从弗吉尼亚的层面来看，以下三个突出问题将证明美国独立战争是真正变更了制度还是替换了当权者。这便是土地所有制、奴隶制以及官方供养教会牧师问题。三者的交叠点是关于决定权的问题：到底是人民还是传统当权者说了算？
土地改革问题首当其冲。杰斐逊特别憎恶维护限定继承人和长子继承权的地方法，因为它具有诺曼和反撒克逊的特征——说得简单些，这就是一部英格兰封建主义法典。该法典规定土地为家庭永久所有，而且还规定，如果土地拥有者死亡前未留遗嘱，其财产将全部传给长子。经过长时间的讨论，包括一场杰斐逊的老师乔治·威思和保守议员埃德蒙·彭德尔顿之间的论战，最终杰斐逊派获胜。议会虽多次拖延，但限定继承人和长子继承权两项条款最终还是得以取消。
关于奴隶制问题，杰斐逊所能做的就是提出议案，要求今后禁止再往弗吉尼亚输入非洲人，希望借此制止“这一罪恶的蔓延，以便将来最终根除奴隶制”。（在最后这几句话里，我们可以听到李将军指挥北弗吉尼亚军团的沉重脚步声。）如果杰斐逊有办法的话，他日后会要求所有那些出生于某一日期之后的奴隶得到解放，然后递解出境。他在《自传》中回忆那个议案时，很直白地陈述说：
命运之书中再明确不过地写明：这些人注定会获得自由。它同时还明确写明：白人和黑人两个种族，同样自由，但是却不能生存在同一个政府领导之下。天性、习惯和观念，已经在他们之间划上了若干条无法消除的界线。
上述段落只有第一句话被雕刻在华盛顿哥伦比亚特区杰斐逊纪念堂的石碑上，为富兰克林·罗斯福于1943年4月所题。那时恰是杰斐逊诞辰两百周年纪念日，人们对人权问题均持乐观态度。
事实上，上述段落表述到后面越来越直白，它警告说，如果黑人解放和递解出境不能和平实现，就只能通过战争解决问题，还警告说“人性定会对未来前景战栗。我们不应该效仿西班牙人将摩尔人驱逐出境或抹灭。这个先例不符合我们的情况。”该先例传达的思想为：奴隶主们通常带着可怕的负罪感和恐怖感看待黑人报复的可能性，以至于他们知识渊博的代言人杰斐逊，会把他的动产奴隶比作中世纪的穆斯林军队。（若不是因为“抹灭”这个血腥的委婉语经常在历史记录中被删掉的话，我几乎无需强调上述“抹灭”一词。）结果，杰斐逊在弗吉尼亚从政期间结束了奴隶输入，奴隶主们能够更加自由地解放奴隶们。但除非是对自己和萨莉·海明斯所生的孩子们，杰斐逊本人是拒绝这样做的。
法律的其他两个方面，对杰斐逊坚定启蒙信念发挥了更大影响。最为显著的方面关系到宗教自由问题。自从成立以来，弗吉尼亚一直坚持按照英国国教模式维护英国圣公会。也就是说，殖民地所有居民都必须缴税供养英国国教教会。该教会反过来不仅要求垄断接受告解的权力，同时还要求惩戒非国教的权力，如浸礼会和贵格会教徒。由于公众痛恨英国圣公会主教和牧师索要富饶土地的暴行，加之教会因支持国王引起了敌对情绪，在1776年之后，脱离英国国教控制的推进工作相对容易了些。然而，杰斐逊希望把事情再向前推进一步，通过立法使政教完全分离，他后来将之称作在政府和宗教之间砌的一堵“墙”。随着事态进一步发展，对其他宗教观点或宗教行为（或者任何不参加宗教仪式的做法）实施惩罚的相关法律得以逐步废止，有关强迫不信奉国教者缴税供养英国国教教会的法律也被废除。因为议会中大多数议员仍然信奉英国国教，所以每通过一项议案都是举步维艰。杰斐逊于1779年首次提出的建立宗教自由议案遭遇的困难最大。其导言陈述如下：
