成为英国哲学的创始人
1603～1609年，培根虽然写了不少东西，留下了大量的手稿，但大多数没有写完，而且都未公开发表。究其原因，很可能是他为了整理自己的思想，为写一部更全面、更系统的著作做准备。那么，这部新的著作应该是《论学术的进展》。
1605年，培根的《论学术的进展》一书出版了。
《论学术的进展》是一部关于知识论的著作，全书分为两大部分。第一部分的第1～5节指出发展学术的种种障碍，破除了阻碍学术发展的错误观点；第6～8节指出研究基督教和古代希腊、罗马作家对学术的益处。
第二部分总结了人类迄今为止的知识，其第1～3节是历史部分，包括自然史、政治史、教会史、文学史；第4节是诗歌，这节最短，培根对此没有进行发挥，后人认为这是一大憾事；第5节至最后是哲学部分，其中包括自然哲学、医学、心理学、逻辑、语言、修辞、伦理和治国术等。
在这部著作里，培根批判了贬损知识的蒙昧主义，从宗教的信仰、国家的文治武功、社会的发展、个人的道德品性等方面论证了知识的巨大功用和价值。
在中世纪，知识只是信仰的奴仆。文艺复兴运动虽然批判了鄙视知识、摧残科学文化的蒙昧主义，但是在培根时代，这种蒙昧主义还存在各种表现，残留的势力依然很大。如宗教神学还坚持“知识即罪恶”的谬论。
当时，培根就认识到，要倡导科学，让人充分认识到知识的功能与价值，就必须批判这种蒙昧主义。所以，培根在《论学术的进展》一书中，差不多以整整一卷的篇幅专门论述科学的功劳，给科学和知识以前所未有的尊崇。
培根在《论学术的进展》中说，在古代，人们历来就把有利于人类的发明家尊奉为神，这是对人所能给予的最高荣誉。而对于那些建邦立国、推翻暴君、立法兴邦者，则不过给予英雄或半神的称号。
培根认为古人的做法是非常正确的。因为后一种人的功绩有时空的限制，如同甘雨似的，虽能解除干旱、滋润大地，但只能在一时一地发生效力。而前一种人的功绩、效益则是永久的，遍布整个世界。
培根把科学技术的发明看作高于一切的事情，他对知识的价值和功能有这样高的评价，是前所未有的。在当时能对知识有这样的评价和认识，有这样的远见卓识，实属可贵。这是科学观上的一次伟大的革命。
在《论学术的进展》中，培根还提出知识对于文治武功、安邦定国具有重要意义。因为君王无论怎样耽于情欲、乖于常规，他本人只要有学问，就可“免于无大恶大错，而不至败亡国家；纵然顾问仆役默不作声，而所学所闻就能时时耳语，加以警告”。“学问使人心和雅仁厚，易于治理；而愚昧则只能使人粗野蛮横，易于叛乱。”
培根认为，如果国王是哲学家，或者哲学家是国王，那么这个国家的人民就幸福了。这里虽然有“知识万能论”的味道，但在权力就是一切、统治者恣意妄为的时代，提出知识对于治理国家的意义，是有其进步意义的。
培根的《论学术的进展》的另一大贡献是提出了科学分类的原则和知识体系的新结构。培根强调，科学是一个统一的知识体系，“知识的各个部分，只可当作全体的线索与脉络，不可当作各不相谋的片段与个体”。因此，“要把知识的连续性与整体性永久保存起来”。
培根认为，把各种学科各自独立起来、割裂开来，脱离其公共源泉、公共始祖，是各种学科之所以肤浅、贫瘠，出现谬误的原因所在。
在《论学术的进展》一书中，培根还提出了新的科学分类原则。他把知识分为两类：神所启示的知识和人类靠自己的官能所获得的知识。这两类知识又可按获得它们的不同官能分成三种，即凭记忆而产生的历史知识、凭想象力而产生的诗歌、凭理智而产生的哲学。
神所启示的知识指宗教史、先知的预言、寓言、教义等。这样一来，培根就巧妙地把宗教和科学分开了。他有一句名言：“属于信仰的东西，还给信仰。”但是，当宗教教义与科学理性发生冲突时，培根认为必须接受宗教教义，以免遭受宗教界的攻击。
培根按照这样的分类原则，对全部人类知识进行总结并做了一个系统的划分，其中还提出了他认为尚欠缺的学科，从而勾画了科学百科全书的提纲。
培根在《论学术的进展》第二卷中专门研究了历代帝王在对待学术方面的经验教训，并在此基础上提出了自己认为最好的科学的组织管理方法。培根虽然接受“国家机构的权威至高无上说”，但是对国家权力机构压制舆论却十分憎恶。
