商人和流动手工业者大量涌现对儒教定居制度提出挑战。离家出走者是如此众多，导致针对定居模式设计的儒家典章制度日渐失效。如何将流动人口有条不紊地管理好不至深受其害？这不仅是对朝廷提出的挑战，也是对商帮和手工业自身提出的挑战。
在没有先例可循的背景下，明代商人自行创造了商帮组织。其中著名商帮有徽州帮、山陕帮、广东帮、福建帮、江西帮、洞庭帮等，以地缘乡谊为纽带，以同乡会馆为据点，相互联络、拉拔、提携、合作，共同操纵和垄断地区或行业贸易，构成了早期颇有声势的体制外商业组织。
需要格外留意的是，会馆的要点是不在原籍，譬如湖广会馆不在湖广，而是两省商人在异地的会所。商帮借同乡会馆之地经营商人一己之利，性质已非地缘乡村组织，其主要功能是移民同乡商人之间相互帮忙，通过组织合作，产生商业经营的规模效应，扩大利润空间，增进商业安全，获得个体商贩得不到的附加利益。商帮缔结，是群体利益博弈演化的结果。
值得一提的是，在商帮形成中，关系网络的元素开始发育，譬如熟人关系网、转托关系、人情制度以及面子制度，开启了后世关系社会的风气。
在商帮发育的同时，手工业行帮也开始萌芽，逐渐形成今人常说的“三十六行”。三十六行，各有行帮，皆以家族制师徒关系传承。行帮也是现代江湖的成分之一，譬如戏班、马戏团、剃头作坊及相声、曲艺等，皆各有行帮，各有规矩。
从宏观经济学角度看，商帮的诞生并没有提高刀耕火种的农业生产力，丝毫没有改变人口与粮食供给之间的总量关系，但是，由于商帮参与粮食的运转周济，增加了粮食的边际利用率，因此，在人口局部饱和的早期，也就是明中后叶的16～17世纪，其诞生有利于缓和粮食危机。
