大昭寺为平川式寺院建筑代表，环绕的经堂、佛殿和院落，错落排列，明显区别汉式寺院。但主殿金顶，表明早就接受汉式传统建筑风格。峨眉、武当金顶，与其酷似。主殿二三层檐下木雕伏兽和人面狮身，则为尼泊尔和印度艺术风韵。大昭寺融合藏汉与印度建筑元素，形成西藏寺院建筑的独特个性。
9世纪，吐蕃国王赤热巴坚狂热佛教，命每七户供养一僧，官员要向僧人施礼，僧人无须回礼。僧人剧增，百姓不堪重负，政府收入锐减，引发统治集团内讧。他被胞弟达玛·乌东赞及大臣毒死在布达拉宫。随即，发动西藏历史上规模最大的禁佛运动，许多佛像、经卷与寺院被毁，大小昭寺强行改成屠宰场。至达玛·乌东赞遇刺身亡，吐蕃王朝也随之土崩瓦解，自此，西藏一度陷入战乱分裂。
13世纪，蒙古族铁骑在成吉思汗率领下入藏，此后西藏归入元朝版图。生活在日喀则西南仲曲河谷的农奴主贡却杰布，自称吐蕃贵族后裔，开创藏传佛教分支萨迦派。传至第四代萨班·贡嘎坚赞，与成吉思汗联盟，其侄大宝法王八思巴，竭力维护蒙藏族群关系，一笑泯恩仇。1206年，铁木真建立蒙古汗国，兵临西夏，甘、青藏区纷纷并入大汗版图。成吉思汗致信萨迦派领袖，尊崇喇嘛教，望入蒙古传教。西藏各派暂息纷争，派山南和拉萨两名代表赶往柴达木拜见一代天骄。1229年，成吉思汗儿子窝阔台继位，将甘青和原西夏领土封给儿子阔端。1239年，阔端命大将多达纳波入藏，当他看到武力很难征服时，建议萨迦派大师萨班·贡嘎坚赞到武威和阔端见面，以谋佛教控制西藏。不知为何，给萨班写信后，过了七年，他才携年幼侄子八思巴赶至武威。不巧，阔端一年前回蒙古出席推举可汗大会了。次年，阔端才回武威，重疾染身，生命垂危。萨班凭神奇医术挽救了他。阔端感激，二人议妥西藏归顺蒙元事宜。萨班审时度势，给西藏各地势力发出公开信，说明归顺乃大势所趋，任何首鼠两端的侥幸都将徒劳。1260年，忽必烈继位，封八思巴为国师，赐玉印。其创立的八思巴文，成为元朝国家语言文字之一。元在西藏建立驿站、军站，屯驻中央军，设各级管理机构，任免地方官，实施法律与历法。元迁都北京，任命八思巴为掌管全国宗教和西藏事务的总制院（ 政宣院 ）。八年后，八思巴因思乡情切，重返西藏。仅元代，中央政府就四次派兵入藏，为萨迦政权铲除敌对势力，维护稳定。
15世纪初，藏传佛教格鲁派开山始祖宗喀巴来到拉萨，修葺大昭寺，使之成为西藏最重要的宗教活动场所之一。对后世影响最大的弟子，为根敦珠和克珠杰。前为一世达赖喇嘛，后为一世班禅额尔德尼。1642年，五世达赖阿旺洛桑嘉措，在蒙古和硕特部首领固始可汗武力帮助下，统一西藏，建立甘丹坡章政权，再修布达拉宫。
