半个世纪以来，这些不同版本的《水浒传》一直放在毛泽东的书房里，他经常翻阅、对比、研究。毛泽东的一生，直到他的生命最后时刻，都喜欢读《水浒传》。上海中华书局1966年出版的《明容与堂刻水浒传》（线装大字本1—20册），是毛泽东很喜欢的版本之一，一直被他放在卧室里，有空便拿起来阅读。
毛泽东翻阅最多的一套，就是上海中华书局1934年影印贯华堂原本《金圣叹批改水浒传》，在他生命的最后几年，还看过几次这个版本。毛泽东对金圣叹的一些精妙论述很欣赏，他认为：“金圣叹很讲究文章的提笔。”如金圣叹提笔评《水浒传》时所说的那段开门见山的话：
开书未写一百八人，而先写高俅者，盖不写高俅，便写一百八人，则是乱自下生也；不写一百八人，先写高俅，则乱自上作也。乱自下生，不可训也，作者之所必避也；乱自上作，不可长也，作者之所深惧也。
从青年时代，毛泽东在读《水浒传》的过程中就逐渐把小说的内容与中国现实联系起来：“它描写的是北宋末年的社会情况。中央政府腐败，群众就一定会起来革命。” 这与金圣叹“乱自上作”和“乱自下生”的论断不谋而合。
在几百年间，《水浒传》流传最广的是百回本、百二十回本和七十一回本。不同版本的《水浒传》，有着很大的区别。
其中七十一回本是清朝金圣叹进行删改的，他腰斩了一百回本排座次以后的部分，以原书第七十一回卢俊义的梦作为结尾，梦中一百单八人全部被杀。再将第一回作为楔子，形成了七十回本。流传较广的就是《金圣叹批改水浒传》，却形成了《水浒传》最不完整的版本。但是，不得不佩服金圣叹的文学功力，他批改的七十回本，在艺术表现的很多方面比原作大有改进，为原作生色不少，所以这种本子一出来，几乎令他本尽废，一统天下近三百年，毛泽东一生读的最多的，就是这个版本的《水浒传》。
毛泽东对金圣叹的才华是欣赏的，但是对于他砍掉《水浒传》的结尾则颇为不满，这与鲁迅的态度是一致的。鲁迅曾在《谈金圣叹》一文中说：
金圣叹“自称得到古本，乱改《西厢》字句的案子且不说罢，单是截去《水浒》的后小半，梦想有一个‘嵇叔夜’来杀尽宋江们，也就昏庸得可以。虽说是因为痛恨流寇的缘故，但他是究竟近于官绅的，他到底想不到小百姓的对于流寇，只痛恨着一半，不在于‘寇’，而在于‘流’”。“宋江据有山寨，虽打家劫舍，而劫富济贫，金圣叹却道应该在童贯高俅辈的爪牙之前，一个个俯首受缚，他们想不通。所以《水浒传》纵然成了断尾巴蜻蜓，乡下人却还要看《武松独手擒方腊》这些戏。”
最长的百二十回本《水浒传》，是明万历末杨定在最初一百回本的基础上又插入了征田虎、王庆等情节，合成一百二十回本。
学术界认为最可靠的版本是百回本，它可能是《水浒传》故事成形定书的最早本子，也最接近施耐庵和罗贯中原创的版本。一百回本在宋江受招安后，又有“征辽”、征方腊等情节。
