用知识改进社会
人类智慧和知识的形象将在书中永存，它们能免遭时间的磨损，并可永远得到翻新。
——培根
全力从事学术研究
爵位和金钱并不能让培根感到满足，失意的培根在给塞西尔的信中说：“看来我的雄心只能放在笔头上了。”
在此期间，培根写了一篇自传性质的文章《自然解释的序言》，也表示了这种情绪和意向。
在这篇文章里，培根写道：“我们现在掌握的知识连教我们去希求什么都不够！”这是典型的文艺复兴时期的一心“向上”的“巨人”的精神状态。在文章中，培根热情讴歌了科学的发明创造。他认为发明者的成就，与城市的创造者、国家的立法者、消灭了暴君的“人民之父”以及这一类英雄们的功业相比，虽不如他们的辉煌，但比之于他们只限于狭小地区、只存在于一个短暂时间来说，是“到处都会被人感觉到，而且垂诸永久的”。
培根还说：“如果一个人能做到的不是做出某种特殊的发明，不管它是如何有用，而是在自然界燃起一线光芒，这一道光将在它上升的过程中，触及并且照亮一切围绕着我们现有的知识的边缘地区，然后在这样一点一点地向前扩展的过程中，不久就可以把世界上隐秘的东西揭露出来，使人们能看得见。我想，那个人才是人类真正的恩人——是人类对宇宙的统治权的建立者、捍卫自由的战士、克服困难的英雄。”
培根还在文章中对自己的思维特性进行了分析，认为自己最适于“研究真理”。
培根说：
至于我本人，我发现最适于我的莫过于研究真理，因为我的头脑敏锐，足以从多方面觉察事物的相似之处，同时也能细致地分辨出事物之间微妙的区别。
因为我天生有探索的愿望、怀疑的耐心、思考的爱好；慎于判断，勇于重新考虑，在安排和建立秩序时也很小心；同时也因为我是既不羡慕新事物也不爱好旧事物，并且憎恨一切欺骗行为。所以，我想我的天性与真理有一种接近、一种联系。
培根早就说过，自己之所以要谋求高职，是为了能拥有更大的权力有助于学术研究。而现在求职不顺，培根似乎要放弃这条曲折的途径了。
培根说：“我的一生已经到了一个转折点，我的不良的健康状况提醒我不能再延误了，同时我考虑到把我自己所能做的好事放下不做，而从事没有别人的帮助和同意也能做的一种工作，这在我实在不能说是履行我肩负的义务。于是我把前面所说的一切想法都放在一边，而遵照我的老决心，以全副精神来从事目前这份工作。”
培根在这里说的“自己所能做的好事”，就是指研究真理、改造哲学；“前边所说的那一切想法”，就是指通过追求高官显位以达到为人类谋幸福的目的。
这段文字表明，此时的培根已经改变了人生计划，要全力以赴从事科学研究和著述活动了。
《自然解释的序言》是用拉丁文写的，司佩丁在《培根全集》中把它译成了英文。这篇序言在培根传记中具有重要意义，它是培根自己写作的唯一一篇带有自传色彩的文章。
1603年，培根还写了《论时代勇敢的产儿》。此书实质上也就是培根《伟大的复兴》的初稿。作为培根学说的重要命题、重要原理的“伟大的复兴”第一次见诸文字，便是在该书的副题“人对宇宙统治权的伟大的复兴”里。而《伟大的复兴》一书正式面世是在1620年。
《论时代勇敢的产儿》一书的体裁有些特别，它是以长者对学生讲话的形式写的，其中对旧哲学的批判部分，则是以法庭审讯的形式撰写的。全书拟定的题目分为三卷：第一卷写心智的改进与指导；第二卷写自然的光亮与解释的公式；第三卷写阐明的自然或事物的真实。
