中世纪以后，笛卡儿和斯宾诺莎继承亚里士多德的传统，以形而上学的推理解释上帝、证明上帝的存在。他们声称，形而上学的推理可以像几何学一样清晰和不可辩驳。康德却认为，人无法证明与上帝有关的事物，人无法证明与真实存在有关的事物，人无法证明事物本身的本质。康德说，人只能证明与具体事物有关、与视觉世界和现象世界有关的事物。因此，表面看来，康德的形而上学似乎对宗教并不友好。但是，仔细观察，我们就会发现并非如此。按照康德的理论，虽然宗教无法被证实，但宗教信仰还是有理由存在的。人无法证明上帝存在，人也无法证明上帝不存在。对康德来说，宗教不是一门理性的学说，而是一种信仰。至此，形而上学仍然是宗教的伙伴。
开始于巴门尼德的形而上学与宗教之间的长期联盟终于在叔本华这里截止。叔本华赞同早期形而上学理论家关于具体事物的世界或感知世界是虚幻的这一理论。叔本华与他们的分歧在于他的关于真实存在和终极现实的论述。早期形而上学理论家把真实存在等同于上帝，但是，叔本华却说，真实存在是“意志”。在无生命的物体中，这个意志表现为体积和引力。在有机生命中，这个意志表现为生的意志，即求生和繁殖的意志。叔本华所说的意志与后来的思想家所说的无意识相似。
康德为上帝的存在留有余地，叔本华却把世界划分为意志和思想。也就是说，他把世界划分为意志和人对于具体事物的看法，他没有给上帝的存在留有任何余地。从此，形而上学不再带有神学色彩，却带有心理学的色彩。在西方哲学史上，叔本华是第一位坚定的无神论者。但是，叔本华的无神论不像尼采的无神论那样喧嚣、张扬，他不过是先取消上帝，后以无意识代之。早期的思想家一直认为，人基本上是有意识的和理性的。叔本华则首次宣布，人基本上是无意识的和非理性的，意识不过是无意识的表皮。
阿奎那用形而上学来证明上帝凭意志创造了世界。斯宾诺沙用形而上学来证明上帝不仅是隐藏于自然之中的创造力量，而且也就是自然本身。他认为，上帝存在于万物之中。叔本华用形而上学来证明上帝是不存在的，并证明生命归根到底是痛苦、毫无意义的痛苦。纵观历史，哲学家用形而上学证明各式各样的假想，或证明他们想要证明的东西。当形而上学的证明得出如此之多的相互矛盾的结论时，人们怎么还能相信形而上学会导致真理呢？
