平“三藩”定台湾
金銮殿正中的明黄雕龙宝座上坐着头戴金顶皇冠，身着天子朝服的康熙皇帝。虽然这时康熙只有二十岁，长得不算魁伟，但目光炯炯，眉宇间透着一股英气，给人一种英俊干练的感觉。
康熙锐利的目光向众大臣一扫，从容地说：“不久前已命令平南王撤藩，还未撤，现在又接到平西王和靖南王的上书，也要求一块儿撤，不知大臣们对此有什么看法？”
“平南王的藩镇撤得，平西王和靖南王的藩镇却撤不得。”大臣索额图说道。他由于在捉拿鳌拜的过程中立了功，现在已经是大学士了。
“为何撤不得？”康熙问道。
先发制人发布撤藩令
在智擒鳌拜后，康熙收回了朝中大权，但他依然面临着严峻的形势，那就是“三藩”。所谓“三藩”，就是清初朝廷分封的三个异姓王：吴三桂、尚可喜、耿继茂。吴三桂、尚可喜及耿继茂的父亲耿仲明都是降清的明朝将领。
顺治年间，清朝利用原明朝的降将吴三桂、耿继茂之子耿精忠、尚可喜等人消灭了李自成、张献忠的农民起义军和南明王朝之后，封吴三桂为平西王，镇守云贵；耿仲明及子耿继茂死后，由孙子耿精忠袭爵为靖南王，镇守福建；封尚可喜为平南王，镇守广东：当时并称为“三藩”。
朝廷这样做表面上是奖励功臣，实际上是防范功臣。吴三桂等人明白，之所以把他们封在遥远的边疆，是因为清王朝对手握重兵的汉人决不会真正信任。如果让吴三桂仍回锦州，一旦吴三桂造反，很快就会打进北京，远在云南就好办一些。这种考虑是很有远见的。
康熙清除鳌拜的势力后，十分重视国家的统一和权力的集中，又将“三藩”、河务及漕运三件大事，书写成条幅悬于宫中柱上。其中将处理“三藩”，看成是治国安邦的头等大事。
康熙即位之初，朝廷内部在讨论是否撤藩的问题上，存在着不同意见。有的人畏惧“三藩”的力量，怕把他们惹急了反而有麻烦；还有的人认为“三藩”对建国有功，不宜撤除。
康熙通过学习历史认为，“三藩”不能与宋初的开国功臣相比，而是属于唐末的藩镇之流，势在必除。因此，康熙从巩固君权的角度驳斥持不同意见的大臣：“天下大权，唯一人操之，不可旁落。……三藩撤亦反，不撤亦反，不若先发制之。”
“三藩”并建后，在南方形成了各据一方的态势。到康熙初年，“三藩”势力迅速膨胀，各拥重兵。尚、耿二藩，各拥有八旗兵十五佐领，约四千五百人，绿营兵约六千人；吴三桂原来在山海关外，拥有精兵四万，投降清朝以后东征西讨，四万精兵损失大半，但他又收降了李自成、张献忠的义军残部，这些都是身经百战、勇敢善战的部队，此外在云贵又不断招兵买马，扩充实力，此时兵力已达十余万人。“三藩”的军队多，粮饷开支巨大，出现了“天下财赋，半耗于‘三藩’”的局面。“三藩”以边疆未靖为借口，向清廷要挟军需，额饷必不可减。
首先是户部向朝廷提出报告，说“三藩”的开销，国库已经负担不起了，建议把“三藩”的满洲兵统统调回北京，并裁去两万绿营兵。这等于釜底抽薪，吴三桂当然不会同意，他不断地挑起战争，屠杀苗、彝等少数民族，以此来抵制裁军。
吴三桂自率兵入缅甸，抓回了南明永历帝朱由榔而被封为亲王后，更是势众权重。他控制的云贵地区成了独立王国；他任命的官吏、将领，吏部和兵部不得干涉；他使用的军饷，户部不得查核；他需要的人员可以从全国各地调，还可以委派部下亲信到别的省里去任职，称之为“西选”，造成“西选之官满天下”的局面。
吴三桂在昆明将朱由榔的桂王府改为藩王府，将明朝黔国公沐天波的七百顷庄田全部占为己有，改名为藩庄。他在云南十余年，常与西藏达赖喇嘛通使，每年通过西藏买进蒙古马上万匹。每天操练士兵马队，制造兵器，水陆要冲，都安排了心腹之人把守。
在京城，吴三桂还通过当了皇帝女婿的儿子吴应熊掌握了解朝廷的动静；在云南，他还强行圈占明代卫所军田，将耕种这些田地的农民都变为他的佃户，强行纳租纳税。
吴三桂部下为虎作伥，抢劫杀人，无恶不作。又强迫平民做壮丁，不从者则被诬陷为逃犯。此外，还以放牧、狩猎等各种借口，强征土地，霸占老百姓的产业。
尚可喜、耿继茂二藩，开始同驻广州一城，所以广州受害特别严重，他们创设了“总店”，征收苛捐杂税，每年所得的银两，不下数百万。尚可喜还垄断海上对外贸易，乘朝廷厉行海禁之时，指派部下大搞走私，其获利难以估算，均入私囊。
耿精忠移驻福建后，效仿在广州的做法，苛派夫役，勒索银米。
“三藩”肆虐，不仅引起民众的强烈不满，而且与朝廷其他文武大臣之间的矛盾，也十分尖锐。但凡与藩王发生矛盾的，就要遭到迫害。
巡按四川的御史郝浴，因揭发吴三桂拥兵观望、骄横跋扈，却反被吴三桂诬为“欺妄冒功”，而流放戍边了十八年。
御史杨素蕴劾奏吴三桂擅自补授官员，是“轻名器而亵国体”，主张“防微杜渐”“一切威福大权，俱宜禀自朝廷”。这下激怒了吴三桂，他抓住了“防微杜渐”这句话大做文章，歪曲是“意含隐射，语伏危机”，上疏质问。因当时吴三桂正在率兵追击南明永历帝朱由榔，朝廷不敢得罪他，只好处罚杨素蕴，罪名为“含糊巧饰”，降职使用。
清廷因为要依靠“三藩”平定和守卫南方的边疆地区，因此对他们百般迁就。结果消灭了南明，稳定了南方的局势，同时也酿成了“三藩”隐患。
随着形势的发展，清廷与“三藩”的矛盾日益尖锐。所以康熙清除鳌拜势力后，日夜悬念的就是撤藩问题。他说：“生老病死是自然规律，我从来也不顾虑，只是天下大权，必须归于一统。”因此他密令各部院，加紧进行整顿财政，筹措经费；加强训练，提高京师八旗兵的战斗力等，做好应付撤藩的准备工作，等待时机。
到了康熙十二年，也就是1673年春，平南王尚可喜因为看到自己的儿子尚之信太过嚣张，明哲保身，所以向康熙上疏请求回到辽东养老。同时，请求让其子尚之信袭封王爵，继续统兵镇守广东。
康熙接到了平南王尚可喜的奏折，非常高兴，认为这是千载难逢的良机！于三月十二日下令，一方面肯定尚可喜“欲归辽东，情词恳切，能知大体”；另一方面又以“广东已经平定”为理由，以及不使尚可喜父子、官兵兄弟亲族分离，撤退全部王下官兵家口归辽东，其所属左右两营绿营官兵，仍留广州，归广东提督管辖。
撤藩命令由钦差大臣于五月三日送到广州。尚可喜对朝廷比较恭顺，接到命令后，即陆续上报起程日期及家口、马匹的具体数目等。
吴三桂与耿精忠得知尚可喜主动疏奏撤藩，受到很大的震动。为试探朝廷的态度，便分别于七月三日和七月九日向朝廷呈送了要求撤藩的报告。
当时，吴三桂的谋士刘玄初说：“朝廷从很早以前就想撤藩，苦于没有借口，王爷这份奏书递上去，岂不是给了朝廷撤藩的借口？那撤藩是铁定了，请王爷三思。”
而吴三桂却自作聪明地说：“朝廷决不敢撤藩，我这样做，只是为了使皇上放心罢了。”
康熙接到疏报后，立即降旨称赞二王“请撤安插，恭谨可嘉”，并以云南、福建已经彻底安定，同意将二藩撤离，令议政王大臣合议。
金銮殿正中的明黄雕龙宝座上坐着头戴金顶皇冠，身着天子朝服的康熙皇帝。虽然这时康熙只有二十岁，长得不算魁伟，但目光炯炯，眉宇间透着一股英气，给人一种英俊干练的感觉。
康熙锐利的目光向众大臣一扫，从容地说：“不久前已命令平南王撤藩，还未撤，现在又接到平西王和靖南王的上书，也要求一块儿撤，不知大臣们对此有什么看法？”
“平南王的藩镇撤得，平西王和靖南王的藩镇却撤不得。”大臣索额图说道。他由于在捉拿鳌拜的过程中立了功，现在已经是大学士了。
“为何撤不得？”康熙问道。
“皇上您想，平西王吴三桂自镇守云南以来，虽说有些事儿做得过分了点，但地方上总算安定。现在如果撤藩，将他遣移，就不得不另外派兵把守。三位藩王加在一块有几十万兵马，如果一撤藩，士兵往返，劳师动众，必然骚扰地方，空费钱财。再说，他们的上书并非出自真心，如果真要撤藩，难免引起不测。汉景帝削诸侯王的封地，导致‘七国之乱’，这不能不引起我们的注意……”
兵部尚书明珠对索额图的说法不以为然，他打断索额图的话说道：“吴三桂镇守云南，圈占民田，抢掠人口，私开金矿盐井，攫取暴利，搞得民不聊生，怨声载道，哪里谈得上什么安定？他恃功自傲，专横跋扈，培植个人亲信，用人吏部不能过问，甚至还向全国选派官吏，就是总督、巡抚这样高的朝廷命官，还要听他节制。朝廷也不能过问他花费的钱财，他愿用多少就用多少。他用这些钱广招兵马，扩充势力。他虽说名义上还隶属朝廷，但实在与分裂割据没什么区别！另外两藩也好不了多少，他们互相串通，根本就没把朝廷放在心上。所有这些，各位大臣都是有目共睹的。所以，皇上应该当机立断，借他们要求撤藩的机会，将他们带领的军队全部调往山海关以外，以免生出祸患！”
听了明珠的一席话，大臣们纷纷议论。一时间，众大臣分为两派：有的同意明珠的意见，要求撤藩；有的附和索额图，不同意撤藩。争来争去，大部分大臣由于惧怕吴三桂的威势，怕引来麻烦，慢慢地都倒向了索额图一边。
康熙一直耐心地听着，他见再争论下去也不会有什么结果，就挥了挥手说：“兵部尚书等人的意见很有道理。‘三藩’各据一方，现已造成尾大不掉的局面，不可不撤。朕亲政后，见‘三藩’势力越来越大，时刻忧虑。既然三位藩王主动请求撤藩，这再好不过，我们正可顺水推舟……”
康熙说到这里，看了一眼索额图，又接着说：“大学士怕撤藩引起不测，这也不是没有道理，朕也曾考虑过。历史上的汉景帝听从大臣晁错的建议，削减诸侯的土地，引起了七个诸侯的叛乱。其实，汉景帝和晁错都没有什么不对的地方，相反，应该说是很英明的。因为当时的诸侯存心造反，削地反，不削地也会反。可惜汉景帝一时糊涂杀了晁错！要论前车之鉴，唐玄宗姑息迁就边将安禄山，导致‘安史之乱’、藩镇割据，那才是真正的教训。现在的局面，和汉景帝时非常相像，撤藩也反，不撤藩也会反。与其让他日后羽毛丰满时反，还不如让他现在就反。”
大臣们静静地听着康熙的话，感到很有道理，不住地点头称是。于是，康熙下诏撤藩，并分别派大臣前往各藩镇传达诏命。
平西王吴三桂根本没把上书请求撤藩当作一回事，仍旧每天在藩王府对酒当歌，寻欢作乐。吴三桂自恃功高，料想朝廷不会把他怎样，即使撤掉其他两藩，也不会撤到他头上。他之所以上书请求撤藩，不过是做样子，试探一下朝廷对他的态度。
这天，吴三桂正在藩王府欣赏由四十个歌伎表演的歌舞，忽然听到礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼前来宣诏。
吴三桂懒洋洋地回到府中，设香案跪接圣旨。等折尔肯把撤藩的诏书宣完，吴三桂不禁倒吸了一口冷气，就像当头挨了一闷棍，只觉得脑袋嗡嗡直响，竟忘了还要谢恩。
吴三桂派人安置好两位宣诏的大臣后，就急忙请手下的几位得力大将吴应麒、吴国贵、马宝、夏国相、胡国柱等人来藩王府商量对策。
吴三桂刚把康熙的诏书念完，都统吴应麒就叫道：“王爷，您看这诏书上说的都是些啥玩意儿？这分明是讥讽王爷……”
“我请个屁？！”还没等吴应麒说完，吴三桂皱了皱眉，愤愤地骂道，“我请求撤藩，不过是装装样子，没想到给他个毛驴他就当马骑。”
“这藩万万撤不得！如果一撤藩，离开我们多年经营的地盘，无兵无权，那还不是任人摆布？”吴三桂的女婿、都统夏国相说道。
“说得有理！”中营总兵马宝接着说，“现在天下已经平定，皇上哪里还用得着我们？所谓撤藩，不过是调虎离山之计。常言说得好：‘虎落平阳遭犬欺。’我们一旦离开根基之地，只有等死。就是不死，也没我们的好果子吃。与其束手被擒，还不如趁此反了吧！反去北京，也让胆大妄为的皇上尝尝咱王爷的厉害！”
“反了吧！反了吧，王爷！”几位大将一起吼道。
“反，反，你们当我不想反！狗急了还跳墙呢，何况我吴三桂征南闯北、打败过李自成、绞杀过南明永历帝……”吴三桂说得激动，脸膛涨得发紫，像煮得半熟的猪肝一样。他半躺在雕花镶背的太师椅上喘着粗气，稍微平静了一下，说道：“皇上虽说年轻，但也不是三岁小儿……”
“怕他怎的？打仗在于将帅，也不在于一个皇上！”都统胡国柱说。
