同治四年（1865年）初，左宗棠加紧调集各路人马进攻太平军。江苏巡抚李鸿章派郭松林、杨鼎勋两军由苏援闽，抵达厦门。四月十五日（5月9日），左宗棠来到福州。调黄少春、王德榜率楚军会同郭松林、杨鼎勋部淮军猛攻漳州，李世贤向西南败走。汪海洋部在永定、上杭等地连战失利，不得已离闽入粤，占广东镇平县（今蕉岭）。汪海洋在镇平筑营一个多月后，李世贤于六月底至汪海洋处，却被汪杀害，实在令人痛惜。此时清朝方面则集中了来自福建、广东、江西三省的军队对镇平形成围困之势。汪海洋突出重围，一度进入江西，后又转进广东，攻占嘉应州（今梅县市）城，并决计在此死守。左宗棠则一面调兵遣将围攻嘉应州，一面行抵广东大埔亲自督战。清廷也发布上谕令左宗棠节制广东、福建、江西三省军队，授予他“节制三省之责”。
随着战局的变化，左宗棠的指挥部也步步前移，同治四年五月初十，进抵漳州。汪海洋部撤入广东后，左宗棠一面严令部下紧追，一面派康国器率部5 000入粤夹击。同年闰五月二十三日（7月25日），汪海洋与康国器交战失利，退回镇平。左宗棠令高连升、黄少春、刘清亮等在距镇平数十里处扎营，汪海洋则在镇平城外分筑30余垒，收稻积谷，准备长期据守。于是左宗棠在城外部署了四支清军：以康国器、关镇邦攻镇平东南；高连升、黄少春、刘清亮严扼闽粤武平边境，堵住太平军北上之路；刘典、王德榜两军分屯福建上杭、武平，作为第二道堵截线，并饬粤军扼镇平西南，准备一举消灭汪海洋部太平军。
关于李世贤的下落，史料记载不一。陈坤的《粤东剿匪纪略》一书，根据被俘太平军士卒的供词，认为李世贤是战败自刎而死。清同治四年八月二十三日（1865年10月12日），左宗棠的奏报说：
臣等前据各军纷据逃出贼目禀报，李世贤自永定败溃后，夜半偷渡，随行溺毙数人，复凫水上岸，割去须发逃匿山中，以其能操漳州土音，遂诡称漳州难民，人无知者。于是夜行昼伏，至六月二十八日，只身逃至镇平县，请民人送信汪逆。汪逆率党郊迎，并马同入县城。因其旧党百余人泣诉汪逆猜狠之状，心不善之。汪逆前曾藉词不救侍逆，杀其党李元茂等，兹见李世贤至亦不自安，遂于七月初三夜，密遣从党四人乘李世贤酣卧时杀之，并杀其旧党伪王宗、伪天将、伪朝将等五人，传示各贼馆，扬言侍逆已降官军，兹入镇平，复结党图为内应也。臣等犹恐所闻不确未敢遽以入奏，兹镇平克复之后，询之降人难民，所言皆同，并见汪逆所贴伪示中，有侍王心怀险毒，不得已而行此法等语，则侍逆之辗转求生而卒遭汪逆毒手，实无可疑。
阅左宗棠这份奏报有根有据，其可信程度比起陈坤的记载更高一些。李世贤不仅是一位身经百战的杰出将领，而且也是当时长江以南太平军的最高统帅。英国人维里塔斯在《漳州访问记》中，对李世贤作了如下描述：
侍王似乎是一位有巨大才干的人。就一个中国人来说，似乎很精通外国政治……他现年三十一岁，短小、强壮，身材相称，他的脸面被晒得很黑……由他攻取漳州城的手段来看，不得不承认他是一个战略家，并且有显著的军事才能。
可见，漳州虽已失守，但是如果太平军将士能够同舟共济，一致对敌，还是有一线复兴希望的。只可惜，在此危急时刻，他们仍然重复自相残杀的悲剧，其结局自然是必败无疑了。李世贤被害后，来王陆顺德也在粤东长乐（今五华）被叛徒林正扬所执，送清营，不屈而死。七月十三日（9月20日），由赣至粤参战的鲍超所部霆军提督娄云庆在镇平、大柘，击败佑王李远继。汪海洋则集中两万兵力进高思，康国器埋伏精锐于山岭间，用抬枪轰击太平军，汪海洋左腕被抬枪击伤，全军大乱。