而实际上，培根只完成了两章，虽然仅此两章，但其思想却是完整的，这就是要使人的认识从沟通人与自然的关系、恢复人对自然的统治这一目的出发，对迄今有着重大影响而又错误的思想理论予以廓清。
《论时代勇敢的产儿》是培根最主要的著作《伟大的复兴》的雏形，是培根的哲学宣言。它鲜明地表达了培根批判什么、反对什么的基本倾向和哲学思想。
在这部作品中，培根对柏拉图、亚里士多德、盖伦、帕拉塞里苏斯、希波克拉底等人的哲学思想进行了极为严厉的批判。
培根把被世人奉为“圣人”的亚里士多德说成是“可怜的诡辩家”；批评亚里士多德“豢养和指使一批讹诈和轻浮的人”，“躲避自然和历史的光亮”，编造了无数的诡辩；把亚里士多德的《逻辑学》说成是一本“疯病手册”，而他的《形而上学》则是“在很少的事实基础上建立起来的毫无价值的蜘蛛网”。
培根对柏拉图更是毫不客气，他“要传讯柏拉图这个狡猾的诽谤者、浮夸的诗人、见鬼的神学家”；他批评柏拉图的哲学，“是些第二手知识的片段，刮垢磨光后串联起来的”，“以模糊不清的归纳法来诱惑人的意志”，等等。
培根对亚里士多德、柏拉图等人的哲学思想是批判的，但是，他对他们个人的才能还是非常肯定的。培根的这种批判引起了不少议论。当然，培根的批判不是没有缺点，如理论分析不够、言辞过于尖锐等，但这一批判的方向是无可指责的。对此，培根从来没有动摇过。
要知道，要创立一种新的思想体系，就必须对先前占统治地位的思想体系进行彻底的批判；不清除旧的思想观念，新的思想观念就树立不起来。因此，这种批判和清除就难免有过激之处。在《论时代勇敢的产儿》一书中，培根首次提出了著名的幻象学说。
培根用幻象来指代让人陷于谬误的种种坏的心理习惯。培根以长者的身份对他的学生说：“我是真正来把你引向自然和它的一切产物，支配它，使它成为你的奴隶，并为你服务。”
培根接着提出：“你是否以为当心智的一切被深深嵌入的最笼统的幻象所缠扰和阻塞时，心灵的镜子仍能保持清楚和明亮的表面；仍然能反映事物的真正的自然的光亮？”
此时，培根虽然还未具体解释后来在《新工具》中详细阐述的“剧场幻象”的思想，但是他已经非常明确地提出，如不清除“作伪的哲学家”，“让他们仍然在背诵那些我们宁愿甘受他们湮没了的公式”，或“让他们仍然奴颜婢膝鼓噪他们那些矛盾的推论”，“以赝品取代真实”，“败坏人的心智”，人们是无法听到真理、接受真理、获得真理的。
因此，培根认为在他着手以“最虔诚的信仰”、“出自对未来最深切的关怀”，给人们传递“科学的火炬”之前，他必须逐个点名批判这些哲学家。
培根虽然是一位道地的英国人，但是他的洞察力已远远超过了他自己的国界。培根划分出三种雄心：其一类者，朝思暮想，惨淡经营，在本疆之内，得陇望蜀，觊觎青云；其二类者，宵衣旰食，机关算尽，图他人之邦，扩己国之势，俯首称臣者愈多愈善，此辈虽贪婪无度，然却至尊至贵；若一人披荆斩棘，努力登攀，以求人类享有经天纬地之略、驾驭宇宙之才，此实属雄心大志……尽臻尽善。
培根的《迷宫的线索》，则进一步批判了先前的权威和经院哲学，是《论时代勇敢的产儿》的进一步发展，也是后来写的《伟大的复兴》的一个更明确、更具体的不同体裁的早期蓝本。它表达的思想是培根由《论时代勇敢的产儿》向《伟大的复兴》过渡时期的思想。
1604年，培根又写了《论事物的本性》、《论人类知识》。这也是两本未完的书稿。