都统吴国贵接着道：“现在朝廷上下，老将死的死了，亡的亡了，剩下的不是乳臭未干，就是懦弱无能，没有一个是王爷的对手。王爷手下精兵数万，粮草充足，弹药齐备，只要王爷把反旗这么一树，平南、靖南二藩自然响应不说，就是其他边将旧部也会群起响应。”
吴国贵的几句话给在场的每个人都打足了气，他们都来了精神，吵吵嚷嚷地说：“现在不反，还要等到什么时候？！”
在部将的鼓动下，吴三桂认为自己势力足够强大，决定起兵谋反。
吴三桂叛乱的消息传到北京。太和殿内，大臣们吵吵嚷嚷，失去了往日的镇静和谦恭。
索额图两眼看着康熙道：“皇上，恕臣直言，当初就该听奴才的话，不该急急躁躁地撤藩……”
“反都反了，还说什么撤不撤？！”不知哪位大臣冒了一句。
索额图没去管他，继续说道：“事到如今，也只有一个法儿……”
“只有派兵平叛！”明珠接过话说。
索额图“哼”了一声：“照你的话办，总没好事。”
康熙平静地问：“那么，照你的意思，又该如何？”
索额图说：“只有诛首倡撤藩之人，取消撤藩令，安抚吴三桂，方可无事。”
明珠等人听索额图请求康熙诛杀自己，吓了一跳，心中叫苦不迭，他们不由自主地一齐跪下道：“臣等死罪，请皇上发落！”
康熙和蔼地说道：“起来，都起来。这从何说起？各位虽是首倡撤藩之人，但撤藩一直是朕的主张，今日岂能因为吴三桂反叛，就归罪于你们。如果说撤藩有过错的话，那也在于朕一人。”
明珠等人叩头谢恩而起。索额图急忙趋前一步说：“皇上……”
康熙摆手道：“当年七国反叛汉廷，汉景帝杀了晁错，但反叛并没有因此而停止，反而铸成了大错。朕就是再糊涂，也不会做出这等误国误民的糊涂事来！”
索额图嗫嚅着退到一边。这时，另一个大臣说道：“我皇圣明！逆贼吴三桂不念我朝之恩，上背天时，下违人情，公然反叛，皇上理应派兵讨伐！”
康熙点点头，用深邃的目光扫视了一下群臣，最后把目光落在索额图身上，缓缓地问道：“大学士还有什么话要说吗？”
索额图很了解康熙的脾气，他见皇上主意已定，就低头说：“奴才谨遵圣命！”
康熙毅然地说：“为维护我大清帝国的一统帝业，藩不可不撤，而今，逆贼反了，也不可不伐。讨伐逆贼，朕意已决！”康熙说完，把一只拳头重重地砸在御案上。
群臣齐声赞道：“我皇圣明！”随后，康熙下达了武装平叛的命令。康熙作出这个决定，虽然显得操之过急，如果先撤二藩，使吴三桂失去援手，同时在战略要地部署军队，战争的形势可能改观，不至于旷日持久，生灵涂炭；但从另一方面也表现出他决心不可动摇，处事果断。
吴三桂表面上对朝廷使臣很尊重，表示于十一月二十四日启程迁移，背地里加紧进行谋叛的准备，派遣心腹将领扼守关隘，控制人员出入。
十一月二十一日，吴三桂集合部下官兵，当众杀害了拒绝从叛的云南巡抚朱国治等，扣留了朝廷使臣折尔肯、傅达礼，自称天下都招讨兵马大元帅，蓄发换服，旗帜皆用白色，以明年为“周王元年”，并发檄文于全国，声称为明室复仇才起兵反清。
虽然吴三桂拥有雄厚的军事实力，但当时天下大局已定，康熙的施政又很得当，人们刚刚从战争中走出来，过了几年安稳日子，吴三桂挑起战乱注定不得人心。
因此，就连刚开始时拥护吴三桂的一些前明遗老在看清了他的真面目后也纷纷离去，机关算尽的吴三桂从一开始就注定了日后灭亡的命运。
打败吴三桂的叛乱
康熙清除了鳌拜集团，开始乾纲独断，自主地治理国家。为时不久，便爆发了以吴三桂为首的大规模武装叛乱，刚刚安定下来的中国，再次陷入内战的深渊。这一事变，远比同鳌拜集团斗争要严重得多，它对于刚迈入青年时期的康熙无疑是一次命运攸关的考验。
康熙十二年，也就是1673年，康熙下令“三藩”全部撤还山海关外，但没想到吴三桂却在十一月二十一日正式起兵反清。起兵前后，吴三桂先后致书尚可喜、耿精忠和在台湾的郑成功之子延平王郑经，以及贵州、四川、湖广、陕西等地官吏中的老相识，尤其是明朝降清的官员，与他们约定一起发兵，“三藩之乱”由此开始。为了师出有名，吴三桂佯称拥立明朝的“朱三太子”，兴明讨清，到处散发《吴三桂奉天讨满檄文》：
原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大师兴明讨虏大将军吴，檄告天下文武官吏军民等知悉：
本镇深叨明朝世爵，统镇山海关。一时李逆倡乱，聚贼百万，横行天下。旋寇京师，痛哉毅皇烈后之崩摧，惨矣！东宫定藩之颠踣，文武瓦解，六宫恣乱，宗庙瞬息丘墟，生灵流离涂炭，臣民侧目，莫可谁何。普天之下，竟无仗义兴师勤王讨贼，伤哉！国运夫曷可言？
本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声，不得已歃血订盟，许虏藩封，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关，李贼逃遁，痛心君父，重仇冤不共戴，誓必亲擒贼帅，斩首太庙，以谢先帝之灵。幸而贼遁冰消，渠魁授首，正欲择立嗣君，更承宗社封藩，割地以谢夷人，不意狡虏遂再逆天背盟，乘我内虚，雄踞燕都，窃我先朝神器，变我中国冠裳，方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误。本镇刺心呕血，追悔莫及，将欲反戈北逐，扫荡腥气，适值周、田二皇帝，密令太监王奉抱先皇三太子，年甫三岁，刺股为记，寄命托孤，宗社是赖。故饮泣隐忍，未敢轻举，以故避居穷壤，养晦待时，选将练兵，密图恢复，枕戈听漏，束马瞻星，磨砺竞惕者，盖三十年矣！
兹彼夷君无道，奸邪高涨，道义之儒，悉处下僚；斗筲之辈，咸居显职。君昏臣暗，吏酷官贪，水惨山悲，妇号子泣。以至彗星流陨，天怨于上；山崩土震，地怨于下；卖官鬻爵，仕怨于朝；苛政横征，民怨于乡；关税重征，商怨于涂；徭役频兴，工怨于肆。
本镇仰观俯察，正当伐暴救民，顺天应人之日也。爰率文武臣工，共襄义举，卜取甲寅年正月元旦寅刻，推奉三太子，郊天祭地，恭登大宝，建元周启，檄示布闻，告庙兴师，刻期进发。移会总统兵马上将耿（精忠），招讨大将军总统使世子郑（经），调集水陆官兵三百六十万员，直捣燕山。长驱潞水，出铜驼于荆棘，奠玉灼于金汤，义旗一举，响应万方，大快臣民之心，共雪天人之愤。振我神武，翦彼氛，宏启中兴之略，踊跃风雷，建划万全之策，啸歌雨露。倘能洞悉时宜，望风归顺，则草木不损，鸡犬无惊；敢有背顺从逆，恋目前之私恩，忘中原之故主，据险扼隘，抗我王师，即督铁骑，亲征蹈巢覆穴，老稚不留，男女皆诛；若有生儒，精谙兵法，奋拔岩谷，不妨献策军前，以佐股肱，自当量材优擢，无靳高爵厚封，其各省官员，果有洁己爱民、清廉素著者，仍单仕；所催征粮谷，封贮仓库，印信册籍，赉解军前。
其有未尽事，宜另颁条约，各宜凛遵告诫，毋致血染刀头，本镇幸甚，天下幸甚！
这篇檄文虽然是为了蛊惑人心，利用民族情绪妄想让汉族人民为吴三桂的“大周朝”卖命而炮制出来的东西，但文章用词精练、气势磅礴、情真意切，所以还是有一定的迷惑力。
在吴三桂的煽动下，先后共有总督、巡抚、提督、总兵等地方大员二十六人参加叛乱，其中明朝降清武将有二十人。
此外，吴三桂还煽惑征集云、贵土司苗彝各族兵丁数万。一时间，长江以南数省，叛乱烽起。吴三桂叛军主力东侵黔、湘，很快集结了十四万兵力；侧翼北攻川、陕，兵力亦不下数万。
十二月二十一日，当吴三桂叛乱的消息传到朝廷时，康熙召开御前会议商讨对策。明珠主张派兵平叛，而当初反对撤藩的索额图则主张将撤藩的明珠等人杀了换取吴三桂等人的谅解，以阻止叛乱。
康熙面对种种议论，十分冷静。他否定了索额图的意见：“在我还小的时候，就认为‘三藩’势力慢慢强大，不可不撤，岂能因为吴三桂反叛就把责任推到别人身上呢？汉景帝错杀晁错并未制止吴楚七国之乱，这是历史教训，应该记取。可令福建、广东两地暂停撤藩，削去吴三桂爵位，速行剿灭。”
康熙分兵遣将，指挥若定，总的方略是：以荆州、岳州为根本，沿长江布防，阻止叛军北进，再由陕西、四川进军阻击叛军西北之路。
大学士王熙建议道：“请将吴三桂的儿子吴应熊和孙子吴世霖处死，以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励军心。”康熙同意，遂下令赐死吴三桂的儿孙。
康熙在处理地方官员和将领反叛问题上，也极有谋略和气度，他下令处死吴三桂儿孙，却不株连其他在京的吴三桂旧部，只要他们不做内应，朝廷照旧信任他们。他命新任云南提督胡拜、贵州提督赵赖以皇帝的名义发布广告，告诫军民人等，不要听从吴三桂的威胁利诱，对误入歧途者，只要能幡然悔悟，弃暗投明，朝廷一概既往不咎，欢迎归来。
康熙在平“三藩之乱”中，把吴三桂作为主要敌人，把湖南作为主要战场。他在康熙十四年，也就是1675年，就指示大将军岳乐：江西收复要地稍有头绪，就进兵湖南。
那一年，吴三桂企图乘陕西王辅臣叛乱，留兵七万守长沙、萍乡等地，以挡住江西岳乐部队；又分兵七万守住岳州、澧州等地各个水口，以阻止江北清军南渡；又遣一部分兵力逼湖北襄阳，和陕西的王辅臣叛军勾结，联合作战；吴三桂自己亲赴荆州上游的松滋，居中调度指挥。
康熙十五年，也就是1676年，农历二月，康熙针对吴三桂的兵力部署和作战意图，将勒尔锦、尚善、岳乐等三名大将军所统的数万兵力投入湖南战场。
吴三桂急忙从各地调集了十八名将领、十余万人，全力守长江，自己率岳州、澧州部分兵力援助。康熙早料到吴三桂会采取这一行动，马上命贝勒尚善为安远靖寇大将军，与荆州的勒尔锦将军一起，渡江进攻岳州和澧州。
但尚善和勒尔锦于三月份相继渡江后，进展非常缓慢。勒尔锦在太平街失利后，又退回荆州去了，使康熙的这次迂回包围计划未能实现。
康熙对诸王、贝勒拥兵自重，畏缩不前，贻误战机的现象十分忧虑。为了改变这种局面，康熙大胆地破格任命前锋统领穆占为征南将军，给他调了和岳乐等大将军相近的兵力，还将他召到北京，当面交代了战略意图。
康熙十六年，也就是1677年，农历二月，穆占率兵抵达长沙外围，经过一个多月的准备，即开始攻城。由于大将军岳乐不予配合，长沙没有攻下来，而且造成了重大伤亡。而这时，吴三桂为了摆脱清军的三面包围，率众往衡州，另遣兵三万往湖南南部的宜章，企图进兵广东。
康熙一面派兵坚守广东韶州，一面令穆占等进攻衡州，堵住吴三桂进广东部队的后路。至康熙十七年，也就是1678年初，彻底粉碎了吴三桂向广东发展的图谋。
吴三桂在康熙调兵遣将、步步紧逼的打击下，军事上完全丧失了主动，处处陷于被动挨打的境地，便于康熙十七年，也就是1678年，农历三月初匆匆称帝，立年号为昭武，这时吴三桂已经六十七岁了。他改衡州为定天府，封了百官和诸将，封妻子张氏为皇后，孙子吴世璠为太孙，确定实行新的历法。
八月，吴三桂集中兵力猛攻永兴，双方激战二十昼夜，大炮轰鸣，声震长江，战斗甚为惨烈。清军都统依里布、护军统领哈克山等战殁，前锋统领硕岱率兵入城死守，浴血奋战，战况十分危急。康熙闻报为之寝食不安。然而就在此时，吴三桂听说他的女婿胡国柱密谋降清，心力交瘁，突然一命归西了。
吴三桂死后，他的孙子吴世璠从云南赶到衡州继位，改年号为洪化。但他不敢留在衡州，便向贵州贵阳撤退。此时的叛军已经是军心涣散、斗志全无。
康熙审时度势，抓住了这一大好时机，命大军水陆夹击，迅速收复了岳州、长沙、衡州等地。至此，康熙取得了平定“三藩”的决定性胜利。
平复耿精忠的叛乱
所谓“三藩之乱”，实际上只有吴三桂一藩是铁心反叛。尚之信和耿精忠，与其说是反叛，不如说是见吴三桂势大，也想浑水摸鱼，捞取自己的利益而已。对于他们，康熙更多是以招抚为主，把主要精力放在对付吴三桂一方上，分清主从，区别对待。
耿精忠是耿继茂的长子，为笼络耿藩，清朝初期，顺治帝将自己的侄女，也就是肃亲王豪格的女儿下嫁给耿精忠。耿继茂死后，这位“和硕额附”承袭了王爵。
