5 上师传奇
格鲁派得到广大蒙古信徒皈依，势力不断发展壮大，西藏其他教派不免有恐惧之感，唯恐危及自身。当时，西藏西部有拉达克和阿里两个王国信奉红派，西康地区的白利土司则是本教的支持者，雅鲁藏布江之南是噶举派法王、大农奴主第悉藏巴（自称藏巴加波，即藏巴汗）的势力范围。
后来，藏巴汗的势力进一步扩张，对格鲁派采取敌对的态度。四世达赖云丹嘉措圆寂后，藏巴汗禁止寻找转世灵童。在四世班禅罗桑却吉坚赞的努力下，五世达赖阿旺罗桑嘉措被迎入哲蚌寺供养，剃度出家。1625年，拜四世班禅为师，受沙弥戒。
此后，格鲁派和其他教派的斗争更加激烈。在青海，喀尔喀部首领却图汗大肆破坏佛教，尤为仇视黄教。但是，格鲁派创教近二百年来，在西藏地区和青康一带甚至蒙古各地有着广泛的群众基础。在受到西藏地方政权和其他教派压迫的情况下，为了争取生存空间，他们自然也要采取对抗的办法。
蒙古各部对于格鲁派的武装支持，加上格鲁派的众多属寺，是得天独厚的优势。此时东蒙古衰落，西蒙古和硕特部势力逐渐向青海、西藏发展。四世班禅和五世达赖通过商议，决定向和硕特部图鲁拜琥请援。图鲁拜琥以熬茶为名前往日喀则扎什伦布寺，被授予“丹增却杰”（执敬法王）的称号。
明崇祯九年（1636年），图鲁拜琥（固始汗）在稳定后方之后，率部由乌鲁木齐东来，击杀却图汗，控制青海全境，并与兴起于东北的皇太极取得联系；之后先发制人，由青海南下，平定西康等地，击败白利土司。1641年进兵西藏，推翻藏巴汗的统治，征服后藏地区，成为实际统治西藏的汗王。
图鲁拜琥奉罗桑却吉坚赞为师，授以“班禅博克多”的尊号，确立班禅第二活佛的地位。扎什伦布寺仿照哲蚌寺先例，向上追认三世，罗桑却吉坚赞为四世班禅。自此，达赖和班禅成为政教首领，声名远播。五世达赖罗桑嘉措坐床于拉萨布达拉宫，治理前藏；四世班禅罗桑却吉坚赞坐床于日喀则扎什伦布寺，治理后藏，至此黄教独尊。
五世达赖罗桑嘉措（1617—1682），出身于西藏山南帕竹政权下的贵族家庭，日喀则是其家族领地。据说其家族源于古印度萨霍尔王族。
图鲁拜琥在西藏建立的甘丹颇章王朝立足未稳，人心不服，敌对势力蠢蠢欲动。当时的明朝在农民起义的打击下，已经处于崩溃的边缘。五世达赖、四世班禅和图鲁拜琥为了巩固统治地位，遂于1642年派使前往盛京（今沈阳），和清政府取得联系。
使者在盛京停留八个月，受到热情款待；返回拉萨时，带来清太宗给达赖、班禅和图鲁拜琥等写的回信和厚礼，信中称赞达赖喇嘛“拯济众生”“扶兴佛法”。
1644年，在蒙古骑兵的协助下，满族八旗入关。蒙古贵族纷纷向顺治帝提出，请五世达赖进京传经弘法。顺治帝认识到“兴黄教，即所以安众蒙古，所系非小”，遂邀请五世达赖进京弘法。
然而，五世达赖接到邀请后只是献礼问安，原来是因为受到图鲁拜琥的阻挠。1648年，五世达赖向清朝官员说：“我今不往，然我必欲往，当于卯年送马匹，辰年前来。”
顺治九年（1652年）正月，五世达赖在清政府官员的陪同下，率领随行三千赴京，觐见清朝皇帝。五世达赖受到隆重欢迎，礼仪甚崇。在京期间，他住在安定门外西黄寺中。顺治帝与后妃太子并诸亲王请受灌顶。
两个月后，五世达赖以“水土不宜，多病，而从人亦病”为由，提出返藏请求，得到应允。返藏途中，顺治帝派使者赠送满、蒙、藏、汉四体文字的金册金印，封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，承认其在西藏的政教地位；同时，封黄教护法图鲁拜琥为“遵文行义敏慧固始汗”，承认其西藏法王的地位。
固始汗对全藏、青海和西康地区建立军事统治，对清政府保持名义上的臣服。他以武力支持黄教，并以西藏十三万户的赋税供养黄教。
五世达赖返回拉萨后，次年亲赴扎什伦布寺，看望四世班禅（时年83岁）。四世班禅和五世达赖为师徒关系，感情甚洽。
作为政教合一进程中的地方领袖，五世达赖是颇有成就的一代宗师。在位期间，他扩建气势恢宏的布达拉宫具有震慑人心的力量，反映了他维护政权的坚定决心。他用顺治帝所赠财物建立十三座黄教寺院，并制定各种制度礼仪，如僧官任免制度、喇嘛学经程序、寺内纪律仪式等。
五世达赖不仅学习格鲁派所传各种经论教法，还学习新旧所传多种密法，包括宁玛派八大修行部密法、各种伏藏密法等，因而他对显密诸教、大小诸乘无所不通。
五世达赖在晚年专心著作，在藏文化传承上贡献很大，著有《大圆满教法史》《中观论释》《怖畏金刚常修法》《俱舍论疏》《良药文集》《诗镜论》等三十多卷，其中《相性新释》《西藏王臣记》《菩提道次第论讲议》《引导大悲次第论》等传播甚广。
在今天的西藏，仍有许多大小活佛转世行教，这是藏传佛教特有的现象。藏传佛教转世制度始于噶举派的噶玛支系。活佛转世是稳定教派、争取世俗支持的有力措施。此后，其他各派争相仿效。
活佛，藏语称“朱古”，蒙语称“呼图克图”，意为化身佛。换句话说，活佛就是达到断除妄惑业因，证得菩提心体的特殊僧人，死后神识不昧本性，超脱业力牵引而自在转生，复接前生法位。
由于格鲁派戒律森严，严禁僧人娶妻，故而也采用活佛转世制度，以维持教派权力的传承。凡寺院领袖（统称活佛）圆寂时，要根据种种“征兆”，确定转世的方向和地点，并通过占卜降神等仪式寻找活佛圆寂时出生的转世灵童。
