《日本书纪》里描画的东征线路图是：
公元前665年，45岁的神武天皇带领他的一族兄弟和军队，从南九州的日向出发。神武一行人马首先向筑紫国的菟狭（现大分县宇佐市）、冈山门（今福冈县远贺郡）进发，12月末到达安艺国的埃宫（今广岛县安艺郡府中町）。
第二年3月，东征军到达吉备国（今冈山市），并在这里建高岛宫，作为兵船和兵粮的中转站。
三年后的2月，神武的军队正式开始东进，在难波成功登陆。3月，到达河内国的草香邑（今东大阪市日下町）。4月，神武军徒步至达龙田（今奈良县北葛城郡王寺町附近），翻越胆驹山，进入奈良盆地。
就在这里，神武的军队遇到了当地势力长髓彦的顽强抵抗，神武的长兄五濑命被飞箭穿心至死。不得已，全军从草香津退却。稍事休整后，又取熊野出发北上的路线，再次进入奈良盆地，肃清抵抗势力，最终逼近了长髓彦的势力圈。长髓彦是此地大和王朝的君主，他决定亲自与神武谈判。他对神武说：“你也打出天津神的名义？在我的身边也有一位自称天津神的，叫饶速日命。你们两位究竟谁是正宗的天津神？”
他继续说：“我把我的妹妹嫁给他，生出一子叫可美真手命。我也依据君主饶速日命的命令侍奉这位幼子。我不明白的是，为什么天神之子会出现不同的人物？为什么都要以天神之子的名义，抢夺他人的国土呢？”神武对此回答道：“天神之子确实很多。你的那位君主，如果是真天神之子的话，一定会有神宝之类的东西随身携带。你能出示你那位君主的神宝吗？”
神武的话，提醒了长髓彦。他拿出饶速日命的象征物——天羽羽衣和矢剑给神武看，并说：“我能拿得出饶速日命的神宝作为证据。你有什么证据吗？”
神武看了一眼，认可了天羽羽衣和矢剑是真货，然后不慌不忙地也拿出同样的天羽羽衣和矢剑给长髓彦看。
长髓彦知道自己遇上了真正的麻烦，可他还想抵抗。但饶速日命看到长髓彦大势已去，便做了叛徒，亲手将长髓彦杀死，并把王位禅让给了神武。神武对饶速日命的忠诚表示了赞赏。有趣的是，这位饶速日命日后成了日本历史上物部氏的始祖，与天皇家结成了既仇又亲、既恨又爱的关系。
从日向出发，东征6年，历经千难万险，神武天皇终于君临大和，完成了建国大业。
神武天皇东征的意义，至少有三点：第一，从天孙降临到神武东征，日本天皇家完成了从神代到人代的逻辑演进，这就为“现人神”——这一日本天皇的本质定下基调；第二，从神武东征来看，天皇一开始就是权力和权威的化身，具有很强的攻击性和征服欲，但到后来这其中的部分功能让给了幕府的将军，自己成为只有权威没有权力的象征；第三，天皇一开始就不是完人，他也会犯错误，会失败，悲情永远是日本天皇的软色调。
辛酉年（公元前660年）正月，神武在橿原的山麓下建宫即位，日本第一代天皇诞生。神武天皇被称为“始驭天下之天皇”，意味最初统治日本的天皇。日本人的建国纪念日——2月11日，就是从这里开始的。