康熙十三年，也就是1674年，靖南王耿精忠响应吴三桂，和部下曾养性、江元勋、马九玉、白显忠等密谋反叛，囚禁总督范承谟，率部众剪掉发辫，改易汉服，自称“总统兵马大将军”，分兵攻占延平、邵武、福宁、建宁、汀州等地，占据了福建全省，并派人联络吴三桂和台湾的郑经。
至此，江南及沿海一线，只剩广东、江西和浙江三省还在康熙掌握中。这时，康熙能做的便是尽最大的努力安抚镇守广东的尚可喜和拼死保住江西，使云贵、广西与福建叛军无法联手。
他一面下诏削夺耿精忠的王爵，声罪致讨。一面任命康亲王杰书为奉命大将军、贝子傅剌塔为宁海将军，由浙江攻打福建；命贝勒尚善为安远靖寇大将军，协助勒尔锦由荆州入湖南攻击岳州；命安亲王岳乐为定远平寇大将军出江西；以简亲王喇布为扬威大将军，统师镇江南；以贝勒洞鄂为定西大将军，由陕西攻四川；命尚可喜和总督金光祖由广东击广西。并迅速整顿驿递，使至西安、浙江的情报和命令四五日便可抵达，直接指挥着各地的防务。
同时，康熙降旨招抚，派工部郎中周襄绪以及原来耿精忠属下的一等护卫陈嘉猷前往福建宣诏，谕旨中说：在我看来，耿精忠肯定是一时无知，误信了奸人的蛊惑，与吴三桂不同，所以将吴三桂子孙正法，耿精忠在京的几个兄弟照旧宽容，所属官兵并未加罪。……耿精忠从祖父、父亲以来，受恩三世四十余年，他和吴三桂这种蓄谋已久的叛乱首犯不一样……如果耿精忠真能追念累朝恩德及他父亲让他忠于朝廷的遗言，洗心革面，彻底悔悟，诚心归顺朝廷，将侵犯内地的海贼郑经速速剿灭，那我就当他戴罪立功，就像没发生过叛乱的事一样。
后来，耿精忠拒绝了康熙的招降，囚禁了周襄绪，并且派兵攻打浙江、江西。
于是，康熙命令康亲王杰书和固山贝子傅剌塔由浙江进击，连败耿军。借胜利之机，康熙再次颁诏，派耿精忠的弟弟耿聚忠前去招降。
在诏书中，康熙历数耿精忠祖孙三世的功劳，陈说利害，苦口婆心劝其归降，他说：“你如果立刻悔罪率众归诚，我马上恢复你的王爵，仍旧镇守，所属人员职位与原来不变，兵民人等依旧和从前一样。如果能剿除海寇，替我办事，仍按立大功进行爵赏。你不让前使臣周襄绪等回来向我复命，或许有别的原因，我心里并不怪罪。我以诚心待天下，决不会食言。”
但耿精忠仍然毫无悔意，连他的弟弟都没有见，依旧调兵遣将，派江元勋等据守关隘，督促马九玉等进攻衢州。在这种情况下，康熙命令清军加大进攻力度，叮嘱杰书不可因为招抚而耽误进剿，并且提出了“海寇郑经宜用招抚的办法，耿精忠宜用剿灭或用离间之计”的战略方针，将耿精忠作为打击重点。
在康熙遥控指挥下，清军英勇作战，取得了一个又一个胜利。浙江总督李之芳率部在金华和衢州击溃了耿精忠的部将曾养性和马九玉。正在此时，据守台湾的郑经也趁火打劫，从耿精忠身后进攻，试图吞并福建。
耿精忠世居福建，和台湾郑家集团长期战争不断。耿精忠发动叛乱，希望联合郑经一同反清，但郑经对耿精忠貌合神离，不但不愿出兵，反而借机登陆扩张。
康熙十三年，也就是1674年，农历六月，泉州提督王进功之子王锡藩杀死了耿精忠的总兵赖玉等人，献城投降郑经。耿精忠派人向郑经索要泉州，郑经嘲笑说：“天下乃我大明太祖朱家的天下，和你主子有什么关系？况漳州、泉州那是我大明父母之邦，又是你家主子请本藩渡海，齐心合力，共扶明室，所以我才不惜跋涉，提师前来，怎么墨迹还未干，你就说话不算数了呢？”反而倒打一耙，让耿精忠无计可施。
这样一来，耿精忠联合郑经的图谋就破产了。两个月后，郑经派冯锡范在福建海澄等地张贴檄文，称赞吴三桂，却指责耿精忠“从不遵及大明正统”“妄自尊大，待以附庸”，因此“惟郑王为盟主，复我大明三百年之基业，澄清东南之半壁”。实际上已经发出了宣战书。
不久，郑经就占据了漳州、泉州、潮州等重要地方，兵马强盛。耿精忠屡战屡败，不得不派人求和。双方虽然暂时和好，但聪明的康熙知道，他们势不两立，因此定下了抚郑剿耿的方略。
康熙十五年，也就是1676年，农历三月，尚之信反清，吴三桂约郑经和耿精忠进兵江南，不料郑经企图借机吞并整个福建，攻占了重镇汀州，又攻克兴化府，兵锋直指福州。耿精忠的部下纷纷依附郑经。
耿精忠这才认识到郑经的险恶用心，但为时已晚。这样一来，耿精忠进攻江西和浙江的阴谋都破产了，自己根据地却被郑经夺去了大半。此时，耿精忠面对郑经的进攻，加上连年征战，民怨沸腾，军饷匮乏，军士纷纷逃亡，败相已现，他不得不撤回攻打江西的耿继善，回守福建。
康熙认识到耿精忠撤回建昌叛军，必是受郑经逼迫，下令康亲王杰书，率军直取福建，他下诏说：“我兵宜乘机前进，其令大将军杰书，将军贝子傅剌塔、赖塔，总督李之芳等，速剿闽寇，酌量招抚，勿坐失事机。”于是，清军一路长驱直入，进逼福建。耿精忠受腹背夹击，越来越难过了。这时，部下将领白显忠等率军投降，更是雪上加霜。
康熙见时机成熟，再次令杰书前往谕降。康亲王杰书致书耿精忠说：“现在我的大兵就驻扎在仙霞岭，长驱直入，已经拿下蒲城，蒲城乃福建省的财赋要地，咽喉既失，粮运不通，建宁、延平也是早晚的事，必将被我们攻下，与其到那时被抓到处死，不如现在及早投降，皇上仍然保留你的王爵，更重要的是，还可以保全百万生灵。况且郑经与你有不共戴天之仇，不顾旧情抢夺你的属地，你应该助大兵进剿他立功赎罪，为什么执迷不悟，竟然和这群叛贼混在一块呢？”
耿精忠得书，犹豫未决，回复道：“我自己已经愿意投降，只是恐怕部下们不同意，到时又会导致叛乱。希望你奏明皇上，让皇上给我一个明诏，许我赦罪立功，以平定众心，那我就率部下投降。”
杰书见耿精忠仍旧拖延，不给他喘息之机，命大军迅速进攻延平，守将耿继美投降。耿精忠见大势已去，决意归降。然而，被耿精忠囚禁的福建总督范承谟还在，他已经被囚禁了两年多，备受折磨，仍坚贞不屈，每天写一首七言绝句，表明自己对朝廷的忠心和对耿精忠的愤懑。
耿精忠想投降，又担心范承谟揭露他的罪状，于是他决定杀人灭口，派人逼迫范承谟自杀，并将范承谟的幕僚、亲属等五十多人全部杀害。然后，耿精忠才派儿子耿显祚献印请降。
十月初四，杰书大军进入福州，耿精忠率领属下官员出城迎降。至此，“三藩”之一被平定了。康熙遵守诺言，仍然保留了耿精忠的王爵，命他率领部下协助征剿，戴罪立功。
到康熙十六年，也就是1677年，清军就将郑经所部逐回厦门，各地的叛军纷纷投诚，福建、浙江、江西相继平定。
康熙在平复吴三桂、耿精忠叛乱的同时，一刻也没放松对付尚可喜的行动。本来，镇守广东的尚可喜一直忠于清朝，对抗吴三桂的叛军，得到康熙的信任。
但他年老体弱，长子尚之信代为理事，吴军攻势很猛，手下不少部将投降了吴三桂。尚之信不听父亲的劝告，也借机作乱，接受了吴三桂招讨大将军的任命，囚禁了父亲，夺得兵权。
康熙听到消息之后，没有惊慌失措，他认为叛军内部矛盾重重，很快就会发生内讧。只要解决了福建问题，广东的问题自然迎刃而解。
尚之信起兵后，以为会得到吴三桂的大力支持，不料吴三桂却不断向其索要饷银，又派亲信董重民取代金光祖为两广总督，冯苏取代佟养钜为广东巡抚，马雄驻肇庆，企图乘机夺占他的广东地盘。
同时，郑经也受吴三桂挑唆，攻占了惠州和沿海一带。尚之信不但没有得到好处，连老巢也几乎不保。更要命的是，清军这时已经占领了福建，和耿精忠所部一起，攻打过来。就这样，尚之信陷入了四面楚歌的困境之中。
耿精忠降清仍受重用提醒了尚之信，于是他也决定投降。康熙十五年，也就是1676年，农历十二月，尚之信派人到简亲王喇布军前乞降。
喇布上奏康熙，康熙降特旨说：“将尔以往之罪，并尔属下官兵，概行赦免。”并说，“倘能相机剿贼，立功自效，仍加恩优叙。”
第二年五月，尚之信率省城将士归顺，其余部下也相继投降。康熙让尚之信袭封平南亲王，部将也各复原职。
康熙对大学士们说：“叛乱之罪在吴三桂，与被胁从之人无关，只要能悔罪投诚，应一概宽免。”因此就连吴三桂任命的总督董重民等也予以免死释放，以此来争取更多的叛军归顺。
康熙鉴于这些人反复无常，没有放松对他们的警惕。在保留他们的利益的同时，他也加强了控制。康熙最后的目的仍然是撤藩，不过他知道吴三桂不灭，彻底撤藩就难以实现。相对吴三桂而言，尚之信、耿精忠不过是附和者。
康熙分清首从，分化瓦解，对他们区别对待。因此才保留了尚之信和耿精忠的王爵。康熙对耿精忠最不放心。
康熙十六年，也就是1877年，农历四月，他命耿精忠把自己的儿子耿显祚送入京城做侍卫，其实就是充当人质。同时，他命令康亲王杰书率军驻扎福建，防备郑经，另外也是为了监视耿精忠。不久，耿精忠杀害范承谟等人的罪行被揭露。
原来，看守范承谟的狱卒感念他的忠贞，偷偷到荒野上捡了他的一些遗骨，暗地里收藏起来，来到京城，报告了事情的经过。康熙知道后非常伤心，命令用隆重的礼仪为范承谟举行祭葬，追赠他为太子太保、兵部尚书，康熙还亲自为范承谟在狱中所作的《画壁集》题写了序言。
康熙十六年，也就是1677年，农历十一月，耿精忠属下的参领徐鸿弼、佐领刘延庆、护卫吕应锡等人也联名揭发他，列举了他“归顺后尚蓄逆谋”五项罪行：违背康亲王令，不全部举出叛党；私下和郑经通音信；和刘进忠耳语，说自己本不愿投降；密令心腹藏火药铅弹，说是为日后所用；遣散士兵归农，让他们携带武器，不留给大军。
但康熙看了之后，将这个奏疏留下未发，而是在等待时机。按理，耿精忠的一系列做法足以处之死罪，但康熙深知，如果这个时候处理他，势必会影响到全局，因此，他假作不知，以安众心。
康熙十七年，也就是1678年，吴三桂病死，吴军逃回云贵，郑经也退守厦门。这时，康熙担心耿精忠留在福建会发生意外，打算让耿来京，又担心他心中怀疑，所以就密令康亲王让耿精忠奏请陛见。
康亲王上书请求将耿精忠治罪，但康熙认为时机还没有到。他在给康亲王的密谕中说：“我认为，凡行一事必前后计虑，如果真于国家有利始可举行，若轻率妄动，必然导致失误。今广西、湖南、汉中、兴安等处俱已底定，逆贼余党大小头目希望归顺朝廷的不止百千，若将耿精忠即行正法，不但已经投诚之人以为后日亦必如此声明其罪，即未经投诚之人看了之后也会寒心，这些都要考虑到，关系实在重大。前几天我下手谕欲令耿精忠来京，原因是我想撤回在福建的一半满兵，并不是立刻就处决他，所以让他先到京城来。”
康熙考虑得非常仔细周到。他所担心的不是耿精忠，而是如果过早处理他，会造成不利影响，对于迅速结束战争不利。
康熙十九年，也就是1680年，农历四月，耿精忠上疏请求进见，康熙当即允准。
八月，耿精忠到京，他的弟弟耿昭忠、耿聚忠就举报他的不法行为。议政王大臣请求将他交给法司审理。法司判决将其革去王爵，与其子耿显祚及部属曾养性一并凌迟处死。
康熙批准了拘审，但一直没有最后处理。直到康熙二十一年，也就是1682年，“三藩之乱”彻底平定，才下令将耿精忠革去王爵，立即凌迟处死，其子耿显祚被处斩。其手下大将如曾养性、白显忠等凌迟处死，其他一些主要的叛将也都做了处理。与此同时，撤除靖南王藩的工作也顺利完成。
尚之信的命运比耿精忠似乎好一些。由于康熙对他父亲尚可喜很信任，也给他留了后路，希望他能够真心为朝廷效力。但尚之信虽然归降，仍然心怀叵测。康熙多次命他进军湖广、广西，他都按兵不动，坐观成败，直到吴三桂死了之后，他才听从朝廷调遣。
另外，尚之信十分残暴，肆意虐待下属，酒后动辄发怒，拿刀杀人。他的部将孙楷归顺清廷后，朝廷赦免其罪，尚之信却杀了他。护卫张永祥替尚之信送奏章到京，被提为总兵，尚之信却故意从中阻挠，还鞭打他以示侮辱。护卫张士选言语触怒尚之信，尚之信竟斩断了他的双脚。其残暴行为令人发指，激起了将士们的愤怒。
康熙十九年，也就是1680年，农历三月，张永祥、张士选赴京告发尚之信预谋造反。康熙当即命刑部侍郎宜昌阿等人以巡视海疆为名赴广东调查，都督王国栋、副都统尚之璋都揭发了尚之信的不法行为。
