资产阶级和无产阶级，帝国主义国家和殖民地，等等。毛泽东将矛盾区分为对抗性的矛盾和非对抗性的矛盾（即与阶级无关的矛盾），例如工人之间的矛盾或者农民之间的矛盾。但是，只有对抗性的矛盾才是基本矛盾斗争的要素。该学说也是黑格尔和马克思主义哲学的核心，毛泽东对其加以润色，并且应用到中国农业生活的社会和政治环境中。如果斗争达到激烈对抗的程度，那么就会发生“辩证转化”：例如，统治者可能将被迫与被统治阶级换位。毛泽东的论证受到了相当多的曲解，但是有三条含义却相当顽强地体现出来：政治冲突是社会变革所必需的；冲突可以被领导者所控制；冲突可以由领导者来制造。毛泽东思想的基本点是，冲突对变革和最终统一是必不可少的。弗朗茨·舒尔曼（Franz Schurmann）说：“这种思想风格的特殊之点是它的简洁性。
它从马克思列宁主义那里接受了若干哲学前提，然后将各种思想观念套入一个无尽无休的二元对立关系中。”矛盾的解决可能会导致新的矛盾和新的冲突。因为根据毛泽东的观点，存在着许多矛盾，其中一个占支配地位的矛盾——经济矛盾——决定着其他的矛盾；领导的主要职责就是在历史进程的每个关口确认这个主要矛盾，并且找到解决它的中心线索。这给予领导一个相当大的活动空间。领导者并不是主要社会冲突的消极反映者，他们要渲染某些矛盾，淡化另一些矛盾，还要忽视其他一些矛盾，他们面临的风险，是其他反映人们需要的领导者向他们提出的挑战。另一方面，在一个多元体系中，交易型领导者在面对他们所承认或忽视的各种群体和利益集团中的冲突时，会更容易受其摆布。
