镰仓时代的苍凉
从时间的纵向轴来看，源赖朝建立了镰仓幕府（具体年代诸说不一，大致可定为1180年代）以后，以皇权为中心的平安时代就算结束了，一直到第二个幕府室町幕府消亡为止，日本史上称为中世时期。总而言之，这是一个皇权旁落、武家执政的时代。
那么，镰仓时代的京都，在日本的政治中扮演了一个怎样的角色，或者说它处于一个怎样的地位呢？其实，在整个中世时期，朝廷与武家政权之间一直在暗中展开拉锯战，彼此的较量一直未曾停息，只是有时比较激烈，有时则比较平缓。源赖朝在镰仓设立了幕府、当上了征夷大将军之后，没过几年就因从马上摔下来死去了，他的儿子源实朝在1203年接任第三代将军，16年之后也遇害身亡，他的母亲北条政子以及北条家族就掌控了幕府政权。此时后鸟羽上皇也借此机会，组织武力夺回皇权，朝廷方面对于幕府政权的出现导致皇权的旁落极为不满，于是就在承久三年（1221年）5月，发动了镰仓幕府控制力还比较弱的各地方诸侯的大约3万兵力，准备去征讨镰仓幕府。幕府方面闻讯之后，立即组织手下的武士主动出击，在京都西南部的宇治川一带双方发生激战，结果幕府军大获全胜，于是浩浩荡荡开进京都城，横扫朝廷的势力，把发动这场“承久之乱”的后鸟羽上皇流放到了偏远的隐岐岛。
在此之前，幕府是通过在京都设立“守护”这一官职来管理京都的，之后，就废除了守护一职，另外在京都东南部的六波罗这个地方，设立了一个听起来有点怪怪的机构，叫六波罗探题。京都原本就有一个寺院叫六波罗蜜寺，今天依然存在，就在清水寺偏西、靠近鸭川的地方。在平家的势力非常兴盛的平安时代末期，平清盛就在这一寺院靠南的地方设立了一个实际的政权机构，一般就称为“六波罗”，有学者认为这实际上是武家建立的第一个幕府性质的政权形式，只是时期不长，后来平家就被源氏家族打败了。而镰仓幕府设置的这一六波罗探题，与平清盛时期的六波罗也有一定的相似性。它是镰仓幕府派驻在京都的一个最高管理机构，机构的首领有两个人，都出自已掌控镰仓幕府的北条家族。不仅京都的事务归属于六波罗探题管理，连包括天皇在内的整个朝廷，也必须听从它的指示，朝廷有重大的活动或皇室人员有较大规模的移动，都要获得它的准许。此外还要代行幕府对西部日本多个藩国的军事和治安管理。这一机构占地宏大，就在今天六波罗蜜寺的南面，周围挖有宽和深都是3米的壕沟，俨然一座小城，里面建有北殿和南殿，还有幕府将军到京都来的时候居住的御所，此外还有随从和武士。镰仓幕府通过京都，平定和控制了全国各地的势力，把原来属于皇家（至少名义上是这样，实际上是掌握在实力派的领家手中）的大约三千余处庄园全部没收，归幕府所有和管辖，然后再将其适当分给了跟着源氏家族和北条家族打下天下的关东（那个时候称作“东国”）一带的武士集团，镰仓幕府成了日本实际的权力中心。
在平安时代的晚期，京都城市的格局就开始发生了比较重大的变化。原来的坊，后来可以四处开门了（原来只准许在东西两面开门，且靠朱雀大路的一面不可开设进出的通道），再后来，随着火灾的频频发生，四周的土墙也慢慢圮坏，棋盘形状虽然还留存，封闭式的坊实际上已慢慢崩坏了。在镰仓幕府实际统治的一百多年里，京都整个城市是处于一个退化的状态。那个时候天皇以及皇室的家眷住在什么地方呢？上一章已经说到，作为宫城的内里被屡屡烧毁，后来天皇就主要居住到实力强大的贵族的豪宅里去了，而上皇则另建别院或离宫。到了平安末期，天皇主要居住在一个叫闲院的地方。这里原本是内臣藤原家族继承下来的宅邸，到了平安时代晚期的所谓院政时期，就按照原来内里的格局进行了改建，这里也就变成了一个非正式的内里，高仓天皇在1168年即位以后，闲院就成了皇家正式的居所。这一情形持续了大约90年，一直到镰仓时代的中期闲院被烧毁。之后，当时的后嵯峨上皇就在靠近岚山的京都西北面的小仓山修建了一座龟山殿（他的儿子是龟山天皇），皇室或者说朝廷就移到了龟山殿。过了几年，他出家皈依了佛门，住到了大觉寺里。后来龟山天皇做了法皇，也住到了大觉寺。后人就把这一脉的天皇称为“大觉寺统”。而大内里，也就是皇城，则在1177年的大火中被毁坏大半，以后试图重建，但终究难以恢复元气，1227年的一场大火几乎摧毁了整个大内里。因为镰仓幕府已经通过六波罗探题几乎掌控了京都及西国大部分的军事和治安管理权，以八省院为代表的朝廷和官衙的功能长期以来也一直处于瘫痪或半瘫痪的状态，大内里是否还需要存在，已经没有什么人予以关注了。源赖朝建立镰仓幕府之后，也曾着手修建过内里（皇居），但终究难现昔日的辉煌。之后，内里乃至大内里一带，成了放养牛马的地方，杂草丛生，人迹杳然，因此产生了“内野”这样一个词语。
因此，在整个镰仓幕府时期，京都这个城市基本上没有出现过重大的建设，城市的规模也有所缩小，城区差不多成了一个南北长、东西窄的长方形格局，原来朱雀大路以西的区域，差不多重新成了乡村。不过由于镰仓幕府的支持，法然创建的净土宗、荣西从南宋传来的禅宗等新宗教，都试图在京都开创天地，相继在京城相对郊外的东山山麓建造了净土宗的知恩院、禅宗与其他传统佛教相混合的建仁寺、东福寺等，虽然受到了传统佛教的压制和排挤，却也慢慢在京都站稳了自己的脚跟，我在下篇中再细细叙述。总之，在镰仓时代，京都在佛教上出现了新气象，也带来了寺院建筑的繁盛。