于是，康熙命令王国栋将尚之信逮捕，押解京师，当庭对质。
尚之信知道后，非常愤怒，就指使其弟尚之节与长史李天植将王国栋诱杀。七月，康熙知道了事情真相，大为震怒，以尚之信“不忠不孝，罪大恶极，法应立斩，姑念曾授亲王，从宽赐死”，对尚之节、李天植则就地正法。
尚之信一死，平南王藩封相应撤去。其所属人员编为十五佐领，分入正黄、镶黄、正白三旗，驻防广东。三总兵标下官兵，裁去一总兵之官兵，剩下两总兵留镇广州。平南王府库金银，全部充作国用，以济军需。就这样，康熙用数年时间，平定了“三藩之乱”，也实现了撤藩的初衷。
康熙当时才二十岁，做事却非常老到。从他处理耿精忠和尚之信的过程来看，不露声色，游刃有余，实在是令人佩服。难怪法国传教士白晋佩服地说道：“康熙是在法国以外，连做梦也未曾见过的伟大人物，是自古以来统治天下的帝王中最圣明的君主。”
化解叛乱导致的危机
当吴三桂发动叛变的消息传到京城，很快就引起了全国的强烈震动。一些早就怀有异心的人认为，康熙不过是个少不更事的毛孩子，怎么会是久经沙场的吴三桂的对手，觉得有机可乘，蠢蠢欲动。由于防守京城的禁旅八旗先后奉调南下平叛，京城其实已经空虚，杨起隆就利用这一时机，在天子脚下首先发动叛乱，史称“朱三太子案”。
崇祯有七个儿子：二、五、六、七这四个儿子都过早去世；长子朱慈烺被立为皇太子；三子朱慈炯为周皇后所生，封为定王；四子朱慈炤生母为田贵妃，受封永王。
李自成进北京，抓获朱慈烺、朱慈炯之后，将朱慈烺封为宋王，朱慈炯封为宅安公，朱慈炤则下落不明。李自成退出北京后，朱慈烺和朱慈炯兄弟也不知存亡，去向。
可是不久之后，竟然有人自称是故太子朱慈烺，投奔南京福王朱由崧，因真伪莫辨，被朱由崧囚禁。剩下最尊贵的就是朱慈炯了，汉人正好利用他的名号反清。清朝初年，各地人民反清起事，多以朱三太子为号召。
杨起隆也不例外，当他得知吴三桂叛乱时，就利用一些人对明朝的怀念，诈称“朱三太子”，秘密起事。经多方联系，他组织了京城百姓和贵族家奴一千余人，相约以额前裹白布、身扎红带为标记，定于康熙十三年，也就是1674年的元旦之日，以放火为号，在内城一起举事。准备趁各官员入朝时，各自杀死自己的主人，将来建立政权时，被杀官员的官职就由该官的家奴担任，因此得到了一些家奴的拥护。一场肘腋之变正蓄势待发。
就在他们即将举事的时候，消息泄露了。康熙十二年，也就是1673年，农历十二月二十一日，郎廷枢的家奴黄裁缝在夜里喝醉了酒，胡言乱语，郎廷枢觉得奇怪，就趁他醉意正浓时诱导他说出更多的话。
原来黄裁缝也参与了杨起隆的阴谋。郎廷枢得知后大惊失色，当即擒住黄裁缝等三人到旗主处，举报了这件事。与此同时正黄旗人周公直也发现了动静。他报告说，他的家奴陈益正聚集三十多人在家中密谋举事。康熙得到汇报后，大吃一惊，但他没有慌乱，而是果断地命令正黄旗都统图海、祖永烈迅速率领官兵前去擒拿，结果当场拿获了案犯三十多人。
接着，康熙又下令关闭城门，严行搜查，捕获首要人犯数百人。首犯杨起隆闻风而逃，但不久之后就被拿获，并且被判处了死刑。这时的康熙镇定自若，举手之间平定了一场大乱。在审理案件的时候，康熙十分重视，他认识到叛乱分子敢在京城发难，一旦得逞，后果便会不堪设想。
刑部审完了案犯，提出一份判决报告书，拟将李株、黄裁缝等二百余人按“谋反律”凌迟处死，其亲属自祖父以至子孙，还有叔伯兄弟及其儿子，凡男子年满十六岁者，都予以处斩；十五岁以下之男子和案犯的母亲女儿妻子姐妹，以及财产都籍没入官。
案件交到康熙手中审核之时，他本着从宽处理的原则，改定只将李株、黄裁缝等九人凌迟处死，蔡文以下一百九十四人改为斩首。案犯亲属，康熙不忍株连过多，一律免罪释放，其家产也免入官，受牵连之人亦不予追究。康熙采用宽严结合的处理方法，使一场足以震惊全国的大案无声无息地得到处理，没有引起大恐慌，使京城很快安定下来。
一波未平，一波又起，紧接而来的更大危机继续考验着康熙的定力。康熙十三年，也就是1674年，农历四月初，河北总兵蔡禄准备叛乱响应吴三桂。蔡禄和襄阳总兵官杨来嘉原都是郑成功的部将，郑成功去世后，他们率部降清，被从优提拔，授以总兵官。
当获知吴三桂在云南起兵后，蔡禄也萌生了反叛之意，开始和起兵反清的杨来嘉书信往来，购买骡马，制造兵器，命令士卒以捕鱼为名，进行军事演习，密谋发动叛乱。正巧侍卫关保到河北出差，无意间探听到这个消息，当即火速报告给了康熙。
河北属于京畿重地，一旦发生叛乱，首先就会严重威胁到京城的安危。而且，和杨起隆等乌合之众不同，蔡禄率领的是久经沙场的强兵悍将，对于京城是致命的威胁，形势万分危急。这时，康熙不慌不忙，他始终保持冷静的头脑。经过认真思考后，他立即派内大臣阿密达领护军速赴蔡禄驻防地怀庆。在蔡禄还没有将士卒鼓动起来之际，阿密达就已率部迅速包围了他的衙署。
蔡禄的部下企图负隅顽抗。阿密达指挥若定，率部冲进衙署，将蔡禄父子同谋一并擒获，四月二十四日，押解北京处决。这样，一场叛乱又被扑灭在萌芽之中。在不足五个月的时间里，京畿重地先后发生的两次叛乱，引起了康熙的高度警觉。
康熙感觉到，吴三桂叛乱已在各阶层产生了广泛的影响，但此时吴三桂的长子吴应熊尚在京城，虽然已被拘禁，但终究是一大隐患，万一再度变生肘腋，结果实难预计。朝中一些大臣纷纷请求将吴应熊处死，以绝后患。
康熙十三年，也就是1674年，农历三月九日，兵部尚书王熙上疏康熙，请求处死吴应熊，奏疏称：
逆贼吴三桂负恩反叛，肆虐滇黔，毒流蜀楚，散布伪札，煽惑人心。今大兵已抵荆南，刻期进剿，元凶授首在指日间。独其逆子吴应熊，素凭势位，党羽众多，擅利散财，蓄养亡命，依附之辈，实繁有徒。今既被羁守，凡彼匪类，蔓引瓜连，但得一日偷生，岂肯甘心受死！即如种种流言，讹传不止，奸谋百出，未易固防。大寇在外，大恶在内，不早为果断，贻害非轻。为今之计，惟速将应熊正法，传旨湖南、四川诸处。老贼闻之，必且魂迷意乱，气阻神昏；群贼闻之，内失所援，自然解体。即兵士、百姓闻之，公义所激，勇气倍增。至应熊亲随人等，系累之中，益成死党，闻发刑部者不下五六百人。人众则难防，时久则易玩。速敕法司，讯别情罪，重者立决，次者分给各旗，消除内变之根源，扫荡逆贼之隐祸，洵今日第一要着也。
议政王大臣会议经过讨论，一致支持王熙的建议。但康熙还是有些于心不忍，因为吴应熊是自己的亲姑父，从亲情方面说，他不愿意处死吴应熊。他又从国家大局考虑，他不能冒这样大的风险，因此必须处死吴应熊以防患于未然。经过激烈的思想斗争，最后，康熙以大局为重，批准了王熙的奏疏，同意处死吴应熊。为此，他特地颁下了一份谕旨，其中说道：
吴三桂以枭獍之资，怀狙诈之计，阴图不轨，自启衅端，藉请搬移，辄行叛逆，煽乱奸宄，荼毒生灵，极恶穷凶，神人共愤！已经遣发大兵进剿，刻期荡平，诸王大臣会议，反逆子孙，理应诛戮，以彰国法，再三奏请。朕尚冀其悔祸自新，束身待罪，未忍加诛。近览吴三桂奏章，词语乖戾，妄行乞请，诸王大臣咸以吴三桂怙恶不悛，其子孙即宜弃市，义难宽缓。
朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章具在，众论佥同，朕亦不得而曲贷之也。本当照廷议，将吴应熊、吴世霖并其余子俱凌迟处死，但以应熊久在近侍，朕心不忍，故将应熊及其子世霖处绞，其余幼子俱免死入官。应坐人犯，分别正法。所有干连人等，情罪稍可矜原者，敕所司概行省释，以昭法外之仁。
两次叛乱的平定和吴应熊的处死，消除了京城的隐患，稳定了人心。
当吴三桂得知儿子变成刀下之鬼的时候，他正在饮酒。一听到这个消息，顿时脸色大变，双手发抖，酒杯从手中掉了下来，摔到地上被打得粉碎，丧子使得这个叛臣也尝到了切身之痛，他老泪纵横，长叹一声，说：“今日真是骑虎难下了啊！”当即魂迷意乱，气阻神昏。
失望、痛心、愤恨一齐涌向吴三桂心头，他原想康熙还会顾及其子与清廷的关系而不致伤害，“初得湖南还望生得其子”。可如今子孙都被杀死，他才领教到康熙的厉害，心中懊悔不迭，但已成骑虎之势，只好硬着头皮拼下去了。
又一场危机过去了，但历史给康熙出的难题却没有结束。当时，清军在和吴三桂的战斗中，几乎是节节败退。不久，陕西提督王辅臣叛乱，耿精忠叛乱，四川提督郑蛟麟叛乱。叛乱席卷全国，南方大部分领土都落入叛军之手。
恰恰就在这个时候，康熙十四年，也就是1675年，农历三月，蒙古察哈尔部布尔尼也趁机兴兵叛乱。布尔尼是蒙古林丹汗的孙子。清太宗时将林丹汗征服，林丹汗死后，清廷封其子阿布奈为和硕亲王，并将清朝公主嫁给他为妻。
康熙八年，也就是1669年，农历九月，因阿布奈没有对朝廷实行外藩朝贺之礼，康熙免除了他的亲王爵位，带入京师，爵位由他的儿子布尔尼承袭。布尔尼是清朝公主所生，但对清廷的做法深怀不满，一直图谋报复。
吴三桂叛乱后，康熙无暇北顾，将京城八旗兵大部分南调平叛。布尔尼野心勃勃，积极准备，图谋叛乱，企图借此良机一举实现祖父林丹汗的夙愿。公主长史辛柱得知内情之后，设法派他弟弟阿济根至京城告发。
康熙觉得叛乱还未显露，而且京城兵力空虚，不能武力镇压，就希望尽力安抚。于是，他派侍卫塞棱等去召见布尔尼兄弟以及巴林、翁牛特部王公等进京朝见。布尔尼内心生疑，不但不进京朝见，反而扣留塞棱，同时煽动蒙古各部造反。三月二十五日，布尔尼与奈曼王扎木山一同发动叛乱，率军直逼张家口。
察哈尔叛乱，对京城的安全构成严重威胁。得知这一消息，康熙十分忧虑，此时京城驻防的军队几乎全部南下，他手中已无兵可派。
这时，又是老祖母孝庄太皇太后指点了他。孝庄给他推荐：“图海才略出众，可当其责。”
图海是顺治帝破格提拔的人才，曾因犯错被革职。康熙初年被授为正黄旗满洲都统，不久任大学士。孝庄经历了皇太极、顺治、康熙三代，几十年的时间，使她对所有大臣都了如指掌，在此关键时刻便将有才干的能臣推荐给了康熙。
康熙马上任命信郡王鄂扎为抚远大将军，图海为副将军，率师征讨布尔尼。京师无兵，图海就把八旗家奴组织起来。由于图海领兵有方，这支从来没有打过仗的家奴部队，显示了很强的战斗力。
图海率部日夜兼程，赶往前线。为了激励这些人的斗志，他允许众家奴沿途抢掠，所获金帛归个人所有。又号召说：前此所掠，都是士庶之家，财宝不丰厚。察哈尔部是元朝大汗的直系后代，有数百年的基业，珠玉宝货不可胜数，你们如能获取到，可富贵终身。
正所谓“重赏之下，必有勇夫”，队伍不几天就到达察哈尔。全军将士斗志高昂，甚至被形容为“无不以一当百”。四月二十二日，图海与布尔尼在达禄决战。
布尔尼在山谷间布置伏兵，列阵以待。鄂扎与图海率家奴兵分头进击，冒着布尔尼的炮火，奋勇向前，冲乱了布尔尼的阵脚。布尔尼的部属下都统晋津阵前倒戈，反攻布尔尼，布尔尼大败而逃。
与此同时，科尔沁和硕额驸沙津亦率兵来援，不久，沙津率兵将布尔尼及其弟罗卜藏全都追杀，献首朝廷。不到一个月，就将这次叛乱彻底平定。察哈尔之乱的平定，使康熙稳定了自己的大后方，得以后顾无忧，全力平定“三藩之乱”，进而实现国家的统一大业。
面对着京城附近接连发生的这几次叛乱，年少的康熙临大乱而不惊，指挥若定，将大难消弭于无形之中，使京畿形势很快稳定下来，从而也就稳定了人心。这充分反映了康熙过人的胆识和能力，显示了他高超的统治能力。
宠臣铸就成功撤藩
吴丹，姓纳喇氏，满洲正黄旗人，是海西女真叶赫部主金台石的曾孙。康熙初年，吴丹于宫中任一等侍卫，曾奉命与大学士郭廷祚前往淮安，巡视黄河决溃之事。从《清圣祖实录》多处记载来看，吴丹深为康熙所宠信，许多事情都亲命吴丹办理。
吴丹受皇帝亲嘱，身怀重托离京南下。吴丹等人到达昆明后，吴三桂亲自陈兵演武场，予以隆重迎接。在授赏仪式上，吴三桂率左右梅勒章京、固山额真、牛录章京等将官依次接受所赐，并遥对京师向圣祖皇帝谢恩。
