险遭不测
正当左宗棠有望就此升腾之际，却因卷入两湖地区统治集团围绕“樊案”所展开的一场争权夺利之争而险些身败名裂。自1854年入幕后不久，骆秉章就对左宗棠言听计从。按左宗棠自己的话说：“所计画无不立从。一切公文，画诺而已，绝不检校”。由于骆秉章如此大胆放手，左宗棠也就毫不客气，把自己当成了真巡抚，将全省官员当成自己的下属，对那些品级很高的大员也不假颜色。虽然在左宗棠的治下，湖南从刑名、钱谷、征兵、练勇与夫厘金、捐输，无不布置井井，洞中机要，但他的性格和作风却得罪了许多官员。
一日，永州镇总兵樊燮因事谒见骆秉章，骆秉章让樊燮直接去见左宗棠。樊燮自恃大员身份，又认为左宗棠只是普通幕宾，故拒绝叩拜行礼。清代重文轻武，左宗棠更是看不起胸无点墨的武官。左宗棠自认为是骆秉章的代表人，对轻慢于他的樊燮非常不满，怒气大发：“武官见我，无论大小，皆要请安，汝何不然？”不料樊燮也是个倔性子，顶撞道：“朝廷体制，未定武官见师爷请安之例，武官虽轻，我也朝廷二三品官也。”左宗棠平时最忌讳人家提他的“师爷”身份。中不了进士才给人家当师爷，这是表面上风光无限的左宗棠内心的隐痛。他最受不了别人因为他的师爷身份而轻视自己，因此勃然大怒，起身上前就踢了樊燮一脚，嘴里还大骂：“王八蛋，滚出去！”不久，樊燮气极而向咸丰帝弹劾，却因潘祖荫等人支持左宗棠，樊燮反而被朝廷罢黜，革职回了老家。
左宗棠没有想到的是，樊燮与湖广总督官文关系极为密切。他向官文告状，呈控左宗棠以幕宾的身份把持湖南军政要务，一官两印，嚣张跋扈。官文上疏，将樊燮的诬告奏报朝廷。于是，清廷发下谕旨，令官文及湖北正考官钱宝青对左宗棠进行逮捕审办，“果有不法情事，可即就地正法。”一时之间，左宗棠岌岌可危。
然而，左宗棠毕竟是一个有影响的人物，京师中许多人为解救他而积极奔走。当时，郭嵩焘以编修官职，与侍读学士潘祖荫同在南书房当直。樊燮指控左宗棠一案正在加紧办理时，郭嵩焘对潘祖荫说，如果左宗棠一走，湖南就支持不下去了，必定垮台，东南大局也就没有指望了。于是，潘祖荫便上一道奏本为左宗棠辩解：
楚南一军，立功本省，援应江西、湖北、广西、贵州，所向克捷，由骆秉章调度有方，实由左宗棠运筹决胜，此天下所共见，而久在我圣明洞鉴中也。上年逆酋石达开回窜湖南，号称数十万，以本省之饷，用本省之兵，不数月肃清四境。其时贼纵横数千里，皆在宗棠规画之中，设使易地而观，有溃裂不可收拾者。是国家不可一日无湖南，而湖南不可一日无左宗棠也。宗棠为人负性刚直，嫉恶如仇，湖南不肖之员，不遂其私思，有以中伤之久矣。湖广总督官文，惑于浮言，未免有引绳批根之处。宗棠一在籍举人，去留无足轻重，而楚南事势关系尤大，不得不为国家惜此才。
曾国藩也为营救左宗棠而积极努力。咸丰帝将此案交湖北正考官钱宝青审办，钱宝青是曾国藩的门生，于是曾国藩以师座身份，请他设法缓解。因为曾国藩、郭嵩焘、胡林翼、潘祖荫等人的大力相助，左宗棠才没有被逮捕。而潘祖荫奏本中的一句“国家不可一日无湖南，而湖南不可一日无左宗棠”今日则早已广为人知。
咸丰皇帝的重臣肃顺也接受了其幕宾王闿运的说项，到咸丰皇帝面前为左宗棠说情。此时官文也在窥视京师的风向，因此也未敢对左宗棠加以处置。
“樊案”的实质，正反映了满族地方要员与新崛起的汉族地方势力的重重矛盾。在太平天国起义后，身居要位的满族贵族对太平军的勇猛攻势束手无策，恰恰是以汉族地主势力为代表的湘系集团的兴起，使清王朝得以支撑东南危局。因此，尽管曾国藩、左宗棠等人并没有得到官府的实职，却能独立操纵战事，而身为总督的官文则只能成为陪衬。所以，官文等人便借此事大做文章。
左宗棠深为遭此谤陷而痛感官场的险恶，经过此事之后，左宗棠打定主意准备再次进京参加为咸丰皇帝三十华诞而特开的“恩科”会试。他还打算以此次北上会试之机，直陈于朝，在咸丰皇帝面前剖白此事原委。于是他辞别湖南巡抚骆秉章，荐刘蓉入湘幕，从而结束了他的第二次幕宾生涯。左宗棠从长沙启程北上赴京参加会试，女婿陶桄随他同行。左宗棠抵达襄阳后，收到胡林翼密信，告诉他官文在北面派人准备抓捕他，非常危险。左宗棠看了这封信后，感到进京既无出路，回到老家，对方仍能寻踪而得，深感天地之大，却无安身之地。思前想后，他决定避难军营。
这时，湖北的湘军已经东进攻克了安徽的太湖与潜山。曾国藩在宿松驻军，胡林翼则在英山驻军。他们商议分三路收复安庆。曾国藩和胡林翼也催促左宗棠过去参与决议。左宗棠过汉口之后，乘船顺江而下。第二天晚上抵达兰溪。然后登岸，行走了一百八十里山路，到达英山，进入胡林翼大营。数日后他辞离英山，到达宿松曾国藩大营。曾国藩对左宗棠的到来大表欢迎，并加以慰勉。