在学术上，培根强调学术自由，主张应该用学术的方法而不是用行政的方法管理学术；其次，培根主张国家要对学术研究在物质上予以保证，特别是要尊重学者，提高学者的待遇。他认为学者是灌溉科学的人，要想促进科学的发展，就必须使学者“有安适的生活状况、丰厚的生活费用”，这样才能使学者“竭其精力，尽其一生，专心从事学术的探讨和学子的培植”。
此外，培根还主张提高学者的社会地位，因为“不受人尊敬的事物，当然不会兴旺”。培根对学者的社会作用也给予了很高的评价：“若无贫穷的学子扶植人类文明，维系人类的尊严，则王公大臣们的安乐奢侈早使人类复返蒙昧、返归野蛮了。”
当时，科学研究尚处在收集材料、个人的观察和实验验证起主要作用的阶段。但是，培根此时却已从科学的整体性、复杂性与个人精力的有限性的矛盾中，认识到“共同劳作”的必要性和重要性，预见到未来科学工作的社会化。
培根从科学研究的“分工合作”出发，提出了国际间学术交流的思想。他说：“全欧洲的学校要是比现在更能相互支持、配合，学术上不是发展得更快吗？”
在写作《论学术的进展》时，培根思考关于科学知识的问题已有20多年了。他的这些观点，不仅詹姆士一世不能接受，就是英国的广大读者也不能理解。
培根意识到，要找到一个能够理解他、支持他的观点的人是非常困难的。因此，他深深地感到学术研究的寂寞和苦闷。但培根靠着坚定的信念，即“我要把我的同胞从错误的思想中解放出来”这一信念，呕心沥血，用了几年的时间，终于把这部著作完成了。
《论学术的进展》在欧洲学术史上占有重要的地位。它所阐发的科学分类思想，以及由此建立的科学知识体系的新结构，提供了当时人们未曾想过的科学百科知识的全图，与中世纪的经院哲学相比，其进步性是显而易见的。
《论学术的进展》是近代科学分类的先导，在当时和后世都曾引起广泛的注意。17世纪英国皇家学会的建立，18世纪百科全书的编纂，都从中受到巨大的激励和启迪。
值得一提的是，英语可以说是由《论学术的进展》一书出版，而首次变成哲学文献表达工具的。
培根的前辈们，无论是在科学方面，还是在哲学方面，都使用学者共同的语言——拉丁语。培根是用英语写作一部重要科学或哲学著作的第一人。
培根十分重视《论学术的进展》。为了扩大其影响，培根在剑桥的一些学者的帮助下，把该书译成了拉丁文，扩充了不少材料，同时删去了一些罗马主教们可能接受不了的内容。增订后，该书以《论科学的价值和发展》为题，于1623年出版。
培根在拉丁文本的《论科学的价值和发展》中这样写道：我们这个时代好像是学术第三次来访人间的时代……当我看到这一切时，不禁希望大增，以为我们这个时代将在学问方面远远超过希腊和罗马的时代了。由此可知，培根为什么要把自己的主要著作定名为《伟大的复兴》。
事实上，《论学术的进展》就是培根《伟大的复兴》庞大计划的一部分，是开启《伟大的复兴》之门的一把钥匙。
在当时，传统思想界已被在文艺复兴中产生出来的力量所削弱。在这些力量中，日益增长的民族意识逐渐导致了民族文化风格的较大分化，并使民族语言在诸学科中得到运用。
尽管培根可能更加喜欢以拉丁文作为表达他的哲学的工具，但他以英文写作《论学术的进展》，却使他成为运用民族语言这个运动的一位领袖。培根在他一系列的哲学巨著中所阐述的思维模式，与英国的重实际和实证的精神紧密相连。因此，培根不仅被看作英国哲学的创始人，而且是英国哲学精神特殊性格的代表。
多年来，培根的头脑里不断思考着对普通百姓的教育计划。1605年，培根发表了一本重要的著作——《进一步学习》。这部书包含了培根的内心世界的精髓和他写给世界的一直没有拿出手的计划。
培根的目标是经过仔细研究后设定的。他试图将自己对周围世界进行科学观察后得到的知识进行分类整理并印刷成册，以便读者在阅读书中的知识时能够一目了然。当培根这样做的时候，他内心对大自然的热爱达到了非常炽烈的程度。
培根明白，自己这项计划绝非一个人在短短一生的时间里就能完成的，他希望至少由他“先把一部机器的大框架给建好，可能最终我都不会使用它，也搬不动它”。但是，培根要自己成为一个指路者，成为一个推手、一个撞响巨钟的人。
培根将如此重要的著作献给了国王詹姆士一世。多年后，当培根又将另一本著作献给国王时，国王的真实态度就暴露出来了。詹姆士向培根承诺说：“好好读一读书中的内容，可能得花去我一些睡眠的时间了，不然，也找不出其他时间来读。”后来听说，詹姆士一世还专门对培根的这本书做了一番评价：“让人升起一种上帝赐予的平静感，因为它传达着对上帝的作品的真诚理解。”