仪式结束之后，吴三桂陪同吴丹检阅将士队列，又命官兵较射箭法，但他隐匿精壮善射士卒，只以老兵上场比射。吴丹看在眼里，在返回宫中后，将云南情况如实向康熙作了汇报。
康熙十年，也就是1671年前后，拥兵自重的“三藩”已经形成更大气势，而清廷方面也加紧了撤藩准备事宜。首先，为削弱吴三桂在云贵的军政势力，由吏、兵二部铨选、皇亲钦命一批文武官员到云贵各地任职，使吴三桂不能再插手军政要员调迁任免之事。
其次，康熙亲自提擢和升调一批吴三桂藩下的可用将领，命其在云贵当地或外地出任高官，或派吴丹等前去传达自己亲旨，或调进京师亲授机宜。这种做法除了可以削减吴三桂个人力量，也可起到笼络吴三桂旧部并摸清其底细的目的。
康熙十二年，也就是1673年，农历二月，为更好地安抚“吴藩”和了解其内幕情况，他再次派出吴丹等人前往云南，所行使命仍是赏赐吴三桂，其真正目的也不言自明。
是月初四，一等侍卫吴丹、二等侍卫塞扈立奉康熙之命出宫赴昆明，给平西王吴三桂带去御用貂帽、团龙貂裘、青蟒狐腋袍各一袭，束带一围。与此同时，又有一等侍卫古德、二等侍卫米哈纳奉旨前去广东，赐赏平南王尚可喜御用貂帽、团龙天马裘、蓝蟒狐腋袍各一袭，束带一围（见《清圣祖实录》）。其赏赐尚可喜的目的，更多是为了表彰这位始终效忠朝廷的开国勋臣，起到牵制吴三桂的重要作用。
在吴丹等人前往云南、广东之后不久，三月份，平南王尚可喜欲“归老辽东”，忽然上疏皇帝，希望朝廷撤除本藩，自己率家人官兵归回东北原籍定居。康熙在米思翰、明珠、莫洛等廷臣的支持下，经过认真商议，立即决定撤藩。
尚可喜上疏请求撤藩并得到朝廷批准的消息很快传到吴三桂、耿精忠那里，吴、耿二藩迫于形势只好作出姿态，在当年七月初也先后上疏朝廷请予裁撤。吴三桂原以为年轻的玄烨不敢违背顺治帝立藩屏疆的祖制，而自己又功高盖世，谁也奈何不得，所上奏疏只是形式而已。
不过，康熙认为“三藩”终为国家之患，一日不除则一日不宁，因而借此机会决意撤“三藩”。当时，朝中一些大臣担心急撤“三藩”，必造成吴三桂等引兵反叛，故反对立即撤“三藩”。但康熙坚决地说：“三桂等蓄谋久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发。”康熙本人对吴三桂有如此深刻的认识，自然与他数次派吴丹等人深入云南探视其内部情况有直接关系，可以说吴丹等人作为皇帝的耳目，在皇帝撤藩决策中起了非常重要的作用。
康熙力排众议，降旨同意“并撤三藩”之后，十一月，吴三桂在昆明正式反叛。战争之初，吴兵进展迅速，又得到各地汉族官兵的响应，故很快占据了云贵以及川湘各省。之后，有福建耿精忠、广东尚之信、广西孙延龄和陕西王辅臣等清朝封疆重臣从逆反叛，造成叛军统据长江以南、陕甘部分地区的危急局面。
康熙调兵遣将，坚决平叛，削吴三桂爵号，派兵征伐。经八年战争，耗用了大量的人力物力，终于取得了平叛战争的彻底胜利。在平定“三藩之乱”的战争中，吴丹等宫中侍卫发挥了巨大的作用。
康熙十三年，也就是1674年，大将军顺承郡王勒尔锦率兵征讨吴三桂，吴丹奉命出使军中，面授机宜。四月，宫中侍卫关保奉差至河北怀庆，当地的安塘笔帖式向他密报河南、河北镇总兵官蔡禄与襄阳总兵官杨来嘉策划起兵应叛之事。关保得知此事后即飞驰回京，直接向皇帝奏报。
康熙深知怀庆临近畿腹，若发生变乱则天下难保，即速遣内大臣阿密达率护军赶往怀庆，经战斗攻下城中衙署，擒获蔡禄父子及其他同谋者，将这起叛乱消弭于无形之中。
又如在守护和攻取湖南岳州战役中，康熙因该城处“水陆冲要之地”，故在吴军未至之先，即派都统觉罗朱满、一等侍卫毕桑阿率部队赶往增援，只是因清军未及固守，该城为吴军攻克。九月，为夺回岳州城，康熙又派侍卫吴丹、塞扈立前往荆州，向领兵攻城的将帅发布指令，命其必须尽快全力拿下岳州。
康熙十三年底，陕西提督王辅臣兵变反叛。吴丹被授予署副都统一职，随鄂泰驻太原。不久，又命吴丹署建威将军，移师潼关。康熙十五年，也就是1676年初，抚远大将军图海出征王辅臣，吴丹率所部从征，经过激战，六月，将其围困在平凉城内。
王辅臣旧时多受清廷恩赏，其反叛态度一直不坚决，此次受困绝境，图海等又反复劝降招抚，终使其开城请降。图海即命吴丹率数骑入城中安抚城中官兵民等，秋毫无犯，从而使西北战事平息下来。
康熙十七年，也就是1678年，吴丹被授为护军统领，协助图海进兵汉中等地，多有战功。图海入京觐见，吴丹即以建威将军暂统大军。再后，吴丹在攻四川保宁、沪州等地战役中屡建战功，甚至擒获了吴三桂亲信将帅吴之茂。后来因为永宁、仁怀复失，吴丹被劾不急赴援，乃被解除将军印，还守汉中。
平叛战争结束后，吴丹因事被议罪夺职，不久又被授三等侍卫兼佐领。康熙二十九年，也就是1690年，吴丹随抚远大将军裕亲王福全远征噶尔丹叛军，大败其于乌兰布通。此后，吴丹与参领色尔济等往侦噶尔丹逃窜踪迹，归途中为喀尔喀叛兵所害。康熙闻讯，深悯曾在自己身边效力的吴丹，亲赐其散秩大臣。
侍卫吴丹，在平定“三藩”的战争中起到了重要作用，特别是他几次奉旨出使“吴藩”，忠勇机智，胆识过人，使康熙了解到了吴三桂拥兵自重、割据西南的真实情况，因而下决心撤藩。
争取王辅臣尽心效力
平定“三藩之乱”，有一场惊心动魄的较量是非常关键的，那就是对陕西提督王辅臣的争取。那么，王辅臣究竟是什么人呢？王辅臣，河南人，本来姓李，后被王进朝收为义子，遂改姓王。后来，农民军势大，王辅臣随明朝大同总兵姜瓖归附了李自成，被任命为副将。
王辅臣是一员出色的猛将，作战英勇，万夫难挡，人送外号“马鹞子”。顺治六年，也就是1649年，阿济格率领清军围攻大同，王辅臣经常突入敌营，掠人而归，敌不敢当。大同陷落，王辅臣也跟着姜瓖降清，隶属于汉军正白旗，后来被调入京师。
顺治帝对王辅臣非常赏识，授予他御前一等侍卫之职。顺治十年，也就是1653年，顺治帝命令洪承畴出征西南，并叫王辅臣随军出征，当洪承畴的贴身侍卫。当时去洪承畴军中的有两个御前侍卫，一个是张大元，一个是王辅臣，张大元自恃是大内派出的，所以不把洪承畴放在眼里，而王辅臣对洪承畴是毕恭毕敬，忠心耿耿，随侍左右，寸步不离。
行军时遇有险阻，他必下马，亲手为洪承畴牵马。遇到山涧，他一定背负洪承畴过去。他的忠心让洪承畴极为感动，战争结束后就保举王辅臣做了总兵官。
云南平定之后，王辅臣留镇云南，隶属于吴三桂。当时，平西王吴三桂极力笼络著名武将，王辅臣当然也在他的视野之中，吴三桂请示了顺治帝后，授予王辅臣援剿右镇总兵官，隶属于自己的部下。
而王辅臣对吴三桂，也同样尽心尽力，竭尽忠诚。其实，吴三桂这个时候已经有了割据的野心，为了扩大自己的实力，他当然不会放过王辅臣这样能征善战的大将，因此竭尽笼络之能事，他对待王辅臣，比对待自己的子侄还要亲密。
因此，在吴三桂的推举下，康熙三年，也就是1664年，王辅臣被加衔左都督。康熙一直关注着吴三桂，他亲政的第二年，也就是康熙九年，他就开始谋划削弱吴三桂的力量，同时也打起了王辅臣的主意。正好，这一年陕西提督缺空，康熙认为王辅臣智勇双全，是难得的人才，于是将他从吴三桂那里调出，升任陕西提督。
别看王辅臣只是一个提督，却对战局的走向起着至关重要的作用。如果说康熙和“三藩”成为天平的两端，王辅臣这个砝码加到哪一方，哪一方就有可能获得最终胜利，其重要性可想而知。在争取王辅臣这件事上，吴三桂和康熙都使出了浑身解数，各有优劣，但最终还是康熙剿抚兼施，胜了一筹，从而也获得了最终的全胜。
任命王辅臣为陕西提督的旨意下达之后，吴三桂才知道，他深感惋惜，如失左右手。王辅臣临行前，吴三桂拉着他的手，涕泣不止，说道：“你到了平凉，不要忘了老夫。你家里穷，人口多，万里迢迢，怎么受得了！”随后，他便赠王辅臣白银二万两作为路费。王辅臣心中也对吴三桂感激不已。
陕西是战略要地，可以说是京城的西部门户，必有得力之人方能守卫。康熙将这么重要的职位交给王辅臣，就是对他最大的笼络。王辅臣去平凉上任前，进京谒见了康熙。康熙语重心长地对他说：“朕真想把卿留于朝中，朝夕得见。但平凉边庭重地，又非卿去不可。”
康熙让钦天监给王辅臣选择动身吉日，又特地让他过完元宵节，且亲自与他一道看灯。临行前，康熙再次召见王辅臣，把一把豹尾枪赠给王辅臣，康熙说：“这把枪是先帝世祖章皇帝留下来的，一共是两把，朕每次出猎都一定把它们悬挂于马前，现在你远去平凉代表朝廷镇守边镇，为了宣扬你的威名和表示朕对你的信任，把这把枪送给你，朕是先帝的儿子，你是先帝的臣子，其他的物品不足以表示珍贵，唯有这把枪可以让你经常想到先帝对你的托付和朕对你的期望。”
这些可以说是很多大臣一辈子都难以享受到的，相比之下，吴三桂的恩德又在其下了。王辅臣被感动得痛哭流涕，他拜伏于地，发誓道：“圣恩深重，臣就是肝脑涂地，也不能报答万一，怎么敢不竭尽全力，报效皇上呢！”
可以说，在争取王辅臣的第一战中，康熙就占据了优势。三年之后，吴三桂发动叛乱，他首先想到了担任陕西提督的王辅臣和甘肃提督张勇等旧部，以为靠他以前的恩惠，只需一纸号令，二人就会闻风响应，这样一来，他的胜券就大得多了。
对吴三桂的这一手，康熙早已料到。康熙十二年，也就是1673年，农历十二月，他就给王辅臣、张勇和陕西总督哈占颁布特急诏谕：“逆贼吴三桂，如果秘密地用书信来迷惑你们和百姓，当晓谕官兵百姓，令其向朝廷报告。”
果然不久之后，吴三桂就派王辅臣原来的亲信汪士荣，带着给王辅臣、张勇的信函和任命札二道来到了平凉。这时的王辅臣正面临着情感和利益的双重煎熬。他想到吴三桂的旧恩和当下的声势，又想到康熙对他的宠信，一时左右为难。
最终，还是和康熙的情义占了上风，他立即命令拿下汪士荣，连同吴三桂给他及张勇的信、任命札，派他的儿子王继贞一同解往京城。康熙获知后大喜，当即将汪士荣处死，并授给王辅臣三等精奇尼哈番世职，任命王继贞为大理寺少卿。
为了加强对西北地区的控制，康熙派刑部尚书莫洛率兵前往陕西，让王辅臣坚守平凉，与莫洛同攻四川。王辅臣对莫洛经略陕西，凌驾于其上，有些不满。他从平凉前往西安，向莫洛陈述征战方略，但莫洛不以为意，还显示出轻蔑之意，王辅臣怀恨在心。
康熙十三年，也就是1674年，农历八月，王辅臣一再要求莫洛给他添马兵，但莫洛却先将王辅臣所属固原官兵的好马尽行调走，大大影响了王辅臣所部将士的心情。莫洛的歧视和压制，终于引发内讧，在莫洛进军不利，屯兵修整时，王辅臣杀死了莫洛，举起叛旗，响应吴三桂。
定西大将军董额得知王辅臣叛乱，急忙飞报康熙。康熙得到王辅臣反叛的消息，也着实吃了一惊，他想：王辅臣反叛非同小可，西北的重要将领多是汉族人，一直都和吴三桂有联系，有可能一反俱反；同时，王辅臣一反叛，等于给吴三桂开辟了一条通道，可以由侧面进攻北京，蒙古部落也可能由此受到煽动，这样一来，局面就会变得不可收拾。
康熙心中非常焦急。想来想去，终于想出了一个法儿，决定恩威并用，招抚王辅臣。正好王辅臣的儿子王继贞还在京中，康熙急忙传下圣旨，让王继贞入见。王继贞还不知道他父亲叛应吴三桂，猜不透皇上召他有什么事。
“你父亲叛乱，你知道吗？”
王继贞一听此话，“啊”的一声跪在了地上，说：“不知道，不知道，奴才确实不知道……”
康熙和颜悦色地说：“起来吧。这里有一份奏书，你看看就知道了。”
王继贞接过奏书一看，浑身抖个不停，扑通一下又跪在了地上，连连叩头：“该死！该死！……”