《论事物的本性》探讨了古人在运动问题上的过失，阐述了作为他自己的目标的“活动的科学”与古人的“思辨的科学”的差异。培根强调为了获得积极的自然哲学，一定要参与运动的研究、要掌握事物活动的原则，即事物是由什么力量或什么方式组合在一起的，而不是仅仅研究事物是由什么东西组成的静止原则，因为那只能为谈话和辩论提供材料而已。
培根宣布：“我们应该研究事物的欲求和倾向，正是它们引起并成为我们在工作中看到的所有各种影响、变化和技术。”这些思想，后来在培根关于形式的学说和关于运动的学说里，都有了进一步的发挥和展开。
在《论人类知识》中，培根讨论了关于新型的自然史的问题，强调哲学若不建立在自然史上，就是不稳固的，而且对人类的需要、对哲学的积极方向都是无助的。
不仅如此，培根还提出，哲学若不建立在自然史上，还会产生诡辩和诗这样两个弊病。前者即在一定的观察之上，就凭自己的推论构造特别的理论体系；后者则是以自己研究的领域统率其余的知识领域，把哲学变成了想象的世界，即诗的范畴。
在这部未完成的稿子中，培根第一次向人们推荐了德谟克利特关于不要在个人的小世界，而是要在伟大的公共的世界里寻求科学的名言。培根认为，德谟克利特讲得“深刻”、“透彻”，他把哲学建立在自然史上，看作对德谟克利特这句名言的实现。
当时，培根表示自己还没有能力去建立新哲学的规则，但他立志去准备这样规则的基础。后来，培根为新自然史的建立做了许多工作，对自然史的编撰计划、宗旨、方针、要求、大纲、目录都做了规定，甚至还身体力行地着手写作其中的一些分册。
《几种想法和几条结论》，是《迷宫的线索》的拉丁文译本，它和《各家哲学批判》及后来写的《新工具》的内容大致相同，但在写法和材料的组织安排上却大不一样。
《各家哲学批判》，是以一个陌生人在巴黎一个学术会议上的演讲的形式写成的。这位陌生人对各家哲学思想的批判，就是培根对它们的批判，也就是培根想要众人接受的新哲学思想。而《新工具》则是用箴言的形式写成的。
有一天，一位朋友去拜访培根，看到他正埋头写作，便说：“近几年您写了不少著作，有什么感受吗？”
培根拿出一个笔记本，说道：“这是我的一些体会，您可以随便看。”
这位朋友接过笔记本仔细翻阅，只见上面写着“在这种性质的论文中要有更大的信心和权威感”，“以轻蔑的态度论述希腊人的哲学”，要以“演说的形式使人感到庄严和喜悦”，等等。
朋友在看过之后，觉得不得要领，便对培根说：“写得太笼统，您还是给我说说吧！”
培根略微思索了一下说：可以概括成这样三点：
“第一，写这类文章自己要满怀信心，要以居高临下的态度，像权威一样敢于批判一切。否则，觉得这也不对、那也不恰当，又怕别人说自己狂妄等，文章就没法往下写。”
“第二，和第一点是相通的，要立一家之言，就要敢于蔑视前人，怀疑古人和权威。这是不是不太谦虚呢？我认为不应该这样看。如果前人怎么说自己就怎么说，学术就无法发展。”
“第三，文章的语言要生动，要像一个老年人对他的学生说话那样娓娓动听，富有吸引力。”
培根的私人秘书罗莱博士在他撰写的《培根传》中写道：培根的写作，最注重的是如何鲜明、准确地表达自己的思想，总是刻意避免华丽的字句、轻浮的幻想。
培根的著作总是力图客观地体现出时代精神。他常常在行文中用第三人称自指，如“弗朗西斯·培根这样说”、“弗朗西斯·培根那样想”等，显得风格独具。
俗话说：“无官一身轻。”在这个时期，培根把全部的精力都投入到了学术研究中去。
