会议进行到第三天，很少发言的陈云在东北组的小组讨论上作了第一次发言。陈云说：
……，对于那些在揭批“四人帮”运动中遗留的问题，应由有关机关进行细致的工作，妥善解决。我认为这是很对的。但是，对有些遗留的问题，影响大或者涉及面很广的问题，是需要由中央考虑和作出决定的。对此，中央应该给以考虑和决定。
陈云提出了原定议题之外的6件议题。他说，要为彭德怀、陶铸、薄一波等人平反，应该肯定天安门事件。
第二天，陈云的发言在大会简报上登出，可谓一石激起千层浪，原定议程改变了，会议一直开了36天。在激烈的争论之中，一些曾被视为禁区的问题一一摆上了桌面。与会者逐渐认识到，不真正解放思想，不按照实事求是的原则拨乱反正，就无法实现工作重心向经济的转移。
胡耀邦在会上发言说，我赞成把“文化大革命”中遗留的一些大是大非问题搞清楚。这些大是大非的解决，关系到安定团结，关系到实事求是的作风，关系到拥护毛主席的旗帜。
〖JP2〗万里在华东组说：“陈云提出的6个问题要解决，不然人们心里不舒服。”
王首道说：“只有把遗留的问题解决好，才能真正达到全党、全军、全国各族人民的团结，把党的工作重点转移到实现社会主义现代化建设上来。”
康克清在书面发言中说：“我完全同意陈云11月12日提出的6点意见。我建议，凡是林彪、‘四人帮’强加于人的一切诬蔑不实之词，都应予以推倒。”
党内众多的老同志纷纷表态支持陈云的发言，在几乎一边倒的情势下，华国锋代表中共中央政治局在会上作了表态，全部接受了陈云提出的6条意见。
华国锋说，中央认为，天安门事件完全是革命群众运动，应该为天安门事件公开彻底平反。11月14日中央政治局常委会又批准中共北京市委宣布了这一决定，对因悼念周总理，反对“四人帮”而遭受迫害的同志一律要平反，并恢复名誉。
在中央工作会议结束前，邓小平专门为闭幕式上的发言准备了一个详细的提纲。原国务院政研室负责人于光远回忆说：按邓小平的工作习惯，他一向很少动笔写提纲，写这样长的提纲更为少见。于光远说，邓小平的许多观点都是在深思熟虑后非常朴实地给人们讲出来。这一次讲话在他的心目中有着非同寻常的分量。
中央工作会议结束20年后，这个提纲被研究人员偶然发现，在3张16开的白纸上，邓小平亲笔写下了400字左右的讲话提纲。
邓小平在闭幕会上说：
今天我主要讲一个问题，就是解放思想、开动脑筋、实事求是、团结一致向前看。只有思想解放了，我们才能正确地以马列主义、毛泽东思想为指导，解决过去遗留的问题，解决新出现的一系列问题。
邓小平的这个讲话内容十分丰富，但最有价值的还是对思想解放的倡导。他说：
一个党，一个国家，一个民族，如果一切从本本出发，思想僵化，迷信盛行，那它就不能前进，它的生机就停止了，就要亡党亡国。如果现在再不实行改革，我们的现代化事业和社会主义事业就会被葬送。
那么，怎样解放思想呢？邓小平的答案是民主，而民主的保卫者是法律。邓小平说：
一个革命政党，就怕听不到人民的声音，最可怕的是鸦雀无声。
邓小平这篇讲话的题目叫《解放思想，实事求是，团结一致向前看》，成为随后召开的中共十一届三中全会的主题报告。
在京西宾馆，中共十一届三中全会开得热烈而又轻松，与争论了36天的中央工作会议相比，这次会议只有5天，顺利得令人吃惊，仿佛瓜熟蒂落。
12月22日，大会宣布：“全党工作的着重点应该从1979年转移到社会主义现代化建设上来。”“以阶级斗争为纲”被抛弃了，从1957年以来一直没有解决好的工作重点转移问题迎刃而解，大会上提出的“改革、开放”成为直到今天仍在指引中国前进的战略方针。
而另一个引人注目的成就是民主与法制成为治国理念，历尽劫难的中国人深深懂得民主与法制的意义。民主制度化、法律化，依法治国使中国在政治文明的道路上迈出坚实的一步。
有人将这次会议称为“新时期的遵义会议”。党史专家认为，这次会议实际上形成了以邓小平为核心的第二代领导集体，最终完成了从“两个凡是”到实事求是，从“以阶级斗争为纲”到以经济建设为中心，从封闭和墨守成规到改革开放的三个转变。
世界上没有不犯错误的政党，也没有哪个国家的政党在探索国家发展道路的时候不走弯路。重要的不是不犯错误，而是能够及时发现错误并改正错误，这是一个政党是否有生命力的表现。
1978年成为新中国历史上伟大转折的标志，中国将从此开始一场改变贫困落后面貌的新革命，中共十一届三中全会就是这个伟大转折和新的革命起点。
如果说新中国的建立意味着中华民族的新生，那么，中共十一届三中全会意味着中华民族在历经种种探索与曲折之后，开始找到一条适合中国国情的发展道路。