“你也不必害怕，”康熙说，“你父亲虽然在明朝末年结伙为盗，但从顺治年间降于我朝后，屡立战功。逆贼吴三桂叛乱后，又派你进京，表达他的忠诚。这次他举兵叛乱，虽说罪不可赦，但也不能全怪你父亲，他受到了别人的引诱。你可速去陕西，把朕的意思告知你父亲，如果破贼立功，朕可既往不咎。”王继贞慌忙谢恩。康熙又说：“口说无凭，这里有朕的诏书，可一并带给他。”王继贞接过诏书，心中十分感动，叩头谢恩道：“皇恩浩荡，我家父子就是肝脑涂地，也难报万一！奴才这次前去，一定不负圣望。”王继贞下去后，康熙轻舒了一口气。同时又派苏拜携招抚谕旨前往陕西，会同总督哈占商酌，招抚王辅臣。康熙深知攻敌必先攻心的道理。不久，他又给王辅臣发去一封亲笔信，深情地陈述了他与王辅臣交往的一桩桩往事，丝毫没有责备他忘恩负义，反而处处显示着体谅与宽容。在这篇敕谕中，康熙说道：
近据总督哈占奏称，进剿四川，军中噪变，尔所属部伍溃乱，朕闻之，殊为骇异。朕思尔自大同隶于英王，后归入正白旗，世祖章皇帝知尔赋性忠义，才勇兼优，拔于俦伍之中，置之侍卫之列。继命尔随经略洪承畴进取滇黔，尔果能殚心抒忠，茂建功绩，遂进秩总戎，宠任优渥，追及朕躬，以尔勋旧重臣，岩疆攸赖，特擢秦省提督，来京陛见，面加讯问，益悉尔之忠贞天禀，猷略出群，朕心深为嘉悦，特赐密谕，言犹在耳，想尔犹能记忆也。
去冬吴逆叛变，所在人心，怀疑观望，实繁有徒。尔独首倡忠义，举发逆札，擒捕逆差，遣子王继贞驰奏。朕召见尔子，面询情形，愈知尔之忠诚纯笃，果不负朕。知疾风劲草，于今见之。后尔请入觐，面陈方略，朕以尔忠悃夙著，深所倚信，且边疆要地，正资弹压，是以未令来京。经略莫洛奏请率尔入蜀，朕以尔与莫洛，和衷共济，毫无嫌疑，故令尔同往建功。兹兵变之后，面询尔子，始知莫洛于尔，心怀私隙，颇有猜嫌，致有今日之事，则朕之知人未明，俾尔变遭意外，忠荩莫伸，咎在朕躬，于尔何罪。朕之于尔，谊则君臣，情同父子，任寄心膂，恩重河山。以朕之惓惓于尔，知尔之必不负朕也。至尔所属官兵，被调进川，征戍困若，行役艰辛，朕亦悉知。今变起仓卒，情非得已，朕惟加矜恤，并勿致谴。顷已降谕，令陕西督抚，招徕安插，并遣尔子，往宣朕意，恐尔尚怀犹豫，兹特再颁专敕，尔果不忘累朝恩眷，不负平日忠忱，幡然悔悟，敛戢所属官兵，各归队伍，即令率领，仍还平凉原任，已往之事，概从宽宥。或经略莫洛，别有变故，亦系兵卒一时愤激所致，并不追论，朕推心置腹，决不食言，勿心存疑畏，有负朕笃念旧勋之意。
康熙为了使王辅臣回心转意，将其反叛原因归咎于自己，表示如果王辅臣反正，仍复提督原任，既往不咎。
在招抚的同时，康熙也严加防备。他下令征调鄂尔多斯蒙古兵三千多人，归化城土默特兵七百人，前往西安驻守。此外还派驻守京城的部分八旗兵，迅速起程，前往西安协守。调副都统穆舒浑、鄂善和希福率兵驰赴兴安，以加强西北战略要地防守，防止不测。
由此可以看出，康熙并非是一个只知发善心的老好人，更是一个运筹帷幄的伟大统帅。他在用恩招抚的同时，也做好了战争的准备。
王辅臣接到康熙的诏书后，内心颇不平静，想到康熙对自己恩重如山，不能自已，于是率领人马向北跪下，痛哭流涕。后来王辅臣担心自己杀死了莫洛，康熙迟早要和自己算账，得到吴三桂饷银二十万两后，遂继续发兵。
康熙急命张勇、王进宝等率兵进剿，将王辅臣压缩在平凉、固原，久攻不下。此后，清军节节胜利，康熙仍然想招降王辅臣。
康熙十四年，也就是1675年，农历七月，他又给王辅臣发去一道招降敕谕说：“平逆将军又取延安，兰州、巩昌依次底定。大兵云集，平凉灭在旦夕。大兵交战之时，百姓多遭杀戮，由于你一个人的原因，而让百姓遭受苦难，我实在于心不忍。现在我仍然盼你能改过自新，如果你真能悔改，还可以将功赎罪，以观后效。”并将其罪行概加赦免。
王辅臣回奏康熙，表明很想回心转意，但又担心朝廷将来变卦，心存疑惧，不敢贸然归降，盼望康熙能给一个明确的承诺。
康熙十五年，也就是1676年，农历二月，康熙命令图海进攻平凉，图海原来和王辅臣就认识，对他十分了解，知道王骁勇善战，作战有方，一旦强攻，必然是两败俱伤，因此他坚决执行康熙用恩招抚的策略，攻心为上，劝诱其降。
一些大将主张强攻，图海没有同意，他说：“仁义之师，先招怀后攻伐。吾奉皇上的旨意讨伐王辅臣，当然打败他不在话下，只是顾念城中数十万生灵，都是我们大清朝的百姓，遭贼劫持至此，战乱之下，必然会有很多人遭到杀害。如果能劝他投降，以体现圣主好生之德，不更美乎？”他采取围而不攻、围而不战的策略，逐渐掌握了主动。
平凉城北有一山冈，名为虎山墩，是平凉饷道咽喉，也是全城的制高点。要破平凉，必先攻占这里。图海率部轮番进攻，经过激烈战斗，终于拿下了虎山墩，断绝了平凉城的饷道。清兵在墩上安上大炮，轰击城内，让叛军惶惶不可终日。
在这个时候，进行招抚就能占据主动，而且成功也是水到渠成的事了。六月六日，图海命幕僚周昌冒死进城抚慰。在康熙真心的感召下，第二天，王辅臣终于宣布投降。图海立即上奏。
康熙览奏大喜，他夸奖图海说：“宣布恩威，剿抚并用，筹划周详，布置神速。”马上颁布诏令，赦免了王辅臣等人的罪行，宽言抚慰，命王辅臣恢复原职，加太子太保衔，封靖寇将军，令其立功赎罪，和图海一同留镇陕西，助剿吴三桂。
不久，王继贞升任太仆寺卿。投诚的参将黄九畴升任布政使，总兵陆道清为左都督兼太子太保，其他官员都各加一级从优升赏。叛军不但没有受到惩罚，反而得到重用，无不感激，奋勇杀敌，以图报效。
康熙对王辅臣的宽大处理具有榜样的力量，许多原来投靠吴三桂的将领也动了心思。当清军战场上渐渐得势之后，吴三桂部下纷纷投诚。
康熙十七年，也就是1678年，闰三月，吴三桂的水师将领林兴珠在湘潭率众投降。林兴珠是福建人，熟悉水性，率军驻守洞庭湖。他精通水军，善于用兵，清军屡攻不下。但他和岳州吴军守将吴应麒不合，吴应麒在吴三桂面前进谗，吴三桂于是将他调往湘潭，不予重用。
林兴珠一怒之下，愤而降清。吴三桂大怒，杀其二子。林兴珠发誓报仇雪恨，献计夺取岳州。康熙采纳了他的建议，封为侯爵，命他在安亲王岳乐帐下效力。林兴珠的投降，为清军攻占岳州创造了良好的条件。
康熙十七年，也就是1678年，农历十二月，吴三桂的水军大将杜辉请降。康熙十八年，也就是1679年，正月，又有吴三桂手下总兵王度冲等率舟师归降。岳州是平“三藩之乱”的主战场，双方主力在此激战了四年多。占领岳州，湖南门户大开，吴军的最后灭亡也就随之而来了。
由此可见，收服王辅臣对于全局有着至关重要的影响。收服王辅臣，是平定吴三桂这个大棋局中所下的一个胜负手。康熙剿抚兼施，不仅解除了对京师的巨大威胁，而且翦除了吴三桂在西北的羽翼，使吴三桂失去了一个有力的臂膀，顿时扭转了整个西北战局。
康熙于十六年后，将剿抚兼施的策略陆续在湖南、四川、云南、贵州等省全面推行。明确规定，凡参加叛乱的文武官员兵民等，只要能悔罪归正，他们的罪行可以一概不究；如有献城或捕获首领来归的，要给予特别优赏。
由于王辅臣重新归附，其他叛军都迎刃而解，这盘棋也被康熙一下子走活了。这规定一实行，迅速见效，投诚的官兵络绎不绝。
剿灭“三藩”余党威胁
“三藩”造反后，气焰非常嚣张，战祸滋蔓了半个中国。但战争进行了几年后，战场形势发生转变，叛军陆续被清军击破，耿精忠、尚之信等相继降清。
康熙十七年，也就是1678年，农历三月初一，六十七岁且势穷力竭的吴三桂在衡州称帝，国号大周，改元昭武，改衡州为定天府，大封百官诸将。但这一政治行动丝毫不能改善叛军的处境，这年秋天，吴三桂病死。吴三桂死后，其孙吴世璠继位，改元洪化，并退居贵阳。
康熙十八年，也就是1679年，正月，岳州被清军攻下，康熙得到这一胜利消息后，灵感迸发，他在诗中称赞这次胜利是“群臣尽力，将士用命”。岳州一被清军攻破，湖南其他地方的叛军纷纷弃城逃遁。至此，湖南大局已定。清军不断的胜利和吴三桂的病死，使得叛军已经是日暮穷途。但为了尽快结束战争，康熙依然采取恩威并施的策略，劝诱叛军投降。
康熙十八年，也就是1679年，四月，康熙敕谕云贵文武官员：“当时倡叛，罪止吴三桂一人，所属人员均系胁从，今当争先来归，到各路大将军、将军等军前投诚，都赦免以前的罪过，论功叙录，加恩安插。”他还亲自分别给胡国柱、马宝、郭壮图、夏国相、吴应期等叛将写了招抚的谕旨，争取他们投诚，减少征剿的压力。
这种剿抚并用的平叛策略，收到很大的效果，先后收服了王辅臣、耿精忠、尚之信等人。现在群龙无首，各怀心思，康熙又施招抚，大大瓦解了叛军的斗志。
康熙十九年，也就是1680年，农历九月，清军展开了剿灭云贵叛军的战斗。十二日，蔡毓荣率先出征，章泰率领大军随后，一路收复了镇远、清平、平越，逼近贵阳。
十月二十一日，清军进抵贵阳城下。吴世璠时正困守贵阳，其大将夏国相、高启隆、马宝、胡国柱则在四川，吴世璠与其叔父吴应期、将领刘国炳自觉难以抗拒，就趁夜逃回昆明。郭昌同文武官员二百零二人以及原任清提督李本琛都相继归降清军。清军轻而易举地收复了贵阳。十一月，贵州全省基本平定。章泰、蔡毓荣在贵阳休整了一个多月，康熙二十年，也就是1681年，正月，又挥师杀向云南。
康熙十九年，也就是1680年，农历九月，赵良栋指挥的大军正待进发时，叛将郭壮图选派胡国柱、马宝、王会、高启隆、夏国相等突袭四川，接连攻陷泸州、永宁等地。已经降清的叛将谭洪、彭时亨等趁机再叛。赵良栋受阻，与叛军角逐，无法南下。
康熙二十年，也就是1681年，农历二月十五日，章泰大军赶到交水城，与赖塔所率广西大军会合。两军联合，水陆并进，十九日，进抵昆明郊区。二十一日，叛将郭壮图派胡国柄等人统兵万余人出城三十里迎战。叛军抵挡不住清军的猛攻，败回昆明。清军乘胜追击，阵斩胡国柄等九员将官，进抵昆明城下，掘壕围战。
吴世璠抗拒不降，并招四川的马宝、高启隆等回来救援。康熙命令赵良栋应将马宝、高启隆等就地歼灭。同时，再次向他们发出了招抚令。在清军的凌厉攻势下，高启隆、马宝从四川撤军，四川形势马上改观，赵良栋指挥大军从后面追击，四川的叛军基本被肃清。
赵良栋又统率清兵杀入云南。叛军将领高启隆、杨开运、刘魁、赵玉抵挡不住清军的两面夹击，只好向清军投降。五月，马宝部在云南乌木山被清军将领希福击败，马宝侥幸逃脱，走投无路之际，想起了康熙的招抚令说：“只要悔罪归诚，可以将从前的一切罪行都敕免，并且以后立了功仍然论功行赏。”
于是在七月五日，马宝和将军巴养元、赵国祚等人到姚安府希福军中缴印投降。清军围城半年多，吴世璠盼望马宝等人的救援早已化为泡影，但他们仍不愿投降。清军亦未攻下。
九月，赵良栋率军抵达昆明，从水道上加紧了对昆明的封锁。
十月，昆明城内粮尽，赵良栋挥师攻城，章泰积极配合，仍未攻下，于是，清军向城内射了很多份招降书，以瓦解叛军的斗志。
十月二十二日，叛将余从龙、吴成鳌出城投降，并将城中虚实尽告清军。
二十八日，吴国柱、吴世吉等准备发动兵变，以逮捕吴世璠、郭壮图献给清军。吴世璠事先获知风声，遂在大殿上自刎而死，时年十六岁，郭壮图与其子郭宗汾也都自杀。
二十九日，方光琛打开昆明城门向清军投降。
三十日，清军开入昆明城内，将叛军的老巢捣毁。
当年方二十八岁的康熙半夜里接到捷报，挥笔作了《滇平》诗一首，以“回思几载焦劳急，此日方同万国欢”的诗句，表达他的喜悦心情。
至此，持续八年的平定“三藩之乱”的战争结束，康熙彻底取得了胜利。
作为叛乱的罪魁祸首吴三桂，康熙是恨之入骨，虽然他已死去好几年，但是康熙还是在二十一年，也就是1682年，正月，下令将他剖棺戮尸，付之一炬，将其骨灰分发各地，以此告诫那些不忠不孝的臣子。将吴世璠的首级交刑部悬挂城门示众，吴三桂的女婿夏国相同时被凌迟处死。
怂恿吴三桂起兵并为其谋划的方光琛和他的儿子方学潜、侄子方学范被擒获后，康熙下令将他们军前正法。康熙同时下令，马宝虽然投降，但他罪大恶极，而且是在走投无路的时候才投降的，不能饶恕，将马宝押赴到京，凌迟处死。
“三藩之乱”平定之后，康熙宣示天下：宣布将云南、贵州、福建、浙江、广东等地的“三藩”家产没为军饷；令藩兵全部撤回京师，于福州、广州、荆州等地，各设八旗兵驻防，派遣将军、副都统驻镇，取消世袭兵权及土地之权，大大加强了国家的统一。
平定吴三桂叛乱，废除“三藩”，使整个大陆重新获得了统一。康熙又乘“平吴”之余烈，抓住时机，开始着手解决长期悬而未决的台湾问题。
分化瓦解郑氏力量
自从康熙亲政，一直计划收复台湾，将其列为三大政事之一。这一方面是出于消除反清力量的威胁，另一方面也是国家统一的需要。但同除鳌拜、平“三藩”相比，收复台湾无疑更具有挑战性。因为对于不善水战的清军来说，越过几百里的海峡攻打郑氏长期据守的台湾，是非常困难的。
台湾是中国的第一大岛，在福建省东南的东海和南海之间，东西宽15～144公里，南北延伸约394公里，全岛面积约3.6万平方公里。
台湾自古以来与内地有着密切联系。早在两万多年前的旧石器时代晚期，即同内地有文化联系。三国吴黄龙二年，也就是公元230年，卫温、诸葛直曾率万人东渡台湾。南宋时，将台湾划归福建泉州晋江县管辖。元朝在澎湖设巡检司统管澎湖和台湾。
一千多年来，大陆沿海人民相继渡海到台湾定居，特别是福建、广东两地的人最多。仅明末，郑成功之父、福建游击郑芝龙一次就组织数万多人到台湾垦荒。
天启四年，也就是1624年，荷兰殖民军指挥官宋克率舰13艘，侵占了台湾西部，在一鲲身山上筑台湾城，又在本岛西南部建起赤嵌城。天启六年，也就是1626年，西班牙殖民军侵占了台湾北部的基隆、淡水等地。明崇祯十五年，也就是1642年，荷兰殖民军打败了西班牙军，又夺占了台湾的北部。自此，台湾本岛就为荷兰殖民者侵占。
崇祯十五年，也就是1642年，台湾全岛被荷兰殖民者侵占。顺治十八年，也就是1661年，民族英雄郑成功率领大军，出征台湾，驱逐了荷兰殖民者，台湾才回到祖国的怀抱。
郑成功收复台湾之时，清朝基本上奠定了在中国的统治地位。虽然如此，全国各地仍然喷发着抗清的战火，既有南明朝廷的抗清斗争，又有农民军余部的抵抗活动，作为明朝遗民的郑成功也一直在东南沿海一带与清军周旋，战事不断，给清朝以沉重的打击。
台湾收复后他就把这座宝岛作为反清复明的基地，继续他的反清复明的壮举，然而天不佑命，康熙元年，也就是1662年，郑成功去世。其弟郑世袭与其子郑经为争夺王位而火并。清廷趁机招抚驻守厦门的郑经，郑经交出了明朝敕命及玉印等。
次年五月，郑经杀死郑世袭，台湾内乱平息。郑经向清廷请求仿照琉球的藩国形式，占据台湾，永不登陆，不剃发，不改汉族衣冠，否则，虽死不降。
就康熙初期而言，清朝与郑氏势力之间一直处于胶着状态，虽然不时地发生一些小规模的军事冲突，但双方谁也无力吃掉对方。这是因为：从郑氏势力来看他的力量相对单薄，不足以对清朝构成大的威胁；从清朝当局来看，他虽然比郑氏势力强大，但一时间还无力集中兵力解决台湾问题，况且又无得力的水师可用，茫茫大海成了清军面前的一个天然障碍。
不过台湾问题是必须要解决的，既然一时之间武力解决不了，那就采取别的途径看看能否解决。于是和谈成了康熙初年对台的主要政策。康熙八年，也就是1669年，康熙帝派刑部尚书明珠到泉州，负责主持与郑氏的谈判工作，条件是允许郑氏世守台湾，称臣纳贡。
但郑经却坚持“照朝鲜事例，不削发”。也就是以朝鲜为样板，将台湾作为一个国家，名义上是清朝的“附属国”，称臣纳贡，不削发。这虽然已经违背了他父亲郑成功原先确定的拥明抗清的本意，但并没有得到清朝的首肯。康熙帝认为郑氏是中国之人，中国之人就不应该引朝鲜之例。结果谈判破裂，清廷招抚行动失败。
于是，朝廷就把目标转移到中下层将领和士兵上，通过招抚，分化瓦解郑氏的力量。郑成功去世后，台湾的郑氏集团内部接连发生争权夺利的内部斗争。
首先是郑氏家族中郑经及其伯父郑泰的矛盾。郑泰辈分高，长期为郑氏管理钱粮事务，又率部留守金厦，势力更盛，招致心胸狭窄的郑经的疑忌。郑泰偏偏又在郑氏政权的继承问题上一度拥护郑世袭，并曾致书郑世袭集团骨干黄昭。
郑经入台后发现了郑泰勾通黄昭的信，顿起杀心。康熙三年，也就是1664年，农历六月七日，郑经设计诱郑泰至自己帐中饮酒，将其缢杀，并派兵抄家。
郑泰的弟弟郑鸣骏以及儿子郑缵绪被逼无奈，率水陆各镇官员四百余人，兵马一万余众，船三百余艘来到泉州港，投降了清朝。当时康熙还没有亲政，朝廷认为这是收复台湾的大好机会。经过一番准备，海澄公黄梧、福建总督李率泰、提督马得功分别从海澄、同安、泉州三路攻打郑氏盘踞的金厦。
十月十九日，马得功所部与郑军在金门乌沙港大战，被精通水战的郑军打败，马得功投海自尽。黄梧和李率泰两路人马都打败了郑军，迫使守护高崎的郑将陈升投降。郑经退守铜山，清军收复金厦。随后，李率泰派人四处招降，扰乱了郑军军心，很多人纷纷归降。但郑经仍旧拒绝投降。
经过这一战，朝廷认为争取郑氏将领的希望是很大的，于是从兵部、户部各派两名官员长期驻在福建、广东、浙江、江苏四省，诱降郑军中下级军官，还提出了极其优厚的条件：不问真伪，凡海上武官率众投降者按原衔补官，单身投降者降四级叙用，有立功者降二级叙用。为了安插降官，允许武职改授文官。
在这种强大的诱惑之下，郑军人心浮动，各思投身之路。康熙三年，也就是1664年，春，郑经将领林顺为旧友施琅所招而投诚，共计带来文武官3985人，士兵40962名，归农官弁兵民64330名，眷属人役63000余人，大小船只900余只。
郑经见诸将纷纷叛降，自知铜山必难坚守，又恐变起肘腋，遂退居台湾，令周全斌、黄廷二人断后。周、黄二人不愿意远离故土，也归附了清朝政府。
康熙十二年，也就是1673年，“三藩之乱”爆发。郑经见有机可乘，派船队集结澎湖待变。康熙十三年，也就是1674年，三月，耿精忠反叛。郑经应其所请，率众攻打厦门。当时，清军主力与吴三桂作战，耿精忠又率主力北上江浙，郑经遂趁机攻占闽海、粤东沿海地区，连占泉州、漳州、汀州、兴化、邵武等府和广东潮州、惠州、广州府的一些州县。
郑经并非真心和“三藩”合作，而是借助这次机会，恢复原来占据的闽粤之地。而这两个地方原来在耿精忠和尚之信的控制之下，他们的矛盾也就越来越激化。
针对这样的情况，康熙采取了更稳健的做法。他没有全面出击，而是把精力放在对付“三藩”上。他命军队重点打击耿精忠，对郑经则采取暂时不理的策略。
康熙十五年，也就是1676年，十月，康亲王杰书亲率大军从浙江攻入福建。耿精忠南有郑经牵制，无力抵抗，被迫降清，并担任向导，转而攻打郑经。康熙借助郑经之手逼降了耿精忠，然后才转头攻打郑经。
经过两个月的大战，郑经连败于乌龙江、邵武等地，丢失了广东全省，不得不收缩战线，退守汀州。第二年春天，清军连陷兴化、泉州、漳州，郑军全线崩溃，郑经退守厦门、金门及附近岛屿。
当时对吴三桂的作战正在激烈进行，朝廷无力立即攻打台湾。康熙仍然坚持劝降策略，他指示康亲王杰书派人前往厦门招抚郑经，希望趁郑经新败之机，和谈会有所收获。但郑经仍坚持照朝鲜例，不剃发，不上岸。
八月，康亲王杰书再派人去厦门见郑经，提出可以按照朝鲜的例子办理，每年纳贡，通商贸易。但郑经更进一步，转而要求沿海诸岛也必须由郑军把守，粮饷由福建供给。因而谈判功败垂成，再起战端。
但康熙仍然没有放弃招抚，他下令：“郑经虽无降意，其附逆人民有革心向化者，大将军康亲王仍随宜招抚。”
康熙十七年，也就是1678年，农历二月，郑经突然派手下大将刘国轩猛攻漳州，屡败清军，乘胜攻克同安、海澄，之后分兵北上，留一部继续攻打漳州。
康熙认为福建总督郎廷相指挥不力，经过康亲王杰书的举荐，任命署福建布政使姚启圣继任福建总督。姚启圣接任后不久，就密陈方略，提出破敌妙计。康熙看到他的奏疏，高兴地说：“闽督今得人，贼且平矣！”
姚启圣严格贯彻康熙的平台战略。他一面扭转战局，收复失地，围攻退守海澄的刘国轩；另一面派人到厦门招抚郑经。军事上，他大力整顿充实绿营兵，革除各种军役，招募壮丁入伍以足兵额，加强军力，做好和谈不成武力攻台的准备。政治上，他首先稳定福建民心，解除民困。
同时，姚启圣改变了郎廷相怀疑闽人与郑氏官兵勾通的做法，广贴告示，不许挟嫌陷害。此举使得民心大定，为对台用兵打下了良好的基础。姚启圣按照康熙的安排，特别注重策反、招降工作。其方法多种多样，效果也十分显著。
首先，姚启圣下令保护沿海各地与郑军有乡邻戚党关系之人，严禁挟隙陷害，消除郑氏官兵疑惑之心及后顾之忧。
其次，姚启圣采纳郑氏投诚人员黄性震的建议，在漳州设“修来馆”，不论官爵、资财、玩好，凡声明来自郑氏者，都一律好好安置。并规定文官照原衔报部补官，武官一律保留现职。士兵及平民头发长者，赏银五十两，头发短者赏银二十两，愿入伍者立即收入军营，并领取军饷，愿回乡者送回原籍安插。对屡次逃走而复来者一样对待，不加追问。
命令一经发出，郑军纷纷来降，络绎不绝。康熙十八年，也就是1679年初，郑军投诚者更是纷至沓来，五镇大将廖瑞、黄靖、赖祖、金福、廖兴及副总兵何逊等都各自带领所属官兵来归，共文武官员374员，士兵12124名。
不久，陈士恺、郑奇烈、纪朝佐、杨廷彩、黄柏、吴定芳等人也相继率部投诚。后又有水师五镇蔡中调、征夷将军江机、杨一豹等人率所部十余万人降清。
招降的同时，姚启圣还用反间计扰乱郑氏后方。他派人携带重金潜入郑军，广散谣言，扬言郑军某将将投降，或派人带信及礼物送予郑氏将领，又故意将此事传播，以引起郑军内部自相猜疑。对郑经派来的间谍，不仅不究，反诱以厚利，为我所用。这些措施取得了良好的效果。
康熙对姚启圣的招抚政策给予了大力支持。海澄公黄芳泰原驻漳州，后移汀州，在二州颇有势力。因黄芳度及其家眷被郑军杀害，郑军官兵因此不敢来漳州归顺。为此，姚启圣上疏康熙，请求迁海澄公黄芳泰出汀州。康熙立即下旨，命黄芳泰携家回到京师。
同时，康熙对于姚启圣所做的其他各项工作也都大力支持，授姚启圣兵部尚书衔。这样，不长时间，姚启圣便充实了清军实力，稳定了民心，大大削弱了对手力量，使得清军逐渐摆脱被动局面，转入反攻。
在这种情况下，康熙命姚启圣连续致书郑经，加以招抚。姚启圣遵照康熙的旨意，在信中对郑经动之以情，晓之以理，言辞颇为恳切。经过一再争取，郑经也有了和谈之意。
康熙十八年，也就是1679年，康亲王杰书派苏埕再赴厦门，请郑经罢兵议和，并允诺“依朝鲜事例，代为题请，永为世好，作屏藩重臣”。郑经也很高兴，和谈之事，已经接近成功。但因为冯锡范等阻挠，功亏一篑。
清廷内部对台湾郑氏一直存在着招抚和攻剿两种主张，福建水师提督施琅一贯主张以武力攻剿台湾。施琅是福建晋江人，原来是明朝的游击将军，后为郑芝龙手下左先锋，因为诛杀逃将得罪了郑成功，被迫降清，任清朝福建水师提督。
施琅曾上了一道《尽陈所见疏》给康熙，详述武力统一台湾的方略。他提出“因剿寓抚”的策略，即安抚与攻剿并用，但侧重点在于攻剿，以攻剿促安抚。剿抚都需根据具体情况，敌顺则抚，敌逆则剿，既然朝廷三番五次招抚无效，就应以武力征剿，以强大军事压力迫使郑经就抚。
可惜当时正值鳌拜辅政，对施琅的奏章非但不理，反而解除了他的兵权，留在京师，授内大臣职，实际上是闲散供养。朝廷继续对台湾进行招抚而没有结果的现实，让康熙逐渐认识到，收复台湾不能放弃武力。于是他决定建立一支强大的水师，做好充分准备。
康熙十八年，也就是1679年，正月，他下令重建福建水师，调镇江将军王之鼎为水师提督。四月，康熙改调在洞庭湖大败吴三桂水军的万正色为提督，从江南、浙江挑选百艘战船拨入福建水师，建立起足以抗衡郑氏水军的一支海上力量。
水师建立，很快就发挥了作用。第二年二月，清军水陆两路进攻，势如破竹。郑经慌忙逃回台湾，厦门守将陈昌、海澄守将苏湛等纷纷献城而降，朱天贵也率文武官员六百余人，水师精锐两万余人，战舰三百艘归降。金厦及沿海诸岛屿都回到清朝的手中。
经过八年之久的金厦拉锯战，郑经的势力在政治和军事的双重打击下，已经大大削弱，他仅率千余人逃回台湾。而清军在战斗中重建了水师，锻炼了海战能力，统一的条件日臻成熟。
统一台湾并设立知府
康熙一直认为：“主权领土是涉及国家大利害的问题，在这个问题上，必须寸土必争，不容有丝毫让步。”因此，康熙在是否留守台湾的问题上，他目光长远，坚决抵制了放弃的意见，在台湾设立府县，建立长期驻军制度。这对于台湾的发展、祖国的统一、领土的完整都产生了深远的影响。
康熙二十年，也就是1681年，郑经病死，郑氏集团再次发生内乱。冯锡范、刘国轩发动政变，杀死了郑克臧，拥立年仅十二岁的郑克塽。主幼臣疑，人心不稳，冯锡范等企图杀人立威，更导致人心惶惶，军中上下都打算叛变投降大清。经过这番折腾，郑氏集团已经处于风雨飘摇中了。
这时候，姚启圣立即上疏朝廷，建议趁机攻取台湾。康熙召开大学士会议，商议攻剿台湾方略。李光地举荐施琅重新担任福建水师提督，认为他熟悉海上情形，并富有谋略，郑氏对其颇为畏惧。姚启圣更是一再上疏保举施琅担任此职。施琅十三年前所上《尽陈所见疏》，现在也得到了康熙的重视。
经过深思熟虑，康熙毅然起用熟悉台湾情况、善于海战的施琅替换万正色为福建水师提督。在施琅离京之前，康熙特在内廷召见，激励他说：“台湾一天不解决，民生一天得不到安宁。现在上天给了我们这个好机会，台湾出现了内乱，所以我决定收复它。让你挂帅出征，不知道你有什么意见？”
收复台湾，一直是施琅的愿望。以前，他就曾上书康熙说要收复台湾，但因为要除鳌拜、平定“三藩”，康熙当时没有同意。现在施琅听康熙说要收复台湾，又让他挂帅出征，当然同意。
但施琅并没有马上答应下来，而是谨慎地说：“收复台湾，是大家都希望的事情，皇上的决断非常英明，我也想尽一份力。但我是汉人，又是投降过来的将领，以这样的地位和资格，恐怕辜负了您的托付。再说，自我朝成立以来，每次出征，都是由满族的王公贵族挂帅。”
康熙见施琅有为难之处，就诚恳地说：“你不要担心，我让你挂帅，是经过长时间考虑的。我朝大臣虽然很多，但说到阵法、水战的经验，没有一个比得上你。当年，你向我陈述攻取台湾的计划，我就知道你很有把握。你在我身边做内大臣十三年，我很了解你，希望你不要推辞。听说你闲暇的时候，经常阅读史书，留心各朝各代的兴旺与衰落和有名大臣的言行……”
“是的，我觉得要想成为一个有用的人，应该有文武才干。”施琅答道。
康熙点头道：“这就是了，你平时就很努力。你刚才说的地位和资格，这算不了什么，我向来用人只重视才干，并不计较是汉人或投降的人。‘三藩’叛乱时，王辅臣投降又叛变，叛变后又投降，我都没计较。对汉族的将领赵良栋、张勇等人，我也是有功劳就奖赏；对勒尔锦等满族王爷，我也是犯了罪就惩罚。”
施琅感动地说：“既然皇上如此信任我，我就是战死在疆场上，也没有什么遗憾的。收复台湾，从国家的方面说，是一项伟大的事业；从我私人的角度说，我父亲和弟弟都被郑成功杀害，我怎能不尽力？不过，也请皇上相信，我这次出征，不会计较个人私仇，会以国家为重的。”
“我等着你的好消息。”康熙微笑着说。
施琅终于被起用。他请求给予专征之权，总督和巡抚只负责后勤给养，不必干预军务，可是朝廷不允。施琅知道自己仍受到朝廷的怀疑，万一有人打小报告，自己还是不容易自我洗刷，他请求皇上派遣身边的侍卫吴启爵，随自己一起去。他任内大臣十三年，深知侍卫与皇帝关系密切，受皇帝信任，可以保护自己。
但是兵部不同意这么办，认为如果皇帝的侍卫也发号施令，与当年派太监做监军有什么区别？如此必然贻误军机大事。康熙明白施琅的用意，就说：“吴启爵只是一个侍卫，留在京城有什么用处？如果去福建，也可以通消息，就照施琅所请办吧。”并特别设宴为他赴任饯行，以示信任。
康熙二十年，也就是1681年，农历十月，施琅奉康熙之命到达福建后，就与总督姚启圣等一起抓紧时间整顿军备，制造战船，训练水军。同时，派遣总兵董义、曾成，率战船赴澎湖侦察敌情，探测航路。到康熙二十一年，也就是1682年，夏，准备工作基本就绪。
就在即将要进兵的时候，施琅和姚启圣对于如何攻取台湾产生了分歧。主要表现在两方面：
一是取台湾和取澎湖的先后。姚启圣认为应先取台湾，只要台湾一取，澎湖就不攻自破。姚启圣主张，他与施琅各率一支船队，同时进取台、澎。
而施琅则主张先取澎湖，认为只要攻下了澎湖，便扼住了咽喉。他说：“郑军以刘国轩最为骁勇，如果打败刘国轩，台湾可不战而下。”施琅反对两路出击，因为即使集中兵力也难以轻易取胜，何况分散兵力，两路出击。而且，两路进兵，万一有一路打了败仗，就会影响另一路，使整个战役受挫。
二是关于利用风向上。姚启圣主张利用北风。施琅则认为北风刚强，骤发骤息，规律难掌握。南风风轻浪平，将士不会发生晕船，而且居于上风上流，容易取胜。
两种意见，各不相让，影响了进兵计划。施琅在和姚启圣争执不下的情况下，给康熙送去了密奏，请求给予专征之权。他表示：“如果皇上信任我的愚忠，那就让我独立完成讨贼的任务。”
同时要求总督和巡抚为他保障粮饷供给，并请允许他率水师时常在海上操练，不限时日，一旦风利可行，即发兵攻取，攻其无备，出其不意，则可“一鼓荡平台湾”。并表示“如若失败，请治臣之罪”。
康熙感到自己对海战不熟悉，对施琅的意见，没有把握认定，便交给议政王大臣议复。他在听取汇报时，征求武英殿大学士明珠的意见。明珠认为，若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往则未免彼此掣肘，诸多不便，所以不必命姚启圣同往，令施琅一人进军，似乎可行。
明珠是首辅大臣，于是众臣们都表示赞成。康熙认为大臣们的意见很好，就改变了原来合兵进取的决策，决定让施琅独立专任，相机进兵。令总督和巡抚负责办理粮饷，不得有误。
台湾方面，早在康熙二十年，也就是1681年，农历九月，康熙任施琅为福建提督的消息传到台湾后，郑氏集团就紧张起来了。他们知道施琅是个很难对付的水师将领，但此时，他们对清军的作战意图，一时搞不清楚，所以防守的重点放在哪里，一时难以决定。
可巧这时破获了两名要员给姚启圣的一封密信，写有“澎湖无备，可速督兵前来，一鼓可得。若得澎湖，台湾即虚，便将起兵相应”的内容。这样，郑氏集团才确定加强澎湖的防守。郑克塽命刘国轩为正总督，统水陆诸军两万余人、战船二百余艘，自副将以下，许其先斩后奏。又以征北将军曾瑞、定北将军王顺为副，共守澎湖。
康熙二十一年，也就是1672年，农历十月，施琅接到康熙命其专征台湾的命令，那时他会齐各路总兵在海上操练。为混淆郑氏集团的视听，他一直声称要利用北风进攻台湾，到十一月，又称北风太硬，不便进军，令各部仍回原地待命，自己率船队又回厦门。施琅这一招，让在澎湖的刘国轩也搞不清楚是怎么回事，连福建总督姚启圣也弄不清楚施琅的意图。
六月十四日凌晨，施琅率领水师官兵两万余人、各类战船三百余艘从铜山起程。澎湖郑军大将刘国轩对施琅集师于铜山的消息，早已知道，但他认为六月份是台风骤发季节，施琅懂得海上风候，不会冒险进兵的。
十五日晨，刘国轩突然得报，清军战船风帆如叶，直奔澎湖而来，心中惊恐不已，慌忙命令各岛守将，移大炮罗列海岛应战。施琅督师迅速占领了澎湖以南的各主要岛屿。第二天即命令全师出动，向澎湖本岛进攻。因遇逆风，船队被郑军大队战舰包围，施琅乘楼船冲入重围解救，被炮火击伤右目，被迫命各部撤出战斗，初战失利。
二十二日，清军再攻澎湖。此时正逢南风劲吹，波涛汹涌，施琅督战船扬帆而进，占据上风，乘势将郑军分割包围。这场战斗异常激烈，炮火矢石犹如雨点，硝烟蔽日，几尺之外都看不清楚，自早晨七点打到下午四点，终于打退了郑军。
这一仗，共歼灭郑军一万两千人，其中副将、千总以上将领四十七人，游击以下军官三百余人，焚毁战船二百余艘，郑军主力几乎全军覆灭；清军也伤亡数千人，总兵朱天贵阵亡。
刘国轩战败后，率残兵败将退回台湾，澎湖守军随即投降。郑氏集团澎湖失守，台湾失去了屏障，精锐部队也已经所剩无几，眼看台湾朝不保夕，大家六神无主，各怀鬼胎。郑克塽反复考虑：现在民心已散，无人为自己死守；浮海而逃，又没有生路，唯一的亦只有求抚这一招了。
八月十一日，施琅率官兵前往台湾受降，郑克塽率冯锡范、刘国轩列队恭迎，在天妃宫举行受降仪式。十八日，郑克塽等剃发，遥向北京叩头谢恩。郑氏所争“剃发”二字，终于有了结局，台湾从此与大陆统一。
八月十五日，康熙接到施琅的报告，异常兴奋，挥笔写了《中秋日闻海上捷音》一诗：
万里扶桑早挂弓，水犀军指岛门空。
来庭岂为修文德，柔远初非黩武功。
牙帐受降秋色外，羽林奏捷月明中。
海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。
康熙将那天自己穿的衣服脱下来，派人疾驰送给施琅，写诗赞扬施琅智勇双全，建立奇功，安定南海疆，流芳百世。后又授施琅靖海将军，封为靖海侯。
收回台湾后，清廷内部发生了一场对台湾的弃留之争。许多大臣对台湾的历史、地理缺乏认识，竟然认为台湾地域狭小，得到了不会增加领土面积，失去了也不会有太大损失。因此，有人极力主张把人员迁回大陆，放弃海岛。认为台湾是“海外丸泥，不足为中国加广”，只需留澎湖为东南沿海的屏障就行了。
就连原先积极主张收复台湾的大学士李光地，也主张将台湾放弃，他认为台湾远离大陆，朝廷不便管理，还不如让给荷兰人，令他们世代向朝廷纳贡，这是永逸长安之道。众大臣中只有少数人主张守而不弃，其中包括收复台湾的功臣施琅。在台湾弃留之争中，施琅挺身而出，力排众议，坚决反对放弃台湾，并奏请朝廷设官兵镇守。
为此，他还专门给康熙写了《恭陈台湾弃留疏》，反复陈述台湾的战略地位的重要性，指出台湾是关系到江浙、福建等地的要害所在，如果弃而不守，必将酿成大祸。更可贵的是，施琅高瞻远瞩地指出，如果放弃台湾不守，无论是荷兰人还是叛徒，随时可能乘隙而入，而台湾如果再次被外国侵略者所侵占，那时恐怕后悔都来不及了。
康熙的想法和施琅等人一样，主张留守台湾。为了统一大家的思想，就反复征求意见，做说服工作。有一次，康熙问李光地：“如果台湾重被外国人占领，将会对大陆的安全造成什么样的威胁？”
李光地说：“臣认为，目前没有问题，有皇上之声威，几十年可保无事。”
康熙批评了李光地目光短浅，指出：“如此来对待我们中国的边远郡县，要是从长远来看的话，十三省岂能长保为我大清所有？”
康熙又问汉族大学士王熙等人的意见。王熙等人同意施琅的看法，认为台湾有地数千里，民众十万，其地甚为重要。放弃了必为外国人所据，或者会成为犯法作乱之人的匿身之地，故以守之为上策。
康熙听后说：“如果迁出那里的百姓，又恐造成人民流离失所，放弃而不设守，那更不是办法。”便又令召开议政王大臣会议。结果这次，大臣们一致主张“请守已得之地，设兵守之为宜”。
康熙见大臣中主张留守台湾的人已居多数，便于康熙二十三年，也就是1684年，农历四月十四日，下令设置台湾新的政权机构，规定台湾府县的官员，由福建总督及巡抚在本省现任官员内挑选。经姚启圣等推荐，康熙批准了汉军镶白旗人蒋毓英为台湾第一任知府。
康熙批准设立台湾府后，又根据施琅的建议，于台湾建立驻兵制度。设台湾总兵一员，水师副将一员，陆师副将两员，兵八千名，分为水陆八营；澎湖设水师副将一员，兵两千名，分为两营。台、澎总计兵力一万名。康熙亲自选定正黄旗参将杨文魁，任台湾第一任总兵官。
清廷在台湾建置政权机构，派驻重兵，增强了边防，促进了台湾经济文化的发展。至此，宝岛台湾终于得以统一于清朝之下，台湾的行政建制与内地完全一致。
